test/jalview/analysis/GroupingTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29
  30 import java.util.Arrays;
  31
  32 import org.testng.AssertJUnit;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 public class GroupingTest
  36 {
  37   Sequence s1 = new Sequence("s1", "AAAADDDDEEEE");
  38
  39   Sequence s2 = new Sequence("s2", "AAAADDDDEEEE");
  40
  41   Sequence s3 = new Sequence("s3", "ACAADDEDEEEE");
  42
  43   Sequence s4 = new Sequence("s4", "AAAADDEDEEEE");
  44
  45   Sequence s5 = new Sequence("s5", "AAAADDEDTTEE");
  46
  47   SequenceGroup sg_12 = new SequenceGroup(Arrays.asList(new SequenceI[] {
  48       s1, s2 }), "Group1", null, false, false, false, 0, 5);
  49
  50   SequenceGroup sg_345 = new SequenceGroup(Arrays.asList(new SequenceI[] {
  51       s3, s4, s5 }), "Group2", null, false, false, false, 0, 5);
  52
  53   AlignmentI alignment = new Alignment(
  54           new SequenceI[] { s1, s2, s3, s4, s5 });
  55
  56   /*
  57    * test for the case where column selections are not added in
  58    * left to right order
  59    */
  60   int[] positions = new int[] { 7, 9, 1 };
  61
  62   @Test(groups = { "Functional" })
  63   public void testMakeGroupsWithBoth()
  64   {
  65     String[] str = new String[alignment.getHeight()];
  66     int seq = 0;
  67     for (SequenceI s : alignment.getSequences())
  68     {
  69       StringBuilder sb = new StringBuilder();
  70       for (int p : positions)
  71       {
  72         sb.append(s.getCharAt(p));
  73       }
  74       str[seq++] = sb.toString();
  75     }
  76     SequenceGroup[] seqgroupsString = Grouping.makeGroupsFrom(
  77             alignment.getSequencesArray(), str,
  78             Arrays.asList(new SequenceGroup[] { sg_12, sg_345 }));
  79
  80     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
  81     for (int p : positions)
  82     {
  83       cs.addElement(p);
  84     }
  85     SequenceGroup[] seqgroupsColSel = Grouping.makeGroupsFromCols(
  86             alignment.getSequencesArray(), cs,
  87             Arrays.asList(new SequenceGroup[] { sg_12, sg_345 }));
  88     AssertJUnit
  89             .assertEquals(seqgroupsString.length, seqgroupsColSel.length);
  90     for (int p = 0; p < seqgroupsString.length; p++)
  91     {
  92       AssertJUnit.assertEquals(seqgroupsString[p].getName(),
  93               seqgroupsColSel[p].getName());
  94       AssertJUnit.assertArrayEquals(
  95               seqgroupsString[p].getSequencesInOrder(alignment),
  96               seqgroupsColSel[p].getSequencesInOrder(alignment));
  97       if (seqgroupsString[p].getSequences().contains(s2))
  98       {
  99         AssertJUnit.assertTrue(seqgroupsString[p].getSize() == 2);
 100       }
 101     }
 102   }
 103
 104 }