test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.api.analysis.PairwiseScoreModelI;
   8 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
   9
  10 import java.lang.reflect.Constructor;
  11 import java.lang.reflect.InvocationTargetException;
  12 import java.util.Iterator;
  13
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 public class ScoreModelsTest
  17 {
  18   /**
  19    * Verify that the singleton constructor successfully loads Jalview's built-in
  20    * score models
  21    */
  22   @Test(groups = "Functional")
  23   public void testConstructor()
  24   {
  25     Iterator<ScoreModelI> models = ScoreModels.getInstance().getModels()
  26             .iterator();
  27     assertTrue(models.hasNext());
  28
  29     /*
  30      * models are served in order of addition
  31      */
  32     ScoreModelI sm = models.next();
  33     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  34     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  35     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModel);
  36     assertEquals(sm.getName(), "BLOSUM62");
  37     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('I', 'R'), -3f);
  38
  39     sm = models.next();
  40     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  41     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  42     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModel);
  43     assertEquals(sm.getName(), "PAM250");
  44     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('R', 'C'), -4f);
  45
  46     sm = models.next();
  47     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  48     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  49     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModel);
  50     assertEquals(sm.getName(), "DNA");
  51     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('c', 'x'), 1f);
  52
  53     sm = models.next();
  54     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  55     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  56     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModel);
  57     assertEquals(sm.getName(), "PID");
  58     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('R', 'C'), 0f);
  59     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('R', 'r'), 1f);
  60
  61     sm = models.next();
  62     assertFalse(sm instanceof SimilarityScoreModel);
  63     assertFalse(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  64     assertTrue(sm instanceof DistanceScoreModel);
  65     assertEquals(sm.getName(), "Sequence Feature Similarity");
  66   }
  67
  68   /**
  69    * 'Test' that prints out score matrices in tab-delimited format. This test is
  70    * intentionally not assigned to any group so would not be run as part of a
  71    * suite. It makes no assertions and is just provided as a utility method for
  72    * printing out matrices. Relocated here from ScoreMatrixPrinter.
  73    */
  74   @Test(groups = "none")
  75   public void printAllMatrices_tabDelimited()
  76   {
  77     printAllMatrices(false);
  78   }
  79
  80   /**
  81    * 'Test' that prints out score matrices in html format. This test is
  82    * intentionally not assigned to any group so would not be run as part of a
  83    * suite. It makes no assertions and is just provided as a utility method for
  84    * printing out matrices. Relocated here from ScoreMatrixPrinter.
  85    */
  86   @Test(groups = "none")
  87   public void printAllMatrices_asHtml()
  88   {
  89     printAllMatrices(true);
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Print all registered ScoreMatrix as plain or html tables
  94    *
  95    * @param asHtml
  96    */
  97   protected void printAllMatrices(boolean asHtml)
  98   {
  99     for (ScoreModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
 100     {
 101       if (sm instanceof ScoreMatrix)
 102       {
 103         System.out.println(((ScoreMatrix) sm).outputMatrix(asHtml));
 104       }
 105     }
 106   }
 107
 108   @Test(groups = "Functional")
 109   public void testInstantiate()
 110           throws InstantiationException, IllegalAccessException,
 111           NoSuchMethodException, SecurityException,
 112           IllegalArgumentException, InvocationTargetException
 113   {
 114     Class<? extends Object> c = ScoreModels.class;
 115     Constructor<? extends Object> con = c.getDeclaredConstructor();
 116     con.setAccessible(true);
 117     Object o = con.newInstance();
 118     System.out.println(o);
 119   }
 120 }