test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25 import org.testng.annotations.Test;
  26 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  27 import java.io.PrintStream;
  28
  29 import jalview.datamodel.Mapping;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32
  33 /**
  34  * Test the alignment -> Mapping routines
  35  *
  36  * @author jimp
  37  *
  38  */
  39 public class TestAlignSeq
  40 {
  41
  42   SequenceI s1, s2, s3;
  43
  44   /**
  45    * @throws java.lang.Exception
  46    */
  47   @BeforeMethod
  48   public void setUp() throws Exception
  49   {
  50     s1 = new Sequence("Seq1", "ASDFAQQQRRRSSS");
  51     s1.setStart(3);
  52     s1.setEnd(18);
  53     s2 = new Sequence("Seq2", "ASDFA");
  54     s2.setStart(5);
  55     s2.setEnd(9);
  56     s3 = new Sequence("Seq1", "SDFAQQQSSS");
  57
  58   }
  59
  60   @Test
  61   /**
  62    * simple test that mapping from alignment corresponds identical positions.
  63    */
  64   public void testGetMappingForS1()
  65   {
  66     AlignSeq as = AlignSeq
  67             .doGlobalNWAlignment(s1, s2, AlignSeq.PEP);
  68     System.out.println("s1: " + as.getAStr1());
  69     System.out.println("s2: " + as.getAStr2());
  70
  71     // aligned results match
  72     assertEquals("ASDFA", as.getAStr1());
  73     assertEquals(as.getAStr1(), as.getAStr2());
  74
  75     Mapping s1tos2 = as.getMappingFromS1(false);
  76     System.out.println(s1tos2.getMap().toString());
  77     for (int i = s2.getStart(); i < s2.getEnd(); i++)
  78     {
  79       System.out.println("Position in s2: " + i
  80               + " maps to position in s1: " + s1tos2.getPosition(i));
  81       // TODO fails: getCharAt doesn't allow for the start position??
  82       // assertEquals(String.valueOf(s2.getCharAt(i)),
  83       // String.valueOf(s1.getCharAt(s1tos2.getPosition(i))));
  84     }
  85   }
  86
  87   @Test
  88   public void testExtractGaps()
  89   {
  90     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, null));
  91     assertNull(AlignSeq.extractGaps(". -", null));
  92     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, "AB-C"));
  93
  94     assertEquals("ABCD", AlignSeq.extractGaps(" .-", ". -A-B.C D."));
  95   }
  96
  97   @Test
  98   public void testPrintAlignment()
  99   {
 100     AlignSeq as = AlignSeq.doGlobalNWAlignment(s1, s3, AlignSeq.PEP);
 101     final StringBuilder baos = new StringBuilder();
 102     PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 103     {
 104       @Override
 105       public void print(String x)
 106       {
 107         baos.append(x);
 108       }
 109
 110       @Override
 111       public void println()
 112       {
 113         baos.append("\n");
 114       }
 115     };
 116
 117     as.printAlignment(ps);
 118     String expected = "Score = 320\nLength of alignment = 10\nSequence Seq1 :  3 - 18 (Sequence length = 14)\nSequence Seq1 :  1 - 10 (Sequence length = 10)\n\n"
 119             + "Seq1 SDFAQQQRRR\n"
 120             + "     |||||||   \n"
 121             + "Seq1 SDFAQQQSSS\n\n" + "Percentage ID = 70.00\n\n";
 122     assertEquals(expected, baos.toString());
 123   }
 124 }