test/jalview/bin/CommandLineOperations.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import static org.junit.Assert.*;
   4
   5 import java.io.BufferedReader;
   6 import java.io.File;
   7 import java.io.InputStreamReader;
   8
   9 import org.junit.AfterClass;
  10 import org.junit.BeforeClass;
  11 import org.junit.Test;
  12
  13 public class CommandLineOperations
  14 {
  15
  16   @BeforeClass
  17   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  18   {
  19   }
  20
  21   @AfterClass
  22   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  23   {
  24   }
  25 /***
  26  * from http://stackoverflow.com/questions/808276/how-to-add-a-timeout-value-when-using-javas-runtime-exec
  27  * @author jimp
  28  *
  29  */
  30 private static class Worker extends Thread {
  31   private final Process process;
  32   private Integer exit;
  33   private Worker(Process process) {
  34     this.process = process;
  35   }
  36   public void run() {
  37     try {
  38       exit = process.waitFor();
  39     } catch (InterruptedException ignore) {
  40       return;
  41     }
  42   }
  43 }
  44   @Test
  45   public void testHeadlessModeEPS() throws Exception
  46   {
  47     String jalview_input = "examples/uniref50.fa";
  48     String jalview_output = "test_uniref50_out.eps";
  49     String cmd = "java -Djava.awt.headless=true -Djava.ext.dirs=./lib -classpath ./classes jalview.bin.Jalview -nodisplay -open "+ jalview_input + " -eps " + jalview_output;
  50
  51     System.out.println("###############Jalview CMD: " + cmd);
  52     Process ls2_proc = Runtime.getRuntime().exec(cmd);
  53     BufferedReader outputReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(ls2_proc.getInputStream()));
  54
  55     BufferedReader errorReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(ls2_proc.getErrorStream()));
  56     Worker worker = new Worker(ls2_proc);
  57     worker.start();
  58     worker.join(9000);
  59     System.out.println("Output:  ");
  60     String ln=null;
  61     while ((ln=outputReader.readLine())!=null) {
  62       System.out.println(ln);
  63     }
  64
  65     System.out.println("Error:  " );
  66     while ((ln=errorReader.readLine())!=null) {
  67       System.out.println(ln);
  68     }
  69     assertTrue("Didn't create an output EPS file.", new File("test_uniref50_out.eps").exists());
  70     assertTrue("Didn't create an EPS file with any content", new File("test_uniref50_out.eps").length()>4096);
  71     if (worker.exit == null){
  72       worker.interrupt();
  73       Thread.currentThread().interrupt();
  74       ls2_proc.destroy();
  75       fail("Jalview did not exit after EPS generation (try running test again to verify - timeout at 9000ms).");
  76 }
  77   }
  78
  79 }