test/jalview/datamodel/AlignmentTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
   6
   7 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
   8 import jalview.io.FormatAdapter;
   9 import jalview.util.MapList;
  10
  11 import java.io.IOException;
  12 import java.util.Iterator;
  13
  14 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  15 import org.testng.annotations.Test;
  16
  17 /**
  18  * Unit tests for Alignment datamodel.
  19  *
  20  * @author gmcarstairs
  21  *
  22  */
  23 public class AlignmentTest
  24 {
  25   // @formatter:off
  26   private static final String TEST_DATA =
  27           "# STOCKHOLM 1.0\n" +
  28           "#=GS D.melanogaster.1 AC AY119185.1/838-902\n" +
  29           "#=GS D.melanogaster.2 AC AC092237.1/57223-57161\n" +
  30           "#=GS D.melanogaster.3 AC AY060611.1/560-627\n" +
  31           "D.melanogaster.1          G.AGCC.CU...AUGAUCGA\n" +
  32           "#=GR D.melanogaster.1 SS  ................((((\n" +
  33           "D.melanogaster.2          C.AUUCAACU.UAUGAGGAU\n" +
  34           "#=GR D.melanogaster.2 SS  ................((((\n" +
  35           "D.melanogaster.3          G.UGGCGCU..UAUGACGCA\n" +
  36           "#=GR D.melanogaster.3 SS  (.(((...(....(((((((\n" +
  37           "//";
  38
  39   private static final String AA_SEQS_1 =
  40           ">Seq1Name\n" +
  41           "K-QY--L\n" +
  42           ">Seq2Name\n" +
  43           "-R-FP-W-\n";
  44
  45   private static final String CDNA_SEQS_1 =
  46           ">Seq1Name\n" +
  47           "AC-GG--CUC-CAA-CT\n" +
  48           ">Seq2Name\n" +
  49           "-CG-TTA--ACG---AAGT\n";
  50
  51   private static final String CDNA_SEQS_2 =
  52           ">Seq1Name\n" +
  53           "GCTCGUCGTACT\n" +
  54           ">Seq2Name\n" +
  55           "GGGTCAGGCAGT\n";
  56   // @formatter:on
  57
  58   private AlignmentI al;
  59
  60   /**
  61    * Helper method to load an alignment and ensure dataset sequences are set up.
  62    *
  63    * @param data
  64    * @param format
  65    *          TODO
  66    * @return
  67    * @throws IOException
  68    */
  69   protected AlignmentI loadAlignment(final String data, String format)
  70           throws IOException
  71   {
  72     AlignmentI a = new FormatAdapter().readFile(data,
  73             AppletFormatAdapter.PASTE, format);
  74     a.setDataset(null);
  75     return a;
  76   }
  77
  78   /*
  79    * Read in Stockholm format test data including secondary structure
  80    * annotations.
  81    */
  82  @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  83   public void setUp() throws IOException
  84   {
  85     al = loadAlignment(TEST_DATA, "STH");
  86     int i = 0;
  87     for (AlignmentAnnotation ann : al.getAlignmentAnnotation())
  88     {
  89       ann.setCalcId("CalcIdFor" + al.getSequenceAt(i).getName());
  90       i++;
  91     }
  92   }
  93
  94   /**
  95    * Test method that returns annotations that match on calcId.
  96    */
  97   @Test(groups ={ "Functional" })
  98   public void testFindAnnotation_byCalcId()
  99   {
 100     Iterable<AlignmentAnnotation> anns = al
 101             .findAnnotation("CalcIdForD.melanogaster.2");
 102     Iterator<AlignmentAnnotation> iter = anns.iterator();
 103     assertTrue(iter.hasNext());
 104     AlignmentAnnotation ann = iter.next();
 105     assertEquals("D.melanogaster.2", ann.sequenceRef.getName());
 106     assertFalse(iter.hasNext());
 107   }
 108
 109   @Test(groups ={ "Functional" })
 110   public void testDeleteAllAnnotations_includingAutocalculated()
 111   {
 112     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation("Consensus",
 113             "Consensus", 0.5);
 114     aa.autoCalculated = true;
 115     al.addAnnotation(aa);
 116     AlignmentAnnotation[] anns = al.getAlignmentAnnotation();
 117     assertEquals("Wrong number of annotations before deleting", 4,
 118             anns.length);
 119     al.deleteAllAnnotations(true);
 120     assertEquals("Not all deleted", 0, al.getAlignmentAnnotation().length);
 121   }
 122
 123   @Test(groups ={ "Functional" })
 124   public void testDeleteAllAnnotations_excludingAutocalculated()
 125   {
 126     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation("Consensus",
 127             "Consensus", 0.5);
 128     aa.autoCalculated = true;
 129     al.addAnnotation(aa);
 130     AlignmentAnnotation[] anns = al.getAlignmentAnnotation();
 131     assertEquals("Wrong number of annotations before deleting", 4,
 132             anns.length);
 133     al.deleteAllAnnotations(false);
 134     assertEquals("Not just one annotation left", 1,
 135             al.getAlignmentAnnotation().length);
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Tests for realigning as per a supplied alignment: Dna as Dna.
 140    *
 141    * Note: AlignedCodonFrame's state variables are named for protein-to-cDNA
 142    * mapping, but can be exploited for a general 'sequence-to-sequence' mapping
 143    * as here.
 144    *
 145    * @throws IOException
 146    */
 147   @Test(groups ={ "Functional" })
 148   public void testAlignAs_dnaAsDna() throws IOException
 149   {
 150     // aligned cDNA:
 151     AlignmentI al1 = loadAlignment(CDNA_SEQS_1, "FASTA");
 152     // unaligned cDNA:
 153     AlignmentI al2 = loadAlignment(CDNA_SEQS_2, "FASTA");
 154
 155     /*
 156      * Make mappings between sequences. The 'aligned cDNA' is playing the role
 157      * of what would normally be protein here.
 158      */
 159     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 160     MapList ml = new MapList(new int[]
 161     { 1, 12 }, new int[]
 162     { 1, 12 }, 1, 1);
 163     acf.addMap(al2.getSequenceAt(0), al1.getSequenceAt(0), ml);
 164     acf.addMap(al2.getSequenceAt(1), al1.getSequenceAt(1), ml);
 165     al1.addCodonFrame(acf);
 166
 167     ((Alignment) al2).alignAs(al1, false, true);
 168     assertEquals("GC-TC--GUC-GTA-CT", al2.getSequenceAt(0)
 169             .getSequenceAsString());
 170     assertEquals("-GG-GTC--AGG---CAGT", al2.getSequenceAt(1)
 171             .getSequenceAsString());
 172   }
 173
 174   /**
 175    * Aligning protein from cDNA.
 176    *
 177    * @throws IOException
 178    */
 179   @Test(groups ={ "Functional" })
 180   public void testAlignAs_proteinAsCdna() throws IOException
 181   {
 182     // see also AlignmentUtilsTests
 183     AlignmentI al1 = loadAlignment(CDNA_SEQS_1, "FASTA");
 184     AlignmentI al2 = loadAlignment(AA_SEQS_1, "FASTA");
 185     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 186     MapList ml = new MapList(new int[]
 187     { 1, 12 }, new int[]
 188     { 1, 4 }, 3, 1);
 189     acf.addMap(al1.getSequenceAt(0), al2.getSequenceAt(0), ml);
 190     acf.addMap(al1.getSequenceAt(1), al2.getSequenceAt(1), ml);
 191     al2.addCodonFrame(acf);
 192
 193     ((Alignment) al2).alignAs(al1, false, true);
 194     assertEquals("K-Q-Y-L-", al2.getSequenceAt(0).getSequenceAsString());
 195     assertEquals("-R-F-P-W", al2.getSequenceAt(1).getSequenceAsString());
 196   }
 197
 198   /**
 199    * Test aligning cdna as per protein alignment.
 200    *
 201    * @throws IOException
 202    */
 203   @Test(groups ={ "Functional" })
 204   public void testAlignAs_cdnaAsProtein() throws IOException
 205   {
 206     /*
 207      * Load alignments and add mappings for cDNA to protein
 208      */
 209     AlignmentI al1 = loadAlignment(CDNA_SEQS_1, "FASTA");
 210     AlignmentI al2 = loadAlignment(AA_SEQS_1, "FASTA");
 211     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 212     MapList ml = new MapList(new int[]
 213     { 1, 12 }, new int[]
 214     { 1, 4 }, 3, 1);
 215     acf.addMap(al1.getSequenceAt(0), al2.getSequenceAt(0), ml);
 216     acf.addMap(al1.getSequenceAt(1), al2.getSequenceAt(1), ml);
 217     al2.addCodonFrame(acf);
 218
 219     /*
 220      * Realign DNA; currently keeping existing gaps in introns only
 221      */
 222     ((Alignment) al1).alignAs(al2, false, true);
 223     assertEquals("ACG---GCUCCA------ACT", al1.getSequenceAt(0)
 224             .getSequenceAsString());
 225     assertEquals("---CGT---TAACGA---AGT", al1.getSequenceAt(1)
 226             .getSequenceAsString());
 227   }
 228
 229   /**
 230    * Test aligning dna as per protein alignment, for the case where there are
 231    * introns (i.e. some dna sites have no mapping from a peptide).
 232    *
 233    * @throws IOException
 234    */
 235   @Test(groups ={ "Functional" })
 236   public void testAlignAs_dnaAsProtein_withIntrons() throws IOException
 237   {
 238     /*
 239      * Load alignments and add mappings for cDNA to protein
 240      */
 241     String dna1 = "A-Aa-gG-GCC-cT-TT";
 242     String dna2 = "c--CCGgg-TT--T-AA-A";
 243     AlignmentI al1 = loadAlignment(">Seq1\n" + dna1 + "\n>Seq2\n" + dna2
 244             + "\n", "FASTA");
 245     AlignmentI al2 = loadAlignment(">Seq1\n-P--YK\n>Seq2\nG-T--F\n",
 246             "FASTA");
 247     AlignedCodonFrame acf = new AlignedCodonFrame();
 248     // Seq1 has intron at dna positions 3,4,9 so splice is AAG GCC TTT
 249     // Seq2 has intron at dna positions 1,5,6 so splice is CCG TTT AAA
 250     MapList ml1 = new MapList(new int[]
 251     { 1, 2, 5, 8, 10, 12 }, new int[]
 252     { 1, 3 }, 3, 1);
 253     acf.addMap(al1.getSequenceAt(0), al2.getSequenceAt(0), ml1);
 254     MapList ml2 = new MapList(new int[]
 255     { 2, 4, 7, 12 }, new int[]
 256     { 1, 3 }, 3, 1);
 257     acf.addMap(al1.getSequenceAt(1), al2.getSequenceAt(1), ml2);
 258     al2.addCodonFrame(acf);
 259
 260     /*
 261      * Align ignoring gaps in dna introns and exons
 262      */
 263     ((Alignment) al1).alignAs(al2, false, false);
 264     assertEquals("---AAagG------GCCcTTT", al1.getSequenceAt(0)
 265             .getSequenceAsString());
 266     // note 1 gap in protein corresponds to 'gg-' in DNA (3 positions)
 267     assertEquals("cCCGgg-TTT------AAA", al1.getSequenceAt(1)
 268             .getSequenceAsString());
 269
 270     /*
 271      * Reset and realign, preserving gaps in dna introns and exons
 272      */
 273     al1.getSequenceAt(0).setSequence(dna1);
 274     al1.getSequenceAt(1).setSequence(dna2);
 275     ((Alignment) al1).alignAs(al2, true, true);
 276     // String dna1 = "A-Aa-gG-GCC-cT-TT";
 277     // String dna2 = "c--CCGgg-TT--T-AA-A";
 278     // assumption: we include 'the greater of' protein/dna gap lengths, not both
 279     assertEquals("---A-Aa-gG------GCC-cT-TT", al1.getSequenceAt(0)
 280             .getSequenceAsString());
 281     assertEquals("c--CCGgg-TT--T------AA-A", al1.getSequenceAt(1)
 282             .getSequenceAsString());
 283   }
 284 }