test/jalview/analysis/ParsePropertiesTest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertNull;
   5
   6 import org.junit.Before;
   7 import org.junit.Test;
   8
   9 import jalview.datamodel.Alignment;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  11 import jalview.datamodel.Sequence;
  12 import jalview.datamodel.SequenceI;
  13
  14 public class ParsePropertiesTest
  15 {
  16
  17   private Alignment al;
  18
  19   private ParseProperties pp;
  20
  21   /**
  22    * Construct an alignment with 4 sequences with varying description format
  23    */
  24   @Before
  25   public void setUp()
  26   {
  27     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
  28     { new Sequence("sq1", "THISISAPLACEHOLDER"),
  29         new Sequence("sq2", "THISISAPLACEHOLDER"),
  30         new Sequence("sq3", "THISISAPLACEHOLDER"),
  31         new Sequence("sq4", "THISISAPLACEHOLDER") };
  32     seqs[0].setDescription("1 mydescription1");
  33     seqs[1].setDescription("mydescription2");
  34     seqs[2].setDescription("2. 0.1 mydescription+3");
  35     seqs[3].setDescription("3 0.01 mydescription4");
  36     al = new Alignment(seqs);
  37
  38     pp = new ParseProperties(al);
  39
  40   }
  41
  42   /**
  43    * Test with a description pattern that matches any string ending in one or
  44    * more 'number characters' (0-9+.), i.e. greedily matches any trailing
  45    * numeric part of the string
  46    */
  47   @Test
  48   public void testGetScoresFromDescription()
  49   {
  50     // TODO - test the regex actually used by Jalview?
  51     // \\W*([-+eE0-9.]+)
  52     // see AlignFrame.extractScores_actionPerformed
  53     String regex = ".*([-0-9.+]+)";
  54     final int count = pp.getScoresFromDescription("my Score",
  55             "my Score Description", regex, true);
  56     System.out.println("Matched " + count + " for " + regex);
  57     assertEquals(4, count);
  58
  59     /*
  60      * Verify values 1/2/3/4 have been parsed from sequence descriptions
  61      */
  62     AlignmentAnnotation[] anns = al.getSequenceAt(0).getAnnotation();
  63     assertEquals(1, anns.length);
  64     assertEquals(1d, anns[0].getScore(), 0.001d);
  65     assertEquals("my Score Description", anns[0].description);
  66     assertEquals("my Score", anns[0].label);
  67     anns = al.getSequenceAt(1).getAnnotation();
  68     assertEquals(1, anns.length);
  69     assertEquals(2d, anns[0].getScore(), 0.001d);
  70     assertEquals("my Score Description", anns[0].description);
  71     assertEquals("my Score", anns[0].label);
  72     anns = al.getSequenceAt(2).getAnnotation();
  73     assertEquals(1, anns.length);
  74     assertEquals(3d, anns[0].getScore(), 0.001d);
  75     anns = al.getSequenceAt(3).getAnnotation();
  76     assertEquals(1, anns.length);
  77     assertEquals(4d, anns[0].getScore(), 0.001d);
  78   }
  79
  80   /**
  81    * Test with a description pattern that matches any string (or none), followed
  82    * by a 'number character' (0-9+.), followed by at least one separator
  83    * character, followed by at least one 'number character', then any trailing
  84    * characters.
  85    */
  86   @Test
  87   public void testGetScoresFromDescription_twoScores()
  88   {
  89     String regex = ".*([-0-9.+]+).+([-0-9.+]+).*";
  90     final int count = pp.getScoresFromDescription("my Score",
  91             "my Score Description", regex, true);
  92     System.out.println("Matched " + count + " for " + regex);
  93     assertEquals(3, count);
  94
  95     /*
  96      * Seq1 has two score values parsed out
  97      */
  98     AlignmentAnnotation[] anns = al.getSequenceAt(0).getAnnotation();
  99     assertEquals(2, anns.length);
 100     assertEquals(1d, anns[0].getScore(), 0.001d);
 101     assertEquals("my Score Description", anns[0].description);
 102     assertEquals("my Score", anns[0].label);
 103     assertEquals(1d, anns[1].getScore(), 0.001d);
 104     assertEquals("my Score Description (column 1)", anns[1].description);
 105     assertEquals("my Score_1", anns[1].label);
 106
 107     /*
 108      * Seq2 has no score parsed out (is this right?)
 109      */
 110     assertNull(al.getSequenceAt(1).getAnnotation());
 111
 112     /*
 113      * Seq3 has two score values parsed out
 114      */
 115     // TODO parsed values (1.0 and 3.0) look wrong v description
 116     // would expect 2.0 and 0.1
 117     // undesired 'greedy' behaviour of regex?
 118     anns = al.getSequenceAt(2).getAnnotation();
 119     assertEquals(2, anns.length);
 120     assertEquals(1d, anns[0].getScore(), 0.001d);
 121     assertEquals("my Score Description", anns[0].description);
 122     assertEquals("my Score", anns[0].label);
 123     assertEquals(3d, anns[1].getScore(), 0.001d);
 124     assertEquals("my Score Description (column 1)", anns[1].description);
 125     assertEquals("my Score_1", anns[1].label);
 126
 127     /*
 128      * Seq3 has two score values parsed out
 129      */
 130     // TODO parsed values (1.0 and 4.0) look wrong v description
 131     // would expect 3 and 0.01
 132     anns = al.getSequenceAt(3).getAnnotation();
 133     assertEquals(2, anns.length);
 134     assertEquals(1d, anns[0].getScore(), 0.001d);
 135     assertEquals("my Score Description", anns[0].description);
 136     assertEquals("my Score", anns[0].label);
 137     assertEquals(4d, anns[1].getScore(), 0.001d);
 138     assertEquals("my Score Description (column 1)", anns[1].description);
 139     assertEquals("my Score_1", anns[1].label);
 140   }
 141 }