test/jalview/datamodel/AlignmentViewTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.hamcrest.MatcherAssert.assertThat;
  24 import static org.hamcrest.Matchers.contains;
  25 import org.hamcrest.Matchers;
  26 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  27
  28 import java.util.Arrays;
  29 import java.util.List;
  30
  31 import jalview.gui.AlignFrame;
  32 import jalview.gui.JvOptionPane;
  33 import jalview.io.DataSourceType;
  34 import jalview.io.FileLoader;
  35 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  36
  37 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  38 import org.testng.annotations.Test;
  39
  40
  41 public class AlignmentViewTest
  42 {
  43
  44   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  45   public void setUpJvOptionPane()
  46   {
  47     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  48     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  49   }
  50
  51   @Test(groups = { "Functional" })
  52   public void testGetVisibleAlignmentGapChar()
  53   {
  54     SeqCigar ss = new SeqCigar(new Sequence("One", "A..CDE"));
  55     CigarArray ca = new CigarArray(new CigarSimple[] { ss });
  56     AlignmentView av = new AlignmentView(ca);
  57     String dots = av.getSequenceStrings('.')[0];
  58     assertEquals(dots, "A..CDE");
  59     String dollars = av.getSequenceStrings('$')[0];
  60     assertEquals(dollars, "A$$CDE");
  61     assertEquals(av.getVisibleAlignment('$').getSequenceAt(0)
  62             .getSequenceAsString(), "A$$CDE");
  63   }
  64
  65   @Test
  66   public void testGetVisibleContigMapFor()
  67   {
  68     AlignFrame af = new FileLoader()
  69         .LoadFileWaitTillLoaded(">seq\nAAA-AAAA---AA--\n",
  70             DataSourceType.PASTE);
  71     var av = af.getViewport();
  72     var seq = av.getAlignment().getSequenceAt(0);
  73     var gapMap = seq.gapMap();
  74     assertThat(Arrays.stream(gapMap).boxed().toArray(Integer[]::new),
  75         Matchers.arrayContaining(0, 1, 2, 4, 5, 6, 7, 11, 12));
  76
  77     av.hideColumns(0, 1);
  78     av.hideColumns(6, 7);
  79     AlignmentView view = av.getAlignmentView(true);
  80     var delMap = view.getVisibleContigMapFor(gapMap);
  81     assertThat(Arrays.stream(delMap).boxed().toArray(Integer[]::new),
  82         Matchers.arrayContaining(2, 3, 4, 7, 8));
  83   }
  84
  85   @Test(groups = { "Functional" })
  86   public void testGetVisibleContigs()
  87   {
  88     AlignFrame af = new FileLoader().LoadFileWaitTillLoaded(
  89             ">s1\n0123456789\n", DataSourceType.PASTE);
  90     AlignmentViewport av = af.getViewport();
  91     AlignmentView view = av.getAlignmentView(true);
  92
  93     /*
  94      * verify getVisibleContigs returns inclusive [start, end] ranges
  95      *
  96      * no columns hidden
  97      */
  98     int[] contigs = view.getVisibleContigs();
  99     assertEquals(contigs, new int[] { 0, 9 });
 100
 101     /*
 102      * hide 3 internal columns
 103      */
 104     av.hideColumns(5, 7);
 105     // the old AlignmentView is now stale!
 106     contigs = view.getVisibleContigs();
 107     assertEquals(contigs, new int[] { 0, 9 });
 108     // get a fresh AlignmentView
 109     view = av.getAlignmentView(true);
 110     contigs = view.getVisibleContigs();
 111     assertEquals(contigs, new int[] { 0, 4, 8, 9 });
 112
 113     // hide first 2 columns
 114     av.hideColumns(0, 1);
 115     view = av.getAlignmentView(true);
 116     contigs = view.getVisibleContigs();
 117     assertEquals(contigs, new int[] { 2, 4, 8, 9 });
 118
 119     // hide last column
 120     av.hideColumns(9, 9);
 121     view = av.getAlignmentView(true);
 122     contigs = view.getVisibleContigs();
 123     assertEquals(contigs, new int[] { 2, 4, 8, 8 });
 124
 125     // unhide columns 5-7
 126     av.showColumn(5);
 127     view = av.getAlignmentView(true);
 128     contigs = view.getVisibleContigs();
 129     assertEquals(contigs, new int[] { 2, 8 });
 130
 131     // hide columns 2-7
 132     av.hideColumns(2, 7);
 133     view = av.getAlignmentView(true);
 134     contigs = view.getVisibleContigs();
 135     assertEquals(contigs, new int[] { 8, 8 });
 136
 137     // hide column 8
 138     av.hideColumns(8, 8);
 139     view = av.getAlignmentView(true);
 140     contigs = view.getVisibleContigs();
 141     assertEquals(contigs, new int[] {});
 142
 143     // unhide all
 144     av.showAllHiddenColumns();
 145     view = av.getAlignmentView(true);
 146     contigs = view.getVisibleContigs();
 147     assertEquals(contigs, new int[] { 0, 9 });
 148   }
 149 }