test/jalview/datamodel/MatchTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  28
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 public class MatchTest
  32 {
  33
  34   @Test(groups = { "Functional" })
  35   public void testToString()
  36   {
  37     SequenceI seq = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  38     Match m = new SearchResults().new Match(seq, 3, 5);
  39     assertEquals("2cde", m.toString());
  40   }
  41
  42   @Test(groups = { "Functional" })
  43   public void testGetCharacters()
  44   {
  45     SequenceI seq = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  46     Match m = new SearchResults().new Match(seq, 3, 5);
  47     assertEquals("cde", m.getCharacters());
  48   }
  49
  50   @Test(groups = { "Functional" })
  51   public void testEquals()
  52   {
  53     SequenceI seq1 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  54     SequenceI seq2 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  55     SearchResults sr1 = new SearchResults();
  56     SearchResults sr2 = new SearchResults();
  57
  58     assertFalse(sr1.equals(null));
  59     assertFalse(sr1.equals(seq1));
  60     assertTrue(sr1.equals(sr1));
  61     assertTrue(sr1.equals(sr2));
  62     assertTrue(sr2.equals(sr1));
  63
  64     sr1.addResult(seq1, 1, 1);
  65     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  66     assertFalse(sr2.equals(sr1));
  67
  68     sr2.addResult(seq1, 1, 1);
  69     assertTrue(sr1.equals(sr2));
  70     assertTrue(sr2.equals(sr1));
  71
  72     /*
  73      * same match but on different sequences - not equal
  74      */
  75     SearchResults sr3 = new SearchResults();
  76     sr3.addResult(seq2, 1, 1);
  77     assertFalse(sr1.equals(sr3));
  78     assertFalse(sr3.equals(sr1));
  79
  80     /*
  81      * same sequence but different end position - not equal
  82      */
  83     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
  84     sr2.addResult(seq1, 3, 5);
  85     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  86
  87     /*
  88      * same sequence but different start position - not equal
  89      */
  90     sr1 = new SearchResults();
  91     sr2 = new SearchResults();
  92     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
  93     sr2.addResult(seq1, 2, 4);
  94     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  95   }
  96 }