test/jalview/bin/CommandLineOperations.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import java.io.BufferedReader;
  24 import java.io.File;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.InputStreamReader;
  27 import java.util.ArrayList;
  28
  29 import org.testng.Assert;
  30 import org.testng.FileAssert;
  31 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  32 import org.testng.annotations.DataProvider;
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 public class CommandLineOperations
  36 {
  37
  38   private ArrayList<String> successfulCMDs = new ArrayList<String>();
  39
  40   /***
  41    * from
  42    * http://stackoverflow.com/questions/808276/how-to-add-a-timeout-value-when
  43    * -using-javas-runtime-exec
  44    *
  45    * @author jimp
  46    *
  47    */
  48   private static class Worker extends Thread
  49   {
  50     private final Process process;
  51
  52     private BufferedReader outputReader;
  53
  54     private BufferedReader errorReader;
  55
  56     private Integer exit;
  57
  58     private Worker(Process process)
  59     {
  60       this.process = process;
  61     }
  62
  63     public void run()
  64     {
  65       try
  66       {
  67         exit = process.waitFor();
  68       } catch (InterruptedException ignore)
  69       {
  70         return;
  71       }
  72     }
  73
  74     public BufferedReader getOutputReader()
  75     {
  76       return outputReader;
  77     }
  78
  79     public void setOutputReader(BufferedReader outputReader)
  80     {
  81       this.outputReader = outputReader;
  82     }
  83
  84     public BufferedReader getErrorReader()
  85     {
  86       return errorReader;
  87     }
  88
  89     public void setErrorReader(BufferedReader errorReader)
  90     {
  91       this.errorReader = errorReader;
  92     }
  93   }
  94
  95   private Worker jalviewDesktopRunner(boolean withAwt, String cmd,
  96           int timeout)
  97   {
  98     String _cmd = "java "
  99             + (withAwt ? "-Djava.awt.headless=true" : "")
 100             + " -Djava.ext.dirs=./lib -classpath ./classes jalview.bin.Jalview ";
 101     System.out.println("CMD [" + cmd + "]");
 102     Process ls2_proc = null;
 103     Worker worker = null;
 104     try
 105     {
 106       ls2_proc = Runtime.getRuntime().exec(_cmd + cmd);
 107     } catch (IOException e1)
 108     {
 109       e1.printStackTrace();
 110     }
 111     if (ls2_proc != null)
 112     {
 113       BufferedReader outputReader = new BufferedReader(
 114               new InputStreamReader(ls2_proc.getInputStream()));
 115       BufferedReader errorReader = new BufferedReader(
 116               new InputStreamReader(ls2_proc.getErrorStream()));
 117       worker = new Worker(ls2_proc);
 118       worker.start();
 119       try
 120       {
 121         worker.join(timeout);
 122       } catch (InterruptedException e)
 123       {
 124         // e.printStackTrace();
 125       }
 126       worker.setOutputReader(outputReader);
 127       worker.setErrorReader(errorReader);
 128     }
 129     return worker;
 130   }
 131
 132   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 133   public void initialize()
 134   {
 135     new CommandLineOperations();
 136   }
 137
 138   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 139   public void setUpForHeadlessCommandLineInputOperations()
 140           throws IOException
 141   {
 142     String cmds = "nodisplay -open examples/uniref50.fa -sortbytree -props FILE -colour zappo "
 143             + "-jabaws http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws -nosortbytree -dasserver nickname=www.test.com "
 144             + "-features examples/testdata/plantfdx.features -annotations examples/testdata/plantfdx.annotations -tree examples/testdata/uniref50_test_tree";
 145     Worker worker = jalviewDesktopRunner(true, cmds, 9000);
 146     String ln = null;
 147     while ((ln = worker.getOutputReader().readLine()) != null)
 148     {
 149       System.out.println(ln);
 150       successfulCMDs.add(ln);
 151     }
 152   }
 153
 154   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 155   public void setUpForCommandLineInputOperations() throws IOException
 156   {
 157     String cmds = "-open examples/uniref50.fa -noquestionnaire -nousagestats";
 158     Worker worker = jalviewDesktopRunner(false, cmds, 9000);
 159     String ln = null;
 160     int count = 0;
 161     while ((ln = worker.getErrorReader().readLine()) != null)
 162     {
 163       System.out.println(ln);
 164       successfulCMDs.add(ln);
 165       if (++count > 5)
 166       {
 167         break;
 168       }
 169     }
 170     if (worker != null && worker.exit == null)
 171     {
 172       worker.interrupt();
 173       Thread.currentThread().interrupt();
 174       worker.process.destroy();
 175     }
 176   }
 177
 178   @Test(groups = { "Functional" }, dataProvider = "allInputOpearationsData")
 179   public void testAllInputOperations(String expectedString,
 180           String failureMsg)
 181   {
 182     Assert.assertTrue(successfulCMDs.contains(expectedString), failureMsg);
 183   }
 184
 185   @Test(
 186     groups = { "Functional" },
 187     dataProvider = "headlessModeOutputOperationsData")
 188   public void testHeadlessModeOutputOperations(String harg, String type,
 189           String fileName, boolean withAWT, int expectedMinFileSize,
 190           int timeout)
 191   {
 192     String cmd = harg + type + " " + fileName;
 193     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>>>> Command : " + cmd);
 194     File file = new File(fileName);
 195     Worker worker = jalviewDesktopRunner(withAWT, cmd, timeout);
 196
 197     FileAssert.assertFile(file, "Didn't create an output" + type
 198             + " file.[" + harg + "]");
 199     FileAssert.assertMinLength(new File(fileName), expectedMinFileSize);
 200     if (worker != null && worker.exit == null)
 201     {
 202       worker.interrupt();
 203       Thread.currentThread().interrupt();
 204       worker.process.destroy();
 205       Assert.fail("Jalview did not exit after "
 206               + type
 207               + " generation (try running test again to verify - timeout at 9000ms). ["
 208               + harg + "]");
 209     }
 210     new File(fileName).delete();
 211   }
 212
 213   @DataProvider(name = "allInputOpearationsData")
 214   public Object[][] getHeadlessModeInputParams()
 215   {
 216     return new Object[][] {
 217         // headless mode input operations
 218         { "CMD [-color zappo] executed successfully!",
 219             "Failed command : -color zappo" },
 220         { "CMD [-props FILE] executed successfully!",
 221             "Failed command : -props File" },
 222         { "CMD [-sortbytree] executed successfully!",
 223             "Failed command : -sortbytree" },
 224         {
 225             "CMD [-jabaws http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws] executed successfully!",
 226             "Failed command : -jabaws http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws" },
 227         { "CMD [-open examples/uniref50.fa] executed successfully!",
 228             "Failed command : -open examples/uniref50.fa" },
 229         { "CMD [-nosortbytree] executed successfully!",
 230             "Failed command : -nosortbytree" },
 231         { "CMD [-dasserver nickname=www.test.com] executed successfully!",
 232             "Failed command : -dasserver nickname=www.test.com" },
 233         {
 234             "CMD [-features examples/testdata/plantfdx.features]  executed successfully!",
 235             "Failed command : -features examples/testdata/plantfdx.features" },
 236         {
 237             "CMD [-annotations examples/testdata/plantfdx.annotations] executed successfully!",
 238             "Failed command : -annotations examples/testdata/plantfdx.annotations" },
 239         {
 240             "CMD [-tree examples/testdata/uniref50_test_tree] executed successfully!",
 241             "Failed command : -tree examples/testdata/uniref50_test_tree" },
 242         // non headless mode input operations
 243         { "CMD [-nousagestats] executed successfully!",
 244             "Failed command : -nousagestats" },
 245         { "CMD [-noquestionnaire] executed successfully!",
 246             "Failed command : -noquestionnaire nickname=www.test.com" } };
 247
 248   }
 249
 250   @DataProvider(name = "headlessModeOutputOperationsData")
 251   public static Object[][] getHeadlessModeOutputParams()
 252   {
 253     return new Object[][] {
 254         { "nodisplay -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 255             "test_uniref50_out.eps", true, 4096, 4000 },
 256         { "nodisplay -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 257             "test_uniref50_out.eps", false, 4096, 4000 },
 258         { "nogui -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 259             "test_uniref50_out.eps", true, 4096, 4000 },
 260         { "nogui -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 261             "test_uniref50_out.eps", false, 4096, 4000 },
 262         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 263             "test_uniref50_out.eps", true, 4096, 4000 },
 264         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -svg",
 265             "test_uniref50_out.svg", false, 4096, 3000 },
 266         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -png",
 267             "test_uniref50_out.png", true, 4096, 3000 },
 268         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -html",
 269             "test_uniref50_out.html", true, 4096, 3000 },
 270         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -fasta",
 271             "test_uniref50_out.mfa", true, 2096, 3000 },
 272         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -clustal",
 273             "test_uniref50_out.aln", true, 2096, 3000 },
 274         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -msf",
 275             "test_uniref50_out.msf", true, 2096, 3000 },
 276         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -pileup",
 277             "test_uniref50_out.aln", true, 2096, 3000 },
 278         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -pir",
 279             "test_uniref50_out.pir", true, 2096, 3000 },
 280         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -pfam",
 281             "test_uniref50_out.pfam", true, 2096, 3000 },
 282         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -blc",
 283             "test_uniref50_out.blc", true, 2096, 3000 },
 284         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -jalview",
 285             "test_uniref50_out.jvp", true, 2096, 3000 }, };
 286   }
 287 }