test/jalview/datamodel/AlignmentViewTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24
  25 import org.testng.annotations.Test;
  26
  27 public class AlignmentViewTest
  28 {
  29   @Test(groups = { "Functional" })
  30   public void testGetVisibleAlignmentGapChar()
  31   {
  32     SeqCigar ss = new SeqCigar(new Sequence("One", "A..CDE"));
  33     CigarArray ca = new CigarArray(new CigarSimple[] { ss });
  34     AlignmentView av = new AlignmentView(ca);
  35     String dots = av.getSequenceStrings('.')[0];
  36     assertEquals(dots, "A..CDE");
  37     String dollars = av.getSequenceStrings('$')[0];
  38     assertEquals(dollars, "A$$CDE");
  39     assertEquals(av.getVisibleAlignment('$').getSequenceAt(0)
  40             .getSequenceAsString(), "A$$CDE");
  41   }
  42 }