test/jalview/datamodel/DBRefEntryTest.java

   1 /*
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.util.MapList;
  27
  28 import org.testng.annotations.Test;
  29
  30 public class DBRefEntryTest
  31 {
  32
  33   /**
  34    * Tests for the method that compares equality of reference (but not mapping)
  35    */
  36   @Test(groups = { "Functional" })
  37   public void testEqualRef()
  38   {
  39     DBRefEntry ref1 = new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V71633");
  40     assertTrue(ref1.equalRef(ref1));
  41     assertFalse(ref1.equalRef(null));
  42
  43     // comparison is not case sensitive
  44     DBRefEntry ref2 = new DBRefEntry("uniprot", "1", "v71633");
  45     assertTrue(ref1.equalRef(ref2));
  46     assertTrue(ref2.equalRef(ref1));
  47
  48     // source, version and accessionid must match
  49     assertFalse(ref1.equalRef(new DBRefEntry("UNIPRO", "1", "V71633")));
  50     assertFalse(ref1.equalRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "2", "V71633")));
  51     assertFalse(ref1.equalRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "V71632")));
  52
  53     // presence of or differences in mappings are ignored
  54     ref1.setMap(new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] { 1,
  55         1 }, 3, 1)));
  56     assertTrue(ref1.equalRef(ref2));
  57     assertTrue(ref2.equalRef(ref1));
  58     ref1.setMap(new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 6 }, new int[] { 1,
  59         2 }, 3, 1)));
  60     assertTrue(ref1.equalRef(ref2));
  61     assertTrue(ref2.equalRef(ref1));
  62   }
  63 }