65213e2fdd635572656539e2f1a481d842ac4b29
[jalview.git] / test / jalview / analysis / TestAlignSeq.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.analysis;
22
23 import static org.junit.Assert.*;
24 import jalview.datamodel.Mapping;
25 import jalview.datamodel.Sequence;
26 import jalview.datamodel.SequenceI;
27
28 import org.junit.Before;
29 import org.junit.Test;
30
31 /**
32  * Test the alignment -> Mapping routines
33  * 
34  * @author jimp
35  * 
36  */
37 public class TestAlignSeq
38 {
39
40   SequenceI s1, s2, s3;
41
42   /**
43    * @throws java.lang.Exception
44    */
45   @Before
46   public void setUp() throws Exception
47   {
48     s1 = new Sequence("Seq1", "ASDFAQQQRRRSSS");
49     s1.setStart(3);
50     s2 = new Sequence("Seq2", "ASDFA");
51     s2.setStart(5);
52     s3 = new Sequence("Seq1", "SDFAQQQSSS");
53
54   }
55
56   @Test
57   /**
58    * simple test that mapping from alignment corresponds identical positions.
59    */
60   public void TestGetMappingForS1()
61   {
62     jalview.analysis.AlignSeq as = jalview.analysis.AlignSeq
63             .doGlobalNWAlignment(s1, s2, AlignSeq.PEP);
64     System.out.println("s1: " + as.getAStr1());
65     System.out.println("s2: " + as.getAStr2());
66
67     Mapping s1tos2 = as.getMappingFromS1(false);
68     System.out.println(s1tos2.getMap().toString());
69     for (int i = s2.getStart(); i < s2.getEnd(); i++)
70     {
71       System.out.println("Position in s2: " + i
72               + " maps to position in s1: " + s1tos2.getPosition(i));
73       assertTrue("", s2.getCharAt(i) == s1.getCharAt(s1tos2.getPosition(i)));
74     }
75   }
76
77 }