test/jalview/datamodel/MatchTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import org.testng.annotations.Test;
  28
  29 public class MatchTest
  30 {
  31
  32   @Test(groups = { "Functional" })
  33   public void testToString()
  34   {
  35     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "abcdefghijklm");
  36     SearchResultMatchI m = new SearchResults().new Match(seq, 3, 5);
  37     assertEquals("Seq1/3-5", m.toString());
  38   }
  39
  40   @Test(groups = { "Functional" })
  41   public void testEquals()
  42   {
  43     SequenceI seq1 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  44     SequenceI seq2 = new Sequence("", "abcdefghijklm");
  45     SearchResultsI sr1 = new SearchResults();
  46     SearchResultsI sr2 = new SearchResults();
  47
  48     assertFalse(sr1.equals(null));
  49     assertFalse(sr1.equals(seq1));
  50     assertTrue(sr1.equals(sr1));
  51     assertTrue(sr1.equals(sr2));
  52     assertTrue(sr2.equals(sr1));
  53
  54     sr1.addResult(seq1, 1, 1);
  55     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  56     assertFalse(sr2.equals(sr1));
  57
  58     sr2.addResult(seq1, 1, 1);
  59     assertTrue(sr1.equals(sr2));
  60     assertTrue(sr2.equals(sr1));
  61
  62     /*
  63      * same match but on different sequences - not equal
  64      */
  65     SearchResultsI sr3 = new SearchResults();
  66     sr3.addResult(seq2, 1, 1);
  67     assertFalse(sr1.equals(sr3));
  68     assertFalse(sr3.equals(sr1));
  69
  70     /*
  71      * same sequence but different end position - not equal
  72      */
  73     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
  74     sr2.addResult(seq1, 3, 5);
  75     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  76
  77     /*
  78      * same sequence but different start position - not equal
  79      */
  80     sr1 = new SearchResults();
  81     sr2 = new SearchResults();
  82     sr1.addResult(seq1, 3, 4);
  83     sr2.addResult(seq1, 2, 4);
  84     assertFalse(sr1.equals(sr2));
  85   }
  86 }