test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.junit.Assert.*;
  24 import jalview.datamodel.Mapping;
  25 import jalview.datamodel.Sequence;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import org.junit.Before;
  29 import org.junit.Test;
  30
  31 /**
  32  * Test the alignment -> Mapping routines
  33  *
  34  * @author jimp
  35  *
  36  */
  37 public class TestAlignSeq
  38 {
  39
  40   SequenceI s1, s2, s3;
  41
  42   /**
  43    * @throws java.lang.Exception
  44    */
  45   @Before
  46   public void setUp() throws Exception
  47   {
  48     s1 = new Sequence("Seq1", "ASDFAQQQRRRSSS");
  49     s1.setStart(3);
  50     s2 = new Sequence("Seq2", "ASDFA");
  51     s2.setStart(5);
  52     s3 = new Sequence("Seq1", "SDFAQQQSSS");
  53
  54   }
  55
  56   @Test
  57   /**
  58    * simple test that mapping from alignment corresponds identical positions.
  59    */
  60   public void TestGetMappingForS1()
  61   {
  62     jalview.analysis.AlignSeq as = jalview.analysis.AlignSeq
  63             .doGlobalNWAlignment(s1, s2, AlignSeq.PEP);
  64     System.out.println("s1: " + as.getAStr1());
  65     System.out.println("s2: " + as.getAStr2());
  66
  67     Mapping s1tos2 = as.getMappingFromS1(false);
  68     System.out.println(s1tos2.getMap().toString());
  69     for (int i = s2.getStart(); i < s2.getEnd(); i++)
  70     {
  71       System.out.println("Position in s2: " + i
  72               + " maps to position in s1: " + s1tos2.getPosition(i));
  73       assertTrue("", s2.getCharAt(i) == s1.getCharAt(s1tos2.getPosition(i)));
  74     }
  75   }
  76
  77 }