test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.api.analysis.PairwiseScoreModelI;
   8 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   9
  10 import java.util.Iterator;
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  12 import org.testng.annotations.Test;
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  14 public class ScoreModelsTest
  15 {
  16   /**
  17    * Verify that the singleton constructor successfully loads Jalview's built-in
  18    * score models
  19    */
  20   @Test(groups = "Functional")
  21   public void testConstructor()
  22   {
  23     Iterator<ScoreModelI> models = ScoreModels.getInstance().getModels()
  24             .iterator();
  25     assertTrue(models.hasNext());
  26
  27     /*
  28      * models are served in order of addition
  29      */
  30     ScoreModelI sm = models.next();
  31     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  32     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  33     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModel);
  34     assertEquals(sm.getName(), "BLOSUM62");
  35     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('I', 'R'),
  36             -3f);
  37
  38     sm = models.next();
  39     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  40     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  41     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModel);
  42     assertEquals(sm.getName(), "PAM250");
  43     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('R', 'C'),
  44             -4f);
  45
  46     sm = models.next();
  47     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  48     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  49     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModel);
  50     assertEquals(sm.getName(), "DNA");
  51     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('c', 'x'), 1f);
  52
  53     sm = models.next();
  54     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  55     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  56     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModel);
  57     assertEquals(sm.getName(), "PID");
  58     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('R', 'C'), 0f);
  59     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('R', 'r'), 1f);
  60
  61     sm = models.next();
  62     assertFalse(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  63     assertFalse(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  64     assertTrue(sm instanceof DistanceScoreModel);
  65     assertEquals(sm.getName(), "Sequence Feature Similarity");
  66   }
  67
  68   /**
  69    * 'Test' that prints out score matrices in tab-delimited format. This test is
  70    * intentionally not assigned to any group so would not be run as part of a
  71    * suite. It makes no assertions and is just provided as a utility method for
  72    * printing out matrices. Relocated here from ScoreMatrixPrinter.
  73    */
  74   @Test(groups = "none")
  75   public void printAllMatrices_tabDelimited()
  76   {
  77     printAllMatrices(false);
  78   }
  79
  80   /**
  81    * 'Test' that prints out score matrices in html format. This test is
  82    * intentionally not assigned to any group so would not be run as part of a
  83    * suite. It makes no assertions and is just provided as a utility method for
  84    * printing out matrices. Relocated here from ScoreMatrixPrinter.
  85    */
  86   @Test(groups = "none")
  87   public void printAllMatrices_asHtml()
  88   {
  89     printAllMatrices(true);
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Print all registered ScoreMatrix as plain or html tables
  94    *
  95    * @param asHtml
  96    */
  97   protected void printAllMatrices(boolean asHtml)
  98   {
  99     for (ScoreModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
 100     {
 101       if (sm instanceof ScoreMatrix)
 102       {
 103         System.out.println(((ScoreMatrix) sm).outputMatrix(asHtml));
 104       }
 105     }
 106   }
 107 }