test/jalview/analysis/scoremodels/FeatureScoreModelTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27 import jalview.io.FileLoader;
  28 import jalview.io.FormatAdapter;
  29
  30 import org.testng.AssertJUnit;
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class FeatureScoreModelTest
  34 {
  35   public static String alntestFile = "FER1_MESCR/72-76 DVYIL\nFER1_SPIOL/71-75 DVYIL\nFER3_RAPSA/21-25 DVYVL\nFER1_MAIZE/73-77 DVYIL\n";
  36
  37   int[] sf1 = new int[] { 74, 74, 73, 73, 23, 23, -1, -1 };
  38
  39   int[] sf2 = new int[] { -1, -1, 74, 75, -1, -1, 76, 77 };
  40
  41   int[] sf3 = new int[] { -1, -1, -1, -1, -1, -1, 76, 77 };
  42
  43   @Test(groups = { "Functional" })
  44   public void testFeatureScoreModel() throws Exception
  45   {
  46     AlignFrame alf = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(
  47             alntestFile, FormatAdapter.PASTE);
  48     AlignmentI al = alf.getViewport().getAlignment();
  49     AssertJUnit.assertEquals(4, al.getHeight());
  50     AssertJUnit.assertEquals(5, al.getWidth());
  51     for (int i = 0; i < 4; i++)
  52     {
  53       SequenceI ds = al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence();
  54       if (sf1[i * 2] > 0)
  55       {
  56         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf1", "sf1", "sf1",
  57                 sf1[i * 2], sf1[i * 2 + 1], "sf1"));
  58       }
  59       if (sf2[i * 2] > 0)
  60       {
  61         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf2", "sf2", "sf2",
  62                 sf2[i * 2], sf2[i * 2 + 1], "sf2"));
  63       }
  64       if (sf3[i * 2] > 0)
  65       {
  66         ds.addSequenceFeature(new SequenceFeature("sf3", "sf3", "sf3",
  67                 sf3[i * 2], sf3[i * 2 + 1], "sf3"));
  68       }
  69     }
  70     alf.setShowSeqFeatures(true);
  71     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf1");
  72     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf2");
  73     alf.getFeatureRenderer().setVisible("sf3");
  74     alf.getFeatureRenderer().findAllFeatures(true);
  75     AssertJUnit.assertEquals("Number of feature types", 3, alf
  76             .getFeatureRenderer().getDisplayedFeatureTypes().length);
  77     AssertJUnit.assertTrue(alf.getCurrentView().areFeaturesDisplayed());
  78     FeatureScoreModel fsm = new FeatureScoreModel();
  79     AssertJUnit.assertTrue(fsm.configureFromAlignmentView(alf
  80             .getCurrentView().getAlignPanel()));
  81     alf.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null);
  82     float[][] dm = fsm.findDistances(alf.getViewport().getAlignmentView(
  83             true));
  84     AssertJUnit.assertTrue("FER1_MESCR should be identical with RAPSA (2)",
  85             dm[0][2] == 0f);
  86     AssertJUnit
  87             .assertTrue(
  88                     "FER1_MESCR should be further from SPIOL (1) than it is from RAPSA (2)",
  89                     dm[0][1] > dm[0][2]);
  90
  91   }
  92 }