test/jalview/analysis/RnaTest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
   5
   6 import jalview.analysis.SecStrConsensus.SimpleBP;
   7
   8 import java.util.Vector;
   9
  10 import org.testng.annotations.Test;
  11 public class RnaTest
  12 {
  13   @Test
  14   public void testGetSimpleBPs() throws WUSSParseException
  15   {
  16     String rna = "([{})]"; // JAL-1081 example
  17     Vector<SimpleBP> bps = Rna.GetSimpleBPs(rna);
  18     assertEquals(3, bps.size());
  19
  20     /*
  21      * the base pairs are added in the order in which the matching base is found
  22      */
  23     assertEquals(2, bps.get(0).bp5); // {
  24     assertEquals(3, bps.get(0).bp3); // }
  25     assertEquals(0, bps.get(1).bp5); // (
  26     assertEquals(4, bps.get(1).bp3); // )
  27     assertEquals(1, bps.get(2).bp5); // [
  28     assertEquals(5, bps.get(2).bp3); // ]
  29   }
  30
  31   @Test
  32   public void testGetSimpleBPs_unmatchedOpener()
  33   {
  34     String rna = "(([{})]";
  35     try
  36     {
  37       Rna.GetSimpleBPs(rna);
  38       fail("expected exception");
  39     } catch (WUSSParseException e)
  40     {
  41       // expected
  42     }
  43   }
  44
  45   @Test
  46   public void testGetSimpleBPs_unmatchedCloser()
  47   {
  48     String rna = "([{})]]";
  49     try
  50     {
  51       Rna.GetSimpleBPs(rna);
  52       fail("expected exception");
  53     } catch (WUSSParseException e)
  54     {
  55       // expected
  56     }
  57   }
  58 }