test/jalview/datamodel/ContactMatrixTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import org.testng.Assert;
   4 import org.testng.annotations.BeforeClass;
   5 import org.testng.annotations.Test;
   6
   7 import jalview.gui.JvOptionPane;
   8
   9 public class ContactMatrixTest
  10 {
  11   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  12   public void setUpJvOptionPane()
  13   {
  14     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  15     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  16   }
  17
  18   /**
  19    * standard asserts for ContactMatrixI
  20    */
  21   public static void testContactMatrixI(ContactMatrixI cm,
  22           boolean symmetric)
  23   {
  24     // assume contact matrix is square for text
  25     ContactListI clist = cm.getContactList(1);
  26
  27     int width = clist.getContactHeight();
  28     Double minValue, maxValue;
  29     minValue = clist.getContactAt(0);
  30     maxValue = minValue;
  31
  32     for (int p = 0; p < width; p++)
  33     {
  34       ContactListI pList = cm.getContactList(p);
  35       for (int q = p; q < width; q++)
  36       {
  37         if (q == p)
  38         {
  39           // compute minMax for pList
  40           minMax(minValue, maxValue, pList);
  41
  42         }
  43         ContactListI qList = cm.getContactList(q);
  44         if (symmetric)
  45         {
  46           Assert.assertEquals(qList.getContactAt(p), pList.getContactAt(q),
  47                   "Contact matrix not symmetric");
  48         }
  49         else
  50         {
  51           Assert.assertNotEquals(qList.getContactAt(p),
  52                   pList.getContactAt(q),
  53                   "Contact matrix expected to be not symmetric");
  54         }
  55       }
  56     }
  57   }
  58
  59   private static void minMax(Double minValue, Double maxValue,
  60           ContactListI pList)
  61   {
  62     int width = pList.getContactHeight();
  63     for (int rowcol = 0; rowcol < width; rowcol++)
  64     {
  65       double v = pList.getContactAt(rowcol);
  66       if (minValue > v)
  67       {
  68         minValue = v;
  69       }
  70       if (maxValue < v)
  71       {
  72         maxValue = v;
  73       }
  74     }
  75   }
  76
  77   @Test(groups = { "Functional" })
  78   public void testminMaxCalc()
  79   {
  80     ContactListI clist = new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  81     {
  82       double[] val = { 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7 };
  83
  84       @Override
  85       public int getPosition()
  86       {
  87         return 0;
  88       }
  89
  90       @Override
  91       public int getContactHeight()
  92       {
  93         return val.length;
  94       }
  95
  96       @Override
  97       public double getContactAt(int column)
  98       {
  99         if (column < 0 || column >= val.length)
 100         {
 101           return Double.NaN;
 102         }
 103         return val[column];
 104       }
 105
 106     });
 107     // TODO - write test !
 108   }
 109
 110   /**
 111    * test construction and accessors for asymmetric contact matrix
 112    */
 113   @Test(groups = { "Functional" })
 114   public void testAsymmetricContactMatrix()
 115   {
 116     // TODO - write test !
 117
 118   }
 119
 120   /**
 121    * test construction and accessors for symmetric contact matrix
 122    */
 123   @Test(groups = { "Functional" })
 124   public void testSymmetricContactMatrix()
 125   {
 126     // TODO - write test !
 127
 128   }
 129
 130 }