test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25
  26 import jalview.datamodel.Mapping;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29
  30 import java.io.PrintStream;
  31
  32 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 /**
  36  * Test the alignment -> Mapping routines
  37  *
  38  * @author jimp
  39  *
  40  */
  41 public class TestAlignSeq
  42 {
  43
  44   SequenceI s1, s2, s3;
  45
  46   /**
  47    * @throws java.lang.Exception
  48    */
  49   @BeforeMethod
  50   public void setUp() throws Exception
  51   {
  52     s1 = new Sequence("Seq1", "ASDFAQQQRRRSSS");
  53     s1.setStart(3);
  54     s1.setEnd(18);
  55     s2 = new Sequence("Seq2", "ASDFA");
  56     s2.setStart(5);
  57     s2.setEnd(9);
  58     s3 = new Sequence("Seq1", "SDFAQQQSSS");
  59
  60   }
  61
  62   @Test(groups ={ "Functional" })
  63   /**
  64    * simple test that mapping from alignment corresponds identical positions.
  65    */
  66   public void testGetMappingForS1()
  67   {
  68     AlignSeq as = AlignSeq
  69             .doGlobalNWAlignment(s1, s2, AlignSeq.PEP);
  70     System.out.println("s1: " + as.getAStr1());
  71     System.out.println("s2: " + as.getAStr2());
  72
  73     // aligned results match
  74     assertEquals("ASDFA", as.getAStr1());
  75     assertEquals(as.getAStr1(), as.getAStr2());
  76
  77     Mapping s1tos2 = as.getMappingFromS1(false);
  78     System.out.println(s1tos2.getMap().toString());
  79     for (int i = s2.getStart(); i < s2.getEnd(); i++)
  80     {
  81       System.out.println("Position in s2: " + i
  82               + " maps to position in s1: " + s1tos2.getPosition(i));
  83       // TODO fails: getCharAt doesn't allow for the start position??
  84       // assertEquals(String.valueOf(s2.getCharAt(i)),
  85       // String.valueOf(s1.getCharAt(s1tos2.getPosition(i))));
  86     }
  87   }
  88
  89   @Test(groups ={ "Functional" })
  90   public void testExtractGaps()
  91   {
  92     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, null));
  93     assertNull(AlignSeq.extractGaps(". -", null));
  94     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, "AB-C"));
  95
  96     assertEquals("ABCD", AlignSeq.extractGaps(" .-", ". -A-B.C D."));
  97   }
  98
  99   @Test(groups ={ "Functional" })
 100   public void testPrintAlignment()
 101   {
 102     AlignSeq as = AlignSeq.doGlobalNWAlignment(s1, s3, AlignSeq.PEP);
 103     final StringBuilder baos = new StringBuilder();
 104     PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 105     {
 106       @Override
 107       public void print(String x)
 108       {
 109         baos.append(x);
 110       }
 111
 112       @Override
 113       public void println()
 114       {
 115         baos.append("\n");
 116       }
 117     };
 118
 119     as.printAlignment(ps);
 120     String expected = "Score = 320\nLength of alignment = 10\nSequence Seq1 :  3 - 18 (Sequence length = 14)\nSequence Seq1 :  1 - 10 (Sequence length = 10)\n\n"
 121             + "Seq1 SDFAQQQRRR\n"
 122             + "     |||||||   \n"
 123             + "Seq1 SDFAQQQSSS\n\n" + "Percentage ID = 70.00\n\n";
 124     assertEquals(expected, baos.toString());
 125   }
 126 }