test/jalview/datamodel/MappingTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  25
  26 import jalview.util.MapList;
  27
  28 import java.util.Arrays;
  29
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 /**
  33  * Test class refactored from main method
  34  */
  35 public class MappingTest
  36 {
  37   /**
  38    * trite test of the intersectVisContigs method for a simple DNA -> Protein
  39    * exon map and a range of visContigs
  40    */
  41   @Test(groups = { "Functional" })
  42   public void testIntersectVisContigs()
  43   {
  44     MapList fk = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13, 15, 23 }, new int[] {
  45         1, 7 }, 3, 1);
  46     Mapping m = new Mapping(fk);
  47     Mapping m_1 = m.intersectVisContigs(new int[] { fk.getFromLowest(),
  48         fk.getFromHighest() });
  49     Mapping m_2 = m.intersectVisContigs(new int[] { 1, 7, 11, 20 });
  50
  51     // assertions from output values 'as is', not checked for correctness
  52     String result = Arrays.deepToString(m_1.map.getFromRanges().toArray());
  53     System.out.println(result);
  54     assertEquals("[[1, 6], [8, 13], [15, 23]]", result);
  55
  56     result = Arrays.deepToString(m_2.map.getFromRanges().toArray());
  57     System.out.println(result);
  58     assertEquals("[[1, 6], [11, 13], [15, 20]]", result);
  59   }
  60
  61   @Test(groups = { "Functional" })
  62   public void testToString()
  63   {
  64     /*
  65      * with no sequence
  66      */
  67     MapList fk = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13 }, new int[] { 4, 7 },
  68             3, 1);
  69     Mapping m = new Mapping(fk);
  70     assertEquals("[ [1, 6] [8, 13] ] 3:1 to [ [4, 7] ] ", m.toString());
  71
  72     /*
  73      * with a sequence
  74      */
  75     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "");
  76     m = new Mapping(seq, fk);
  77     assertEquals("[ [1, 6] [8, 13] ] 3:1 to [ [4, 7] ] Seq1", m.toString());
  78   }
  79
  80   @Test(groups = { "Functional" })
  81   public void testCopyConstructor()
  82   {
  83     MapList ml = new MapList(new int[] { 1, 6, 8, 13 }, new int[] { 4, 7 },
  84             3, 1);
  85     SequenceI seq = new Sequence("seq1", "agtacg");
  86     Mapping m = new Mapping(seq, ml);
  87     m.setMappedFromId("abc");
  88     Mapping copy = new Mapping(m);
  89     assertEquals("abc", copy.getMappedFromId());
  90     assertEquals(ml, copy.getMap());
  91     assertSame(seq, copy.getTo());
  92   }
  93 }