test/jalview/bin/CommandLineOperations.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.bin;
  20
  21 import static org.junit.Assert.*;
  22
  23 import java.io.BufferedReader;
  24 import java.io.File;
  25 import java.io.InputStreamReader;
  26
  27 import org.junit.AfterClass;
  28 import org.junit.BeforeClass;
  29 import org.junit.Test;
  30
  31 public class CommandLineOperations
  32 {
  33
  34   @BeforeClass
  35   public static void setUpBeforeClass() throws Exception
  36   {
  37   }
  38
  39   @AfterClass
  40   public static void tearDownAfterClass() throws Exception
  41   {
  42   }
  43 /***
  44  * from http://stackoverflow.com/questions/808276/how-to-add-a-timeout-value-when-using-javas-runtime-exec
  45  * @author jimp
  46  *
  47  */
  48 private static class Worker extends Thread {
  49   private final Process process;
  50   private Integer exit;
  51   private Worker(Process process) {
  52     this.process = process;
  53   }
  54   public void run() {
  55     try {
  56       exit = process.waitFor();
  57     } catch (InterruptedException ignore) {
  58       return;
  59     }
  60   }
  61 }
  62   @Test
  63   public void testHeadlessModeEPS() throws Exception
  64   {
  65     String[] headlessArgs=new String[] { "nodisplay","headless","nogui"};
  66     for (String _harg:headlessArgs)
  67     {
  68       boolean _switch=false,withAwt=false;
  69       do {
  70         if (_switch)
  71         {
  72           withAwt=true;
  73         }
  74         _switch=true;
  75     String jalview_input = "examples/uniref50.fa";
  76     String jalview_output = "test_uniref50_out.eps";
  77     String cmd = "java "+(withAwt ? "-Djava.awt.headless=true":"")+" -Djava.ext.dirs=./lib -classpath ./classes jalview.bin.Jalview -"+_harg+" -open "+ jalview_input + " -eps " + jalview_output;
  78     String harg = _harg+(withAwt ? "-Djava.awt.headless=true":" NO AWT.HEADLESS");
  79     System.out.println("Testing with Headless argument: '"+harg+"'\n###############Jalview CMD: " + cmd);
  80     Process ls2_proc = Runtime.getRuntime().exec(cmd);
  81     BufferedReader outputReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(ls2_proc.getInputStream()));
  82
  83     BufferedReader errorReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(ls2_proc.getErrorStream()));
  84     Worker worker = new Worker(ls2_proc);
  85     worker.start();
  86     worker.join(9000);
  87     System.out.println("Output:  ");
  88     String ln=null;
  89     while ((ln=outputReader.readLine())!=null) {
  90       System.out.println(ln);
  91     }
  92
  93     System.out.println("Error:  " );
  94     while ((ln=errorReader.readLine())!=null) {
  95       System.out.println(ln);
  96     }
  97     assertTrue("Didn't create an output EPS file.["+harg+"]", new File("test_uniref50_out.eps").exists());
  98     assertTrue("Didn't create an EPS file with any content["+harg+"]", new File("test_uniref50_out.eps").length()>4096);
  99     if (worker.exit == null){
 100       worker.interrupt();
 101       Thread.currentThread().interrupt();
 102       ls2_proc.destroy();
 103       fail("Jalview did not exit after EPS generation (try running test again to verify - timeout at 9000ms). ["+harg+"]");
 104     }
 105     } while (!withAwt);
 106     }
 107   }
 108
 109 }