test/jalview/analysis/RnaTest.java

   1 /*
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  16  *
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  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
  25
  26 import jalview.analysis.SecStrConsensus.SimpleBP;
  27
  28 import java.util.Vector;
  29
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 public class RnaTest
  33 {
  34   @Test(groups = { "Functional" })
  35   public void testGetSimpleBPs() throws WUSSParseException
  36   {
  37     String rna = "([{})]"; // JAL-1081 example
  38     Vector<SimpleBP> bps = Rna.GetSimpleBPs(rna);
  39     assertEquals(3, bps.size());
  40
  41     /*
  42      * the base pairs are added in the order in which the matching base is found
  43      */
  44     assertEquals(2, bps.get(0).bp5); // {
  45     assertEquals(3, bps.get(0).bp3); // }
  46     assertEquals(0, bps.get(1).bp5); // (
  47     assertEquals(4, bps.get(1).bp3); // )
  48     assertEquals(1, bps.get(2).bp5); // [
  49     assertEquals(5, bps.get(2).bp3); // ]
  50   }
  51
  52   @Test(groups = { "Functional" })
  53   public void testGetSimpleBPs_unmatchedOpener()
  54   {
  55     String rna = "(([{})]";
  56     try
  57     {
  58       Rna.GetSimpleBPs(rna);
  59       fail("expected exception");
  60     } catch (WUSSParseException e)
  61     {
  62       // expected
  63     }
  64   }
  65
  66   @Test(groups = { "Functional" })
  67   public void testGetSimpleBPs_unmatchedCloser()
  68   {
  69     String rna = "([{})]]";
  70     try
  71     {
  72       Rna.GetSimpleBPs(rna);
  73       fail("expected exception");
  74     } catch (WUSSParseException e)
  75     {
  76       // expected
  77     }
  78   }
  79 }