test/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModelsTest.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.api.analysis.DistanceScoreModelI;
   8 import jalview.api.analysis.PairwiseScoreModelI;
   9 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  10 import jalview.api.analysis.SimilarityScoreModelI;
  11
  12 import java.util.Iterator;
  13
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 public class ScoreModelsTest
  17 {
  18   /**
  19    * Verify that the singleton constructor successfully loads Jalview's built-in
  20    * score models
  21    */
  22   @Test
  23   public void testConstructor()
  24   {
  25     Iterator<ScoreModelI> models = ScoreModels.getInstance().getModels()
  26             .iterator();
  27     assertTrue(models.hasNext());
  28
  29     /*
  30      * models are served in order of addition
  31      */
  32     ScoreModelI sm = models.next();
  33     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModelI);
  34     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  35     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModelI);
  36     assertEquals(sm.getName(), "BLOSUM62");
  37     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('I', 'R'), -3f);
  38
  39     sm = models.next();
  40     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModelI);
  41     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  42     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModelI);
  43     assertEquals(sm.getName(), "PAM250");
  44     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('R', 'C'), -4f);
  45
  46     sm = models.next();
  47     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModelI);
  48     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  49     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModelI);
  50     assertEquals(sm.getName(), "% Identity (PID)");
  51     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('R', 'C'), 0f);
  52     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('R', 'r'), 1f);
  53
  54     sm = models.next();
  55     assertTrue(sm instanceof SimilarityScoreModelI);
  56     assertTrue(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  57     assertFalse(sm instanceof DistanceScoreModelI);
  58     assertEquals(sm.getName(), "DNA");
  59     assertEquals(((PairwiseScoreModelI) sm).getPairwiseScore('c', 'x'), 1f);
  60
  61     sm = models.next();
  62     assertFalse(sm instanceof SimilarityScoreModelI);
  63     assertFalse(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  64     assertTrue(sm instanceof DistanceScoreModelI);
  65     assertEquals(sm.getName(), "Sequence Feature Similarity");
  66
  67     sm = models.next();
  68     assertFalse(sm instanceof SimilarityScoreModelI);
  69     assertFalse(sm instanceof PairwiseScoreModelI);
  70     assertTrue(sm instanceof DistanceScoreModelI);
  71     assertEquals(sm.getName(), "PID");
  72   }
  73
  74   /**
  75    * 'Test' that prints out score matrices in tab-delimited format. This test is
  76    * intentionally not assigned to any group so would not be run as part of a
  77    * suite. It makes no assertions and is just provided as a utility method for
  78    * printing out matrices. Relocated here from ScoreMatrixPrinter.
  79    */
  80   @Test
  81   public void printAllMatrices_tabDelimited()
  82   {
  83     printAllMatrices(false);
  84   }
  85
  86   /**
  87    * 'Test' that prints out score matrices in html format. This test is
  88    * intentionally not assigned to any group so would not be run as part of a
  89    * suite. It makes no assertions and is just provided as a utility method for
  90    * printing out matrices. Relocated here from ScoreMatrixPrinter.
  91    */
  92   @Test
  93   public void printAllMatrices_asHtml()
  94   {
  95     printAllMatrices(true);
  96   }
  97
  98   /**
  99    * Print all registered ScoreMatrix as plain or html tables
 100    *
 101    * @param asHtml
 102    */
 103   protected void printAllMatrices(boolean asHtml)
 104   {
 105     for (ScoreModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
 106     {
 107       if (sm instanceof ScoreMatrix)
 108       {
 109         System.out.println(((ScoreMatrix) sm).outputMatrix(asHtml));
 110       }
 111     }
 112   }
 113 }