test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.api.analysis.DistanceModelI;
   8
   9 import java.util.Iterator;
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  11 import org.testng.annotations.Test;
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  13 public class ScoreModelsTest
  14 {
  15   /**
  16    * Verify that the singleton constructor successfully loads Jalview's built-in
  17    * score models
  18    */
  19   @Test
  20   public void testConstructor()
  21   {
  22     Iterator<DistanceModelI> models = ScoreModels.getInstance().getModels()
  23             .iterator();
  24     assertTrue(models.hasNext());
  25
  26     /*
  27      * models are served in order of addition
  28      */
  29     DistanceModelI sm = models.next();
  30     assertTrue(sm instanceof PairwiseDistanceModel);
  31     assertEquals(sm.getName(), "BLOSUM62");
  32     assertEquals(((PairwiseDistanceModel) sm).getScoreModel()
  33             .getPairwiseScore('I', 'R'), -3f);
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  35     sm = models.next();
  36     assertTrue(sm instanceof PairwiseDistanceModel);
  37     assertEquals(sm.getName(), "PAM250");
  38     assertEquals(((PairwiseDistanceModel) sm).getScoreModel()
  39             .getPairwiseScore('R', 'C'), -4f);
  40
  41     sm = models.next();
  42     assertTrue(sm instanceof PairwiseDistanceModel);
  43     assertEquals(sm.getName(), "Identity (SeqSpace)");
  44     assertEquals(((PairwiseDistanceModel) sm).getScoreModel()
  45             .getPairwiseScore('R', 'C'), 0f);
  46     assertEquals(((PairwiseDistanceModel) sm).getScoreModel()
  47             .getPairwiseScore('R', 'r'), 1f);
  48
  49     sm = models.next();
  50     assertTrue(sm instanceof PairwiseDistanceModel);
  51     assertEquals(sm.getName(), "DNA");
  52     assertEquals(((PairwiseDistanceModel) sm).getScoreModel()
  53             .getPairwiseScore('c', 'x'), 1f);
  54
  55     sm = models.next();
  56     assertFalse(sm instanceof PairwiseDistanceModel);
  57     assertEquals(sm.getName(), "Sequence Feature Similarity");
  58
  59     sm = models.next();
  60     assertFalse(sm instanceof PairwiseDistanceModel);
  61     assertEquals(sm.getName(), "PID");
  62   }
  63
  64   /**
  65    * 'Test' that prints out score matrices in tab-delimited format. This test is
  66    * intentionally not assigned to any group so would not be run as part of a
  67    * suite. It makes no assertions and is just provided as a utility method for
  68    * printing out matrices. Relocated here from ScoreMatrixPrinter.
  69    */
  70   @Test
  71   public void printAllMatrices_tabDelimited()
  72   {
  73     printAllMatrices(false);
  74   }
  75
  76   /**
  77    * 'Test' that prints out score matrices in html format. This test is
  78    * intentionally not assigned to any group so would not be run as part of a
  79    * suite. It makes no assertions and is just provided as a utility method for
  80    * printing out matrices. Relocated here from ScoreMatrixPrinter.
  81    */
  82   @Test
  83   public void printAllMatrices_asHtml()
  84   {
  85     printAllMatrices(true);
  86   }
  87
  88   /**
  89    * Print all registered ScoreMatrix as plain or html tables
  90    *
  91    * @param asHtml
  92    */
  93   protected void printAllMatrices(boolean asHtml)
  94   {
  95     for (DistanceModelI dm : ScoreModels.getInstance().getModels())
  96     {
  97       if (dm instanceof PairwiseDistanceModel)
  98       {
  99         PairwiseScoreModelI psm = ((PairwiseDistanceModel) dm)
 100                 .getScoreModel();
 101         if (psm instanceof ScoreMatrix)
 102         {
 103           ScoreMatrix sm = (ScoreMatrix) psm;
 104           System.out.println(sm.outputMatrix(asHtml));
 105         }
 106       }
 107     }
 108   }
 109 }