test/jalview/bin/CommandLineOperations.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.bin;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
  24 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  25
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27
  28 import java.io.BufferedReader;
  29 import java.io.File;
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.io.InputStreamReader;
  32 import java.nio.file.Path;
  33 import java.nio.file.Paths;
  34 import java.util.ArrayList;
  35
  36 import org.testng.Assert;
  37 import org.testng.FileAssert;
  38 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  39 import org.testng.annotations.BeforeTest;
  40 import org.testng.annotations.DataProvider;
  41 import org.testng.annotations.Test;
  42
  43 import io.github.classgraph.ClassGraph;
  44 import io.github.classgraph.ModuleRef;
  45 import io.github.classgraph.ScanResult;
  46
  47 public class CommandLineOperations
  48 {
  49
  50   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  51   public void setUpJvOptionPane()
  52   {
  53     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  54     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  55   }
  56
  57   private static final int TEST_TIMEOUT = 9000; // Note longer timeout needed
  58                                                 // on
  59                                                 // full test run than on
  60                                                 // individual tests
  61
  62   private static final int SETUP_TIMEOUT = 9000;
  63
  64   private static final int MINFILESIZE_SMALL = 2096;
  65
  66   private static final int MINFILESIZE_BIG = 4096;
  67
  68   private ArrayList<String> successfulCMDs = new ArrayList<>();
  69
  70   /***
  71    * from
  72    * http://stackoverflow.com/questions/808276/how-to-add-a-timeout-value-when
  73    * -using-javas-runtime-exec
  74    *
  75    * @author jimp
  76    *
  77    */
  78   private static class Worker extends Thread
  79   {
  80     private final Process process;
  81
  82     private BufferedReader outputReader;
  83
  84     private BufferedReader errorReader;
  85
  86     private Integer exit;
  87
  88     private Worker(Process process)
  89     {
  90       this.process = process;
  91     }
  92
  93     @Override
  94     public void run()
  95     {
  96       try
  97       {
  98         exit = process.waitFor();
  99       } catch (InterruptedException ignore)
 100       {
 101         return;
 102       }
 103     }
 104
 105     public BufferedReader getOutputReader()
 106     {
 107       return outputReader;
 108     }
 109
 110     public void setOutputReader(BufferedReader outputReader)
 111     {
 112       this.outputReader = outputReader;
 113     }
 114
 115     public BufferedReader getErrorReader()
 116     {
 117       return errorReader;
 118     }
 119
 120     public void setErrorReader(BufferedReader errorReader)
 121     {
 122       this.errorReader = errorReader;
 123     }
 124   }
 125
 126   private static ClassGraph scanner = null;
 127
 128   private static String classpath = null;
 129
 130   private static String modules = null;
 131
 132   private static String java_exe = null;
 133
 134   public synchronized static String getClassPath()
 135   {
 136     if (scanner == null)
 137     {
 138       scanner = new ClassGraph();
 139       ScanResult scan = scanner.scan();
 140       classpath = scan.getClasspath();
 141       modules = "";
 142       for (ModuleRef mr : scan.getModules())
 143       {
 144         modules.concat(mr.getName());
 145       }
 146       java_exe = System.getProperty("java.home") + File.separator + "bin"
 147               + File.separator + "java";
 148
 149     }
 150     while (classpath == null)
 151     {
 152       try
 153       {
 154         Thread.sleep(10);
 155       } catch (InterruptedException x)
 156       {
 157
 158       }
 159     }
 160     return classpath;
 161   }
 162
 163   private Worker getJalviewDesktopRunner(boolean withAwt, String cmd,
 164           int timeout)
 165   {
 166     // Note: JAL-3065 - don't include quotes for lib/* because the arguments are
 167     // not expanded by the shell
 168     String classpath = getClassPath();
 169     String _cmd = java_exe + " "
 170             + (withAwt ? "-Djava.awt.headless=true" : "")
 171             + " -classpath " + classpath
 172             + (modules.length() > 2 ? "--add-modules=\"" + modules + "\""
 173                     : "")
 174             + " jalview.bin.Jalview ";
 175     Process ls2_proc = null;
 176     Worker worker = null;
 177     try
 178     {
 179       ls2_proc = Runtime.getRuntime().exec(_cmd + cmd);
 180     } catch (Throwable e1)
 181     {
 182       e1.printStackTrace();
 183     }
 184     if (ls2_proc != null)
 185     {
 186       BufferedReader outputReader = new BufferedReader(
 187               new InputStreamReader(ls2_proc.getInputStream()));
 188       BufferedReader errorReader = new BufferedReader(
 189               new InputStreamReader(ls2_proc.getErrorStream()));
 190       worker = new Worker(ls2_proc);
 191       worker.start();
 192       try
 193       {
 194         worker.join(timeout);
 195       } catch (InterruptedException e)
 196       {
 197         System.err.println("Thread interrupted");
 198       }
 199       worker.setOutputReader(outputReader);
 200       worker.setErrorReader(errorReader);
 201     }
 202     return worker;
 203   }
 204
 205   @Test(groups = { "Functional" })
 206   public void reportCurrentWorkingDirectory()
 207   {
 208     try
 209     {
 210       Path currentRelativePath = Paths.get("");
 211       String s = currentRelativePath.toAbsolutePath().toString();
 212       System.out.println("Test CWD is " + s);
 213       System.err.println("Test CWD is " + s);
 214     } catch (Exception q)
 215     {
 216       q.printStackTrace();
 217     }
 218   }
 219
 220   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 221   public void initialize()
 222   {
 223     new CommandLineOperations();
 224   }
 225
 226   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 227   public void setUpForHeadlessCommandLineInputOperations()
 228           throws IOException
 229   {
 230     String cmds = "nodisplay -open examples/uniref50.fa -sortbytree -props test/jalview/io/testProps.jvprops -colour zappo "
 231             + "-jabaws http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws -nosortbytree "
 232             + "-features examples/testdata/plantfdx.features -annotations examples/testdata/plantfdx.annotations -tree examples/testdata/uniref50_test_tree";
 233     Worker worker = getJalviewDesktopRunner(true, cmds, SETUP_TIMEOUT);
 234     String ln = null;
 235     while ((ln = worker.getOutputReader().readLine()) != null)
 236     {
 237       System.out.println(ln);
 238       successfulCMDs.add(ln);
 239     }
 240     while ((ln = worker.getErrorReader().readLine()) != null)
 241     {
 242       System.err.println(ln);
 243     }
 244   }
 245
 246   @BeforeTest(alwaysRun = true)
 247   public void setUpForCommandLineInputOperations() throws IOException
 248   {
 249     String cmds = "-open examples/uniref50.fa -noquestionnaire -nousagestats";
 250     Worker worker = getJalviewDesktopRunner(false, cmds, SETUP_TIMEOUT);
 251     String ln = null;
 252     int count = 0;
 253     while ((ln = worker.getErrorReader().readLine()) != null)
 254     {
 255       System.out.println(ln);
 256       successfulCMDs.add(ln);
 257       if (++count > 5)
 258       {
 259         break;
 260       }
 261     }
 262     if (worker != null && worker.exit == null)
 263     {
 264       worker.interrupt();
 265       Thread.currentThread().interrupt();
 266       worker.process.destroy();
 267     }
 268   }
 269
 270   @Test(groups = { "Functional" }, dataProvider = "allInputOperationsData")
 271   public void testAllInputOperations(String expectedString,
 272           String failureMsg)
 273   {
 274     Assert.assertTrue(successfulCMDs.contains(expectedString), failureMsg);
 275   }
 276
 277   @Test(
 278     groups =
 279     { "Functional", "testben" },
 280     dataProvider = "headlessModeOutputOperationsData")
 281   public void testHeadlessModeOutputOperations(String harg, String type,
 282           String fileName, boolean withAWT, int expectedMinFileSize,
 283           int timeout)
 284   {
 285     String cmd = harg + type + " " + fileName;
 286     // System.out.println(">>>>>>>>>>>>>>>> Command : " + cmd);
 287     File file = new File(fileName);
 288     file.deleteOnExit();
 289     Worker worker = getJalviewDesktopRunner(withAWT, cmd, timeout);
 290     assertNotNull(worker, "worker is null");
 291     String msg = "Didn't create an output" + type + " file.[" + harg + "]";
 292     assertTrue(file.exists(), msg);
 293     FileAssert.assertFile(file, msg);
 294     FileAssert.assertMinLength(file, expectedMinFileSize);
 295     if (worker != null && worker.exit == null)
 296     {
 297       worker.interrupt();
 298       Thread.currentThread().interrupt();
 299       worker.process.destroy();
 300       Assert.fail("Jalview did not exit after " + type
 301               + " generation (try running test again to verify - timeout at "
 302               + timeout + "ms). [" + harg + "]");
 303     }
 304     file.delete();
 305   }
 306
 307   @DataProvider(name = "allInputOperationsData")
 308   public Object[][] getHeadlessModeInputParams()
 309   {
 310     return new Object[][] {
 311         // headless mode input operations
 312         { "CMD [-color zappo] executed successfully!",
 313             "Failed command : -color zappo" },
 314         { "CMD [-props test/jalview/io/testProps.jvprops] executed successfully!",
 315             "Failed command : -props File" },
 316         { "CMD [-sortbytree] executed successfully!",
 317             "Failed command : -sortbytree" },
 318         { "CMD [-jabaws http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws] executed successfully!",
 319             "Failed command : -jabaws http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws" },
 320         { "CMD [-open examples/uniref50.fa] executed successfully!",
 321             "Failed command : -open examples/uniref50.fa" },
 322         { "CMD [-nosortbytree] executed successfully!",
 323             "Failed command : -nosortbytree" },
 324         { "CMD [-features examples/testdata/plantfdx.features]  executed successfully!",
 325             "Failed command : -features examples/testdata/plantfdx.features" },
 326         { "CMD [-annotations examples/testdata/plantfdx.annotations] executed successfully!",
 327             "Failed command : -annotations examples/testdata/plantfdx.annotations" },
 328         { "CMD [-tree examples/testdata/uniref50_test_tree] executed successfully!",
 329             "Failed command : -tree examples/testdata/uniref50_test_tree" },
 330         // non headless mode input operations
 331         { "CMD [-nousagestats] executed successfully!",
 332             "Failed command : -nousagestats" },
 333         { "CMD [-noquestionnaire] executed successfully!",
 334             "Failed command : -noquestionnaire" } };
 335   }
 336
 337   @DataProvider(name = "headlessModeOutputOperationsData")
 338   public static Object[][] getHeadlessModeOutputParams()
 339   {
 340     // JBPNote: I'm not clear why need to specify full path for output file
 341     // when running tests on build server, but we will keep this patch for now
 342     // since it works.
 343     // https://issues.jalview.org/browse/JAL-1889?focusedCommentId=21609&page=com.atlassian.jira.plugin.system.issuetabpanels:comment-tabpanel#comment-21609
 344     String workingDir = "test/jalview/bin/";
 345     return new Object[][] { { "nodisplay -open examples/uniref50.fa",
 346         " -eps", workingDir + "test_uniref50_out.eps", true,
 347         MINFILESIZE_BIG, TEST_TIMEOUT },
 348         { "nodisplay -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 349             workingDir + "test_uniref50_out.eps", false,
 350             MINFILESIZE_BIG, TEST_TIMEOUT },
 351         { "nogui -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 352             workingDir + "test_uniref50_out.eps", true, MINFILESIZE_BIG,
 353             TEST_TIMEOUT },
 354         { "nogui -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 355             workingDir + "test_uniref50_out.eps", false,
 356             MINFILESIZE_BIG, TEST_TIMEOUT },
 357         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -eps",
 358             workingDir + "test_uniref50_out.eps", true, MINFILESIZE_BIG,
 359             TEST_TIMEOUT },
 360         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -svg",
 361             workingDir + "test_uniref50_out.svg", false,
 362             MINFILESIZE_BIG, TEST_TIMEOUT },
 363         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -png",
 364             workingDir + "test_uniref50_out.png", true, MINFILESIZE_BIG,
 365             TEST_TIMEOUT },
 366         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -html",
 367             workingDir + "test_uniref50_out.html", true,
 368             MINFILESIZE_BIG, TEST_TIMEOUT },
 369         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -fasta",
 370             workingDir + "test_uniref50_out.mfa", true, MINFILESIZE_SMALL,
 371             TEST_TIMEOUT },
 372         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -clustal",
 373             workingDir + "test_uniref50_out.aln", true, MINFILESIZE_SMALL,
 374             TEST_TIMEOUT },
 375         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -msf",
 376             workingDir + "test_uniref50_out.msf", true, MINFILESIZE_SMALL,
 377             TEST_TIMEOUT },
 378         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -pileup",
 379             workingDir + "test_uniref50_out.aln", true, MINFILESIZE_SMALL,
 380             TEST_TIMEOUT },
 381         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -pir",
 382             workingDir + "test_uniref50_out.pir", true, MINFILESIZE_SMALL,
 383             TEST_TIMEOUT },
 384         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -pfam",
 385             workingDir + "test_uniref50_out.pfam", true, MINFILESIZE_SMALL,
 386             TEST_TIMEOUT },
 387         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -blc",
 388             workingDir + "test_uniref50_out.blc", true, MINFILESIZE_SMALL,
 389             TEST_TIMEOUT },
 390         { "headless -open examples/uniref50.fa", " -jalview",
 391             workingDir + "test_uniref50_out.jvp", true, MINFILESIZE_SMALL,
 392             TEST_TIMEOUT }, };
 393   }
 394 }