test/jalview/datamodel/MappingTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24
  25 import jalview.util.MapList;
  26
  27 import java.util.Arrays;
  28
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 /**
  32  * Test class refactored from main method
  33  */
  34 public class MappingTest
  35 {
  36   /**
  37    * trite test of the intersectVisContigs method for a simple DNA -> Protein
  38    * exon map and a range of visContigs
  39    */
  40   @Test(groups = { "Functional" })
  41   public void testIntersectVisContigs()
  42   {
  43     MapList fk = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13, 15, 23 }, new int[] {
  44         1, 7 }, 3, 1);
  45     Mapping m = new Mapping(fk);
  46     Mapping m_1 = m.intersectVisContigs(new int[] { fk.getFromLowest(),
  47         fk.getFromHighest() });
  48     Mapping m_2 = m.intersectVisContigs(new int[] { 1, 7, 11, 20 });
  49
  50     // assertions from output values 'as is', not checked for correctness
  51     String result = Arrays.deepToString(m_1.map.getFromRanges().toArray());
  52     System.out.println(result);
  53     assertEquals("[[1, 6], [8, 13], [15, 23]]", result);
  54
  55     result = Arrays.deepToString(m_2.map.getFromRanges().toArray());
  56     System.out.println(result);
  57     assertEquals("[[1, 6], [11, 13], [15, 20]]", result);
  58   }
  59
  60 }