test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertEquals;
  24 import static org.junit.Assert.assertNull;
  25 import static org.junit.Assert.assertTrue;
  26 import jalview.datamodel.Mapping;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29
  30 import org.junit.Before;
  31 import org.junit.Test;
  32
  33 /**
  34  * Test the alignment -> Mapping routines
  35  *
  36  * @author jimp
  37  *
  38  */
  39 public class TestAlignSeq
  40 {
  41
  42   SequenceI s1, s2, s3;
  43
  44   /**
  45    * @throws java.lang.Exception
  46    */
  47   @Before
  48   public void setUp() throws Exception
  49   {
  50     s1 = new Sequence("Seq1", "ASDFAQQQRRRSSS");
  51     s1.setStart(3);
  52     s2 = new Sequence("Seq2", "ASDFA");
  53     s2.setStart(5);
  54     s3 = new Sequence("Seq1", "SDFAQQQSSS");
  55
  56   }
  57
  58   @Test
  59   /**
  60    * simple test that mapping from alignment corresponds identical positions.
  61    */
  62   public void TestGetMappingForS1()
  63   {
  64     jalview.analysis.AlignSeq as = jalview.analysis.AlignSeq
  65             .doGlobalNWAlignment(s1, s2, AlignSeq.PEP);
  66     System.out.println("s1: " + as.getAStr1());
  67     System.out.println("s2: " + as.getAStr2());
  68
  69     Mapping s1tos2 = as.getMappingFromS1(false);
  70     System.out.println(s1tos2.getMap().toString());
  71     for (int i = s2.getStart(); i < s2.getEnd(); i++)
  72     {
  73       System.out.println("Position in s2: " + i
  74               + " maps to position in s1: " + s1tos2.getPosition(i));
  75       assertTrue("", s2.getCharAt(i) == s1.getCharAt(s1tos2.getPosition(i)));
  76     }
  77   }
  78
  79   @Test
  80   public void testExtractGaps()
  81   {
  82     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, null));
  83     assertNull(AlignSeq.extractGaps(". -", null));
  84     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, "AB-C"));
  85
  86     assertEquals("ABCD", AlignSeq.extractGaps(" .-", ". -A-B.C D."));
  87   }
  88 }