test/jalview/datamodel/AlignedCodonFrameTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertNull;
   5 import jalview.util.MapList;
   6
   7 import java.util.Arrays;
   8
   9 import org.junit.Test;
  10
  11 public class AlignedCodonFrameTest
  12 {
  13
  14   /**
  15    * Test the method that locates the first aligned sequence that has a mapping.
  16    */
  17   @Test
  18   public void testFindAlignedSequence()
  19   {
  20     AlignmentI cdna = new Alignment(new SequenceI[]
  21     {});
  22     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "C-G-TA-GC");
  23     seq1.createDatasetSequence();
  24     cdna.addSequence(seq1);
  25     final Sequence seq2 = new Sequence("Seq2", "-TA-GG-GG");
  26     seq2.createDatasetSequence();
  27     cdna.addSequence(seq2);
  28
  29     AlignmentI aa = new Alignment(new SequenceI[]
  30     {});
  31     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  32     aseq1.createDatasetSequence();
  33     aa.addSequence(aseq1);
  34     final Sequence aseq2 = new Sequence("Seq2", "-LY-");
  35     aseq2.createDatasetSequence();
  36     aa.addSequence(aseq2);
  37
  38     /*
  39      * Mapping from first DNA sequence to second AA sequence.
  40      */
  41     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  42
  43     assertNull(acf.findAlignedSequence(seq1, aa));
  44
  45     MapList map = new MapList(new int[]
  46     { 1, 6 }, new int[]
  47     { 1, 2 }, 3, 1);
  48     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq2.getDatasetSequence(), map);
  49
  50     /*
  51      * DNA seq1 maps to AA seq2
  52      */
  53     assertEquals(aa.getSequenceAt(1),
  54  acf.findAlignedSequence(cdna
  55             .getSequenceAt(0).getDatasetSequence(), aa));
  56
  57     assertEquals(cdna.getSequenceAt(0),
  58  acf.findAlignedSequence(aa
  59             .getSequenceAt(1).getDatasetSequence(), cdna));
  60   }
  61
  62   /**
  63    * Test the method that locates the mapped codon for a protein position.
  64    */
  65     @Test
  66   public void testGetMappedRegion()
  67   {
  68     // introns lower case, exons upper case
  69     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "c-G-TA-gC-gT-T");
  70     seq1.createDatasetSequence();
  71     final Sequence seq2 = new Sequence("Seq2", "-TA-gG-Gg-CG-a");
  72     seq2.createDatasetSequence();
  73
  74     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
  75     aseq1.createDatasetSequence();
  76     final Sequence aseq2 = new Sequence("Seq2", "-LY-");
  77     aseq2.createDatasetSequence();
  78
  79     /*
  80      * First with no mappings
  81      */
  82     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
  83
  84     assertNull(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 1));
  85
  86     /*
  87      * Set up the mappings for the exons (upper-case bases)
  88      */
  89     MapList map = new MapList(new int[]
  90     { 2, 4, 6, 6, 8, 9 }, new int[]
  91     { 1, 2 }, 3, 1);
  92     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
  93     map = new MapList(new int[]
  94     { 1, 2, 4, 5, 7, 8 }, new int[]
  95     { 1, 2 }, 3, 1);
  96     acf.addMap(seq2.getDatasetSequence(), aseq2.getDatasetSequence(), map);
  97
  98     assertEquals("[2, 4]",
  99             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 1)));
 100     assertEquals("[6, 6, 8, 9]",
 101             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq1, aseq1, 2)));
 102     assertEquals("[1, 2, 4, 4]",
 103             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq2, aseq2, 1)));
 104     assertEquals("[5, 5, 7, 8]",
 105             Arrays.toString(acf.getMappedRegion(seq2, aseq2, 2)));
 106
 107     /*
 108      * No mapping from sequence 1 to sequence 2
 109      */
 110     assertNull(acf.getMappedRegion(seq1, aseq2, 1));
 111   }
 112
 113   @Test
 114   public void testGetMappedCodon()
 115   {
 116     final Sequence seq1 = new Sequence("Seq1", "c-G-TA-gC-gT-T");
 117     seq1.createDatasetSequence();
 118     final Sequence aseq1 = new Sequence("Seq1", "-P-R");
 119     aseq1.createDatasetSequence();
 120
 121     /*
 122      * First with no mappings
 123      */
 124     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 125
 126     assertNull(acf.getMappedCodon(seq1.getDatasetSequence(), 0));
 127
 128     /*
 129      * Set up the mappings for the exons (upper-case bases)
 130      */
 131     MapList map = new MapList(new int[]
 132     { 2, 4, 6, 6, 8, 9 }, new int[]
 133     { 1, 2 }, 3, 1);
 134     acf.addMap(seq1.getDatasetSequence(), aseq1.getDatasetSequence(), map);
 135
 136     assertEquals("[G, T, A]", Arrays.toString(acf.getMappedCodon(
 137             aseq1.getDatasetSequence(), 1)));
 138     assertEquals("[C, T, T]", Arrays.toString(acf.getMappedCodon(
 139             aseq1.getDatasetSequence(), 2)));
 140   }
 141 }