test/jalview/controller/AlignViewControllerTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.controller;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.analysis.Finder;
  27 import jalview.api.AlignViewControllerI;
  28 import jalview.datamodel.SearchResults;
  29 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.gui.AlignFrame;
  35 import jalview.io.FileLoader;
  36 import jalview.io.FormatAdapter;
  37
  38 import java.util.Arrays;
  39 import java.util.BitSet;
  40
  41 import org.testng.annotations.Test;
  42
  43 public class AlignViewControllerTest
  44 {
  45   @Test(groups = "Functional")
  46   public void testFindColumnsWithFeature()
  47   {
  48     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "aMMMaaaaaaaaaaaaaaaa");
  49     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "aaaMMMMMMMaaaaaaaaaa");
  50     SequenceI seq3 = new Sequence("seq3", "aaaaaaaaaaMMMMMaaaaa");
  51     SequenceI seq4 = new Sequence("seq3", "aaaaaaaaaaaaaaaaaaaa");
  52
  53     /*
  54      * features start/end are base 1
  55      */
  56     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 2, 4, 0f,
  57             null));
  58     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Helix", "desc", 1, 15, 0f,
  59             null));
  60     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 4, 10, 0f,
  61             null));
  62     seq3.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 11, 15,
  63             0f, null));
  64
  65     /*
  66      * select the first three columns --> Metal in seq1 2-3
  67      */
  68     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  69     sg.setStartRes(0); // base 0
  70     sg.setEndRes(2);
  71     sg.addSequence(seq1, false);
  72     sg.addSequence(seq2, false);
  73     sg.addSequence(seq3, false);
  74     sg.addSequence(seq4, false);
  75
  76     BitSet bs = new BitSet();
  77     int seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg,
  78             bs);
  79     assertEquals(1, seqCount);
  80     assertEquals(2, bs.cardinality());
  81     assertTrue(bs.get(1));
  82     assertTrue(bs.get(2));
  83
  84     /*
  85      * select the first four columns: Metal in seq1 2:4, seq2 4:4
  86      */
  87     sg.setEndRes(3);
  88     bs.clear();
  89     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
  90     assertEquals(2, seqCount);
  91     assertEquals(3, bs.cardinality());
  92     assertTrue(bs.get(1));
  93     assertTrue(bs.get(2));
  94     assertTrue(bs.get(3));
  95
  96     /*
  97      * select column 11: Metal in seq3 only
  98      */
  99     sg.setStartRes(10);
 100     sg.setEndRes(10);
 101     bs.clear();
 102     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
 103     assertEquals(1, seqCount);
 104     assertEquals(1, bs.cardinality());
 105     assertTrue(bs.get(10));
 106
 107     /*
 108      * select columns 16-20: no Metal feature
 109      */
 110     sg.setStartRes(15);
 111     sg.setEndRes(19);
 112     bs.clear();
 113     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
 114     assertEquals(0, seqCount);
 115     assertEquals(0, bs.cardinality());
 116
 117     /*
 118      * look for a feature that isn't there
 119      */
 120     sg.setStartRes(0);
 121     sg.setEndRes(19);
 122     bs.clear();
 123     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Pfam", sg, bs);
 124     assertEquals(0, seqCount);
 125     assertEquals(0, bs.cardinality());
 126   }
 127
 128   /**
 129    * shameless copy of test data from findFeature for testing mark columns from
 130    * highlight
 131    */
 132   @Test(groups = "Functional")
 133   public void testSelectColumnsWithHighlight()
 134   {
 135     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
 136             "seq1 aMMMaaaaaaaaaaaaaaaa\n" + "seq2 aaaMMMMMMMaaaaaaaaaa\n"
 137                     + "seq3 aaaaaaaaaaMMMMMaaaaa\n"
 138                     + "seq4 aaaaaaaaaaaaaaaaaaaa\n", FormatAdapter.PASTE);
 139
 140     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 141     SequenceI[] sqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();
 142     SequenceI seq1 = sqs[0];
 143     SequenceI seq2 = sqs[1];
 144     SequenceI seq3 = sqs[2];
 145     SequenceI seq4 = sqs[3];
 146
 147     /*
 148      * features start/end are base 1
 149      */
 150     sr.addResult(seq1, 2, 4);
 151     sr.addResult(seq2, 4, 10);
 152     sr.addResult(seq3, 11, 15);
 153
 154     /*
 155      *  test Match/Find works first
 156      */
 157     Finder f = new Finder(af.getViewport().getAlignment(), null);
 158     f.setFindAll(true);
 159     f.setCaseSensitive(true);
 160     f.find("M+");
 161     assertEquals(
 162             "Finder found different set of results to manually created SearchResults",
 163             sr, f.getSearchResults());
 164
 165     /*
 166      * now check simple mark columns from find operation
 167      */
 168     af.getViewport().setSearchResults(sr);
 169     AlignViewControllerI avc = af.avc;
 170
 171     avc.markHighlightedColumns(false, false, false);
 172     assertTrue("Didn't select highlighted columns", Arrays.deepEquals(af
 173             .getViewport().getColumnSelection().getSelectedRanges()
 174             .toArray(), new int[][] { { 1, 14 } }));
 175   }
 176 }