test/jalview/bin/CommandLineOperations.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27
  28 import java.io.BufferedReader;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.io.InputStreamReader;
  32 import java.nio.file.Path;
  33 import java.nio.file.Paths;
  34 import java.util.ArrayList;
  35
  36 import org.testng.Assert;
  37 import org.testng.FileAssert;
  38 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  39 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  40 import org.testng.annotations.DataProvider;
  41 import org.testng.annotations.Test;
  42
  43 import io.github.classgraph.ClassGraph;
  44 import io.github.classgraph.ModuleRef;
  45 import io.github.classgraph.ScanResult;
  46
  47 public class CommandLineOperations
  48 {
  49
  50   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  51   public void setUpJvOptionPane()
  52   {
  53     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  54     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  55   }
  56
  57   private static final int TEST_TIMEOUT = 9000; // Note longer timeout needed
  58                                                 // on
  59                                                 // full test run than on
  60                                                 // individual tests
  61
  62   private static final int SETUP_TIMEOUT = 9000;
  63
  64   private static final int MINFILESIZE_SMALL = 2096;
  65
  66   private static final int MINFILESIZE_BIG = 4096;
  67
  68   private ArrayList<String> successfulCMDs = new ArrayList<>();
  69
  70   /***
  71    * from
  72    * http://stackoverflow.com/questions/808276/how-to-add-a-timeout-value-when
  73    * -using-javas-runtime-exec
  74    *
  75    * @author jimp
  76    *
  77    */
  78   private static class Worker extends Thread
  79   {
  80     private final Process process;
  81
  82     private BufferedReader outputReader;
  83
  84     private BufferedReader errorReader;
  85
  86     private Integer exit;
  87
  88     private Worker(Process process)
  89     {
  90       this.process = process;
  91     }
  92
  93     @Override
  94     public void run()
  95     {
  96       try
  97       {
  98         exit = process.waitFor();
  99       } catch (InterruptedException ignore)
 100       {
 101         return;
 102       }
 103     }
 104
 105     public BufferedReader getOutputReader()
 106     {
 107       return outputReader;
 108     }
 109
 110     public void setOutputReader(BufferedReader outputReader)
 111     {
 112       this.outputReader = outputReader;
 113     }
 114
 115     public BufferedReader getErrorReader()
 116     {
 117       return errorReader;
 118     }
 119
 120     public void setErrorReader(BufferedReader errorReader)
 121     {
 122       this.errorReader = errorReader;
 123     }
 124   }
 125
 126   private static ClassGraph scanner = null;
 127
 128   private static String classpath = null;
 129
 130   private static String modules = null;
 131
 132   public synchronized static String getClassPath()
 133   {
 134     if (scanner == null)
 135     {
 136       scanner = new ClassGraph();
 137       ScanResult scan = scanner.scan();
 138       classpath = scan.getClasspath();
 139       modules = "";
 140       for (ModuleRef mr : scan.getModules())
 141       {
 142         modules.concat(mr.getName());
 143       }
 144     }
 145     while (classpath == null)
 146     {
 147       try
 148       {
 149         Thread.sleep(10);
 150       } catch (InterruptedException x)
 151       {
 152
 153       }
 154     }
 155     return classpath;
 156   }
 157
 158   private Worker getJalviewDesktopRunner(boolean withAwt, String cmd,
 159           int timeout)
 160   {
 161     // Note: JAL-3065 - don't include quotes for lib/* because the arguments are
 162     // not expanded by the shell
 163     String classpath = getClassPath();
 164     String _cmd = "java " + (withAwt ? "-Djava.awt.headless=true" : "")
 165             + " -classpath " + classpath
 166             + (modules.length() > 2 ? "--add-modules=\"" + modules + "\""
 167                     : "")
 168             + " jalview.bin.Jalview ";
 169     Process ls2_proc = null;
 170     Worker worker = null;
 171     try
 172     {
 173       ls2_proc = Runtime.getRuntime().exec(_cmd + cmd);
 174     } catch (Throwable e1)
 175     {
 176       e1.printStackTrace();
 177     }
 178     if (ls2_proc != null)
 179     {
 180       BufferedReader outputReader = new BufferedReader(
 181               new InputStreamReader(ls2_proc.getInputStream()));
 182       BufferedReader errorReader = new BufferedReader(
 183               new InputStreamReader(ls2_proc.getErrorStream()));
 184       worker = new Worker(ls2_proc);
 185       worker.start();
 186       try
 187       {
 188         worker.join(timeout);
 189       } catch (InterruptedException e)
 190       {
 191         System.err.println("Thread interrupted");
 192       }
 193       worker.setOutputReader(outputReader);
 194       worker.setErrorReader(errorReader);
 195     }
 196     return worker;
 197   }
 198   @BeforeTest(alwaysRun=true)
 199   {
 200       try {
 201           Path currentRelativePath = Paths.get("");
 202           String s = currentRelativePath.toAbsolutePath().toString();
 203           System.out.println("Test CWD is "+s);
 204       } catch (Exception q) {
 205           q.printStackTrace();
 206       }
 207   }
 208   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 209   public void initialize()
 210   {
 211     new CommandLineOperations();
 212   }
 213
 214   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 215   public void setUpForHeadlessCommandLineInputOperations()
 216           throws IOException
 217   {
 218     String cmds = "nodisplay -open examples/uniref50.fa -sortbytree -props test/jalview/io/testProps.jvprops -colour zappo "
 219             + "-jabaws http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws -nosortbytree "
 220             + "-features examples/testdata/plantfdx.features -annotations examples/testdata/plantfdx.annotations -tree examples/testdata/uniref50_test_tree";
 221     Worker worker = getJalviewDesktopRunner(true, cmds, SETUP_TIMEOUT);
 222     String ln = null;
 223     while ((ln = worker.getOutputReader().readLine()) != null)
 224     {
 225       System.out.println(ln);
 226       successfulCMDs.add(ln);
 227     }
 228     while ((ln = worker.getErrorReader().readLine()) != null)
 229     {
 230       System.err.println(ln);
 231     }
 232   }
 233
 234   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 235   public void setUpForCommandLineInputOperations() throws IOException
 236   {
 237     String cmds = "-open examples/uniref50.fa -noquestionnaire -nousagestats";
 238     Worker worker = getJalviewDesktopRunner(false, cmds, SETUP_TIMEOUT);
 239     String ln = null;
 240     int count = 0;
 241     while ((ln = worker.getErrorReader().readLine()) != null)
 242     {
 243       System.out.println(ln);
 244       successfulCMDs.add(ln);
 245       if (++count > 5)
 246       {
 247         break;
 248       }
 249     }
 250     if (worker != null && worker.exit == null)
 251     {
 252       worker.interrupt();
 253       Thread.currentThread().interrupt();
 254       worker.process.destroy();
 255     }
 256   }
 257
 258   @Test(groups = { "Functional" }, dataProvider = "allInputOperationsData")
 259   public void testAllInputOperations(String expectedString,
 260           String failureMsg)
 261   {
 262     Assert.assertTrue(successfulCMDs.contains(expectedString), failureMsg);
 263   }
 264
 265   @Test(
 266     groups =
 267     { "Functional", "testben" },
 268     dataProvider = "headlessModeOutputOperationsData")
 269   public void testHeadlessModeOutputOperations(String harg, String type,
 270           String fileName, boolean withAWT, int expectedMinFileSize,
 271           int timeout)
 272   {
 273     String cmd = harg + type + " " + fileName;
 274     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>>>> Command : " + cmd);
 275     File file = new File(fileName);
 276     file.deleteOnExit();
 277     Worker worker = getJalviewDesktopRunner(withAWT, cmd, timeout);
 278     assertNotNull(worker, "worker is null");
 279     String msg = "Didn't create an output" + type + " file.[" + harg + "]";
 280     assertTrue(file.exists(), msg);
 281     FileAssert.assertFile(file, msg);
 282     FileAssert.assertMinLength(file, expectedMinFileSize);
 283     if (worker != null && worker.exit == null)
 284     {
 285       worker.interrupt();
 286       Thread.currentThread().interrupt();
 287       worker.process.destroy();
 288       Assert.fail("Jalview did not exit after " + type
 289               + " generation (try running test again to verify - timeout at "
 290               + timeout + "ms). [" + harg + "]");
 291     }
 292     file.delete();
 293   }
 294
 295   @DataProvider(name = "allInputOperationsData")
 296   public Object[][] getHeadlessModeInputParams()
 297   {
 298     return new Object[][] {
 299         // headless mode input operations
 300         { "CMD [-color zappo] executed successfully!",
 301             "Failed command : -color zappo" },
 302         { "CMD [-props test/jalview/io/testProps.jvprops] executed successfully!",
 303             "Failed command : -props File" },
 304         { "CMD [-sortbytree] executed successfully!",
 305             "Failed command : -sortbytree" },
 306         { "CMD [-jabaws http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws] executed successfully!",
 307             "Failed command : -jabaws http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws" },
 308         { "CMD [-open examples/uniref50.fa] executed successfully!",
 309             "Failed command : -open examples/uniref50.fa" },
 310         { "CMD [-nosortbytree] executed successfully!",
 311             "Failed command : -nosortbytree" },
 312         { "CMD [-features examples/testdata/plantfdx.features]  executed successfully!",
 313             "Failed command : -features examples/testdata/plantfdx.features" },
 314         { "CMD [-annotations examples/testdata/plantfdx.annotations] executed successfully!",
 315             "Failed command : -annotations examples/testdata/plantfdx.annotations" },
 316         { "CMD [-tree examples/testdata/uniref50_test_tree] executed successfully!",
 317             "Failed command : -tree examples/testdata/uniref50_test_tree" },
 318         // non headless mode input operations
 319         { "CMD [-nousagestats] executed successfully!",
 320             "Failed command : -nousagestats" },
 321         { "CMD [-noquestionnaire] executed successfully!",
 322             "Failed command : -noquestionnaire" } };
 323   }
 324
 325   @DataProvider(name = "headlessModeOutputOperationsData")
 326   public static Object[][] getHeadlessModeOutputParams()
 327   {
 328     // JBPNote: I'm not clear why need to specify full path for output file
 329     // when running tests on build server, but we will keep this patch for now
 330     // since it works.
 331     // https://issues.jalview.org/browse/JAL-1889?focusedCommentId=21609&page=com.atlassian.jira.plugin.system.issuetabpanels:comment-tabpanel#comment-21609
 332     String workingDir = "test/jalview/bin/";
 333     return new Object[][] { { "nodisplay -open examples/uniref50.fa",
 334         " -eps", workingDir + "test_uniref50_out.eps", true,
 335         MINFILESIZE_BIG, TEST_TIMEOUT },
 336         { "nodisplay -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 337             workingDir + "test_uniref50_out.eps", false,
 338             MINFILESIZE_BIG, TEST_TIMEOUT },
 339         { "nogui -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 340             workingDir + "test_uniref50_out.eps", true, MINFILESIZE_BIG,
 341             TEST_TIMEOUT },
 342         { "nogui -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 343             workingDir + "test_uniref50_out.eps", false,
 344             MINFILESIZE_BIG, TEST_TIMEOUT },
 345         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 346             workingDir + "test_uniref50_out.eps", true, MINFILESIZE_BIG,
 347             TEST_TIMEOUT },
 348         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -svg",
 349             workingDir + "test_uniref50_out.svg", false,
 350             MINFILESIZE_BIG, TEST_TIMEOUT },
 351         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -png",
 352             workingDir + "test_uniref50_out.png", true, MINFILESIZE_BIG,
 353             TEST_TIMEOUT },
 354         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -html",
 355             workingDir + "test_uniref50_out.html", true,
 356             MINFILESIZE_BIG, TEST_TIMEOUT },
 357         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -fasta",
 358             workingDir + "test_uniref50_out.mfa", true, MINFILESIZE_SMALL,
 359             TEST_TIMEOUT },
 360         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -clustal",
 361             workingDir + "test_uniref50_out.aln", true, MINFILESIZE_SMALL,
 362             TEST_TIMEOUT },
 363         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -msf",
 364             workingDir + "test_uniref50_out.msf", true, MINFILESIZE_SMALL,
 365             TEST_TIMEOUT },
 366         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -pileup",
 367             workingDir + "test_uniref50_out.aln", true, MINFILESIZE_SMALL,
 368             TEST_TIMEOUT },
 369         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -pir",
 370             workingDir + "test_uniref50_out.pir", true, MINFILESIZE_SMALL,
 371             TEST_TIMEOUT },
 372         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -pfam",
 373             workingDir + "test_uniref50_out.pfam", true, MINFILESIZE_SMALL,
 374             TEST_TIMEOUT },
 375         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -blc",
 376             workingDir + "test_uniref50_out.blc", true, MINFILESIZE_SMALL,
 377             TEST_TIMEOUT },
 378         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -jalview",
 379             workingDir + "test_uniref50_out.jvp", true, MINFILESIZE_SMALL,
 380             TEST_TIMEOUT }, };
 381   }
 382 }