test/jalview/controller/AlignViewControllerTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.controller;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.datamodel.Sequence;
  27 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  28 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30
  31 import java.util.BitSet;
  32
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 public class AlignViewControllerTest
  36 {
  37   @Test(groups = "Functional")
  38   public void testFindColumnsWithFeature()
  39   {
  40     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "-a-MMMaaaaaaaaaaaaaaaa");
  41     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "aa--aMM-MMMMMaaaaaaaaaa");
  42     SequenceI seq3 = new Sequence("seq3", "abcab-caD-aaMMMMMaaaaa");
  43     SequenceI seq4 = new Sequence("seq4", "abc--abcaaaaaaaaaaaaaa");
  44
  45     /*
  46      * features start/end are base 1
  47      */
  48     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 2, 4, 0f,
  49             null));
  50     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Helix", "desc", 1, 15, 0f,
  51             null));
  52     seq2.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 4, 10, 0f,
  53             null));
  54     seq3.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Metal", "desc", 11, 15,
  55             0f, null));
  56     // disulfide bond is a 'contact feature' - only select its 'start' and 'end'
  57     seq3.addSequenceFeature(new SequenceFeature("disulfide bond", "desc", 8, 12,
  58             0f, null));
  59
  60     /*
  61      * select the first five columns --> Metal in seq1 cols 4-5
  62      */
  63     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  64     sg.setStartRes(0); // base 0
  65     sg.setEndRes(4);
  66     sg.addSequence(seq1, false);
  67     sg.addSequence(seq2, false);
  68     sg.addSequence(seq3, false);
  69     sg.addSequence(seq4, false);
  70
  71     BitSet bs = new BitSet();
  72     int seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg,
  73             bs);
  74     assertEquals(1, seqCount);
  75     assertEquals(2, bs.cardinality());
  76     assertTrue(bs.get(3)); // base 0
  77     assertTrue(bs.get(4));
  78
  79     /*
  80      * select the first seven columns: Metal in seq1 cols 4-6, seq2 cols 6-7
  81      */
  82     sg.setEndRes(6);
  83     bs.clear();
  84     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
  85     assertEquals(2, seqCount);
  86     assertEquals(4, bs.cardinality());
  87     assertTrue(bs.get(3));
  88     assertTrue(bs.get(4));
  89     assertTrue(bs.get(5));
  90     assertTrue(bs.get(6));
  91
  92     /*
  93      * select column 14: Metal in seq3 only
  94      */
  95     sg.setStartRes(13);
  96     sg.setEndRes(13);
  97     bs.clear();
  98     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
  99     assertEquals(1, seqCount);
 100     assertEquals(1, bs.cardinality());
 101     assertTrue(bs.get(13));
 102
 103     /*
 104      * select columns 18-20: no Metal feature
 105      */
 106     sg.setStartRes(17);
 107     sg.setEndRes(19);
 108     bs.clear();
 109     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Metal", sg, bs);
 110     assertEquals(0, seqCount);
 111     assertEquals(0, bs.cardinality());
 112
 113     /*
 114      * columns 11-13 should not match disulfide bond at 8/12
 115      */
 116     sg.setStartRes(10);
 117     sg.setEndRes(12);
 118     bs.clear();
 119     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("disulfide bond",
 120             sg, bs);
 121     assertEquals(0, seqCount);
 122     assertEquals(0, bs.cardinality());
 123
 124     /*
 125      * columns 6-18 should match disulfide bond at columns 9, 14
 126      */
 127     sg.setStartRes(5);
 128     sg.setEndRes(17);
 129     bs.clear();
 130     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("disulfide bond",
 131             sg, bs);
 132     assertEquals(1, seqCount);
 133     assertEquals(2, bs.cardinality());
 134     assertTrue(bs.get(8));
 135     assertTrue(bs.get(13));
 136
 137     /*
 138      * look for a feature that isn't there
 139      */
 140     sg.setStartRes(0);
 141     sg.setEndRes(19);
 142     bs.clear();
 143     seqCount = AlignViewController.findColumnsWithFeature("Pfam", sg, bs);
 144     assertEquals(0, seqCount);
 145     assertEquals(0, bs.cardinality());
 146   }
 147 }