test/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27 import jalview.io.FileLoader;
  28 import jalview.io.FormatAdapter;
  29
  30 import org.testng.Assert;
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class FeatureScoreModelTest
  34 {
  35   public static String alntestFile = "FER1_MESCR/72-76 DVYIL\nFER1_SPIOL/71-75 DVYIL\nFER3_RAPSA/21-25 DVYVL\nFER1_MAIZE/73-77 DVYIL\n";
  36
  37   int[] sf1 = new int[] { 74, 74, 73, 73, 23, 23, -1, -1 };
  38
  39   int[] sf2 = new int[] { -1, -1, 74, 75, -1, -1, 76, 77 };
  40
  41   int[] sf3 = new int[] { -1, -1, -1, -1, -1, -1, 76, 77 };
  42
  43   public AlignFrame getTestAlignmentFrame()
  44   {
  45     AlignFrame alf = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
  46             alntestFile, FormatAdapter.PASTE);
  47     AlignmentI al = alf.getViewport().getAlignment();
  48     Assert.assertEquals(al.getHeight(), 4);
  49     Assert.assertEquals(al.getWidth(), 5);
  50     for (int i = 0; i < 4; i++)
  51     {
  52       SequenceI ds = al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence();
  53       if (sf1[i * 2] > 0)
  54       {
  55         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf1", "sf1", "sf1",
  56                 sf1[i * 2], sf1[i * 2 + 1], "sf1"));
  57       }
  58       if (sf2[i * 2] > 0)
  59       {
  60         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf2", "sf2", "sf2",
  61                 sf2[i * 2], sf2[i * 2 + 1], "sf2"));
  62       }
  63       if (sf3[i * 2] > 0)
  64       {
  65         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf3", "sf3", "sf3",
  66                 sf3[i * 2], sf3[i * 2 + 1], "sf3"));
  67       }
  68     }
  69     alf.setShowSeqFeatures(true);
  70     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf1");
  71     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf2");
  72     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf3");
  73     alf.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  74     Assert.assertEquals(alf.getFeatureRenderer().getDisplayedFeatureTypes()
  75             .size(), 3, "Number of feature types");
  76     Assert.assertTrue(alf.getCurrentView().areFeaturesDisplayed());
  77     return alf;
  78   }
  79
  80   @Test(groups = { "Functional" })
  81   public void testFeatureScoreModel() throws Exception
  82   {
  83     AlignFrame alf = getTestAlignmentFrame();
  84     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
  85     Assert.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf.getCurrentView()
  86             .getAlignPanel()));
  87     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
  88     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
  89             true));
  90     Assert.assertTrue(dm[0][2] == 0f,
  91             "FER1_MESCR (0) should be identical with RAPSA (2)");
  92     Assert.assertTrue(dm[0][1] > dm[0][2],
  93             "FER1_MESCR (0) should be further from SPIOL (1) than it is from RAPSA (2)");
  94   }
  95
  96   @Test(groups = { "Functional" })
  97   public void testFeatureScoreModel_hiddenFirstColumn() throws Exception
  98   {
  99     AlignFrame alf = getTestAlignmentFrame();
 100     // hiding first two columns shouldn't affect the tree
 101     alf.getViewport().hideColumns(0, 1);
 102     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
 103     Assert.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf.getCurrentView()
 104             .getAlignPanel()));
 105     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
 106     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
 107             true));
 108     Assert.assertTrue(dm[0][2] == 0f,
 109             "FER1_MESCR (0) should be identical with RAPSA (2)");
 110     Assert.assertTrue(dm[0][1] > dm[0][2],
 111             "FER1_MESCR (0) should be further from SPIOL (1) than it is from RAPSA (2)");
 112   }
 113
 114   @Test(groups = { "Functional" })
 115   public void testFeatureScoreModel_HiddenColumns() throws Exception
 116   {
 117     AlignFrame alf = getTestAlignmentFrame();
 118     // hide columns and check tree changes
 119     alf.getViewport().hideColumns(3, 4);
 120     alf.getViewport().hideColumns(0, 1);
 121     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
 122     Assert.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf.getCurrentView()
 123             .getAlignPanel()));
 124     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
 125     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
 126             true));
 127     Assert.assertTrue(
 128             dm[0][2] == 0f,
 129             "After hiding last two columns FER1_MESCR (0) should still be identical with RAPSA (2)");
 130     Assert.assertTrue(
 131             dm[0][1] == 0f,
 132             "After hiding last two columns FER1_MESCR (0) should now also be identical with SPIOL (1)");
 133     for (int s = 0; s < 3; s++)
 134     {
 135       Assert.assertTrue(dm[s][3] > 0f, "After hiding last two columns "
 136               + alf.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(s).getName()
 137               + "(" + s + ") should still be distinct from FER1_MAIZE (3)");
 138     }
 139   }
 140 }