test/jalview/datamodel/MappedFeaturesTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4
   5 import jalview.util.MapList;
   6
   7 import java.util.ArrayList;
   8 import java.util.HashMap;
   9 import java.util.List;
  10 import java.util.Map;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class MappedFeaturesTest
  15 {
  16   @Test(groups = "Functional")
  17   public void testFindProteinVariants()
  18   {
  19     /*
  20      * scenario:
  21      * dna/10-20 aCGTaGctGAa (codons CGT=R, GGA = G)
  22      * mapping: 3:1 from [11-13,15,18-19] to peptide/1-2 RG
  23      */
  24     SequenceI from = new Sequence("dna/10-20", "acgTAGCTGAA");
  25     SequenceI to = new Sequence("peptide", "RG");
  26     MapList map = new MapList(new int[] { 11, 13, 15, 15, 18, 19 },
  27             new int[]
  28             { 1, 2 }, 3, 1);
  29     Mapping mapping = new Mapping(to, map);
  30
  31     /*
  32      * variants
  33      * C>T at dna11, consequence CGT>TGT=C
  34      * T>C at dna13, consequence CGT>CGC synonymous
  35      */
  36     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
  37     SequenceFeature sf1 = new SequenceFeature("sequence_variant", "C,T",
  38             11, 11, null);
  39     sf1.setValue("alleles", "C,T");
  40     features.add(sf1);
  41     SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature("sequence_variant", "T,C", 13,
  42             13, null);
  43     sf2.setValue("alleles", "T,C");
  44     features.add(sf2);
  45
  46     /*
  47      * missense variant in first codon
  48      */
  49     MappedFeatures mf = new MappedFeatures(mapping, from, 1, 'R',
  50             features);
  51     String variant = mf.findProteinVariants(sf1);
  52     assertEquals(variant, "p.Arg1Cys");
  53
  54     /*
  55      * more than one alternative allele
  56      * C>G consequence is GGT=G
  57      * peptide variants as a comma-separated list
  58      */
  59     sf1.setValue("alleles", "C,T,G");
  60     variant = mf.findProteinVariants(sf1);
  61     assertEquals(variant, "p.Arg1Cys,p.Arg1Gly");
  62
  63     /*
  64      * synonymous variant in first codon
  65      * shown in HGVS notation on peptide
  66      */
  67     variant = mf.findProteinVariants(sf2);
  68     assertEquals(variant, "c.13T>C(p.=)");
  69
  70     /*
  71      * CSQ:HGVSp value is used if present
  72      * _and_ it contains "p." following a colon
  73      */
  74     Map<String, String> csq = new HashMap<>();
  75     csq.put("HGVSp", "hello:world");
  76     sf2.setValue("CSQ", csq);
  77     variant = mf.findProteinVariants(sf2);
  78     assertEquals(variant, "c.13T>C(p.=)");
  79     csq.put("HGVSp", "p.HelloWorld");
  80     variant = mf.findProteinVariants(sf2);
  81     assertEquals(variant, "c.13T>C(p.=)");
  82     csq.put("HGVSp", "try this:hellop.world");
  83     variant = mf.findProteinVariants(sf2);
  84     assertEquals(variant, "hellop.world");
  85
  86     /*
  87      * missense and indel variants in second codon
  88      * - codon is GGA spliced from dna positions 15,18,19
  89      * - SNP G>T in second position mutates GGA>G to GTA>V
  90      * - indel variants are not computed or reported
  91      */
  92     mf = new MappedFeatures(mapping, from, 2, 'G', features);
  93     features.clear();
  94     SequenceFeature sf3 = new SequenceFeature("sequence_variant",
  95             "G,-,CG,T", 18, 18, null);
  96     sf3.setValue("alleles", "G,-,CG,T");
  97     features.add(sf3);
  98     variant = mf.findProteinVariants(sf3);
  99     assertEquals(variant, "p.Gly2Val");
 100
 101     /*
 102      * G>T in first position gives TGA Stop
 103      * shown with HGVS notation as 'Ter'
 104      */
 105     SequenceFeature sf4 = new SequenceFeature("sequence_variant", "G,T", 15,
 106             15, null);
 107     sf4.setValue("alleles", "G,-,CG,T");
 108     features.add(sf4);
 109     variant = mf.findProteinVariants(sf4);
 110     assertEquals(variant, "p.Gly2Ter");
 111
 112     /*
 113      * feature must be one of those in MappedFeatures
 114      */
 115     SequenceFeature sf9 = new SequenceFeature("sequence_variant", "G,C", 15,
 116             15, null);
 117     variant = mf.findProteinVariants(sf9);
 118     assertEquals(variant, "");
 119   }
 120 }