test/jalview/datamodel/PAEContactMatrixTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.Assert.*;
   4
   5 import org.testng.Assert;
   6 import org.testng.annotations.BeforeClass;
   7 import org.testng.annotations.Test;
   8
   9 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  10 import jalview.analysis.SeqsetUtils;
  11 import jalview.gui.JvOptionPane;
  12 import jalview.util.MapList;
  13 import jalview.ws.datamodel.MappableContactMatrixI;
  14 import jalview.ws.datamodel.alphafold.PAEContactMatrix;
  15
  16 public class PAEContactMatrixTest
  17 {
  18   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  19   public void setUpJvOptionPane()
  20   {
  21     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  22     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  23   }
  24
  25   static float[][] PAEdata = { { 1.0f, 2.0f, 3.0f, 4.0f, 5.0f },
  26       { 2.0f, 1.0f, 2.0f, 3.0f, 4.0f },
  27       { 3.0f, 2.0f, 1.0f, 2.0f, 3.0f },
  28       { 4.0f, 3.0f, 2.0f, 1.0f, 2.0f },
  29       { 5.0f, 4.0f, 3.0f, 2.0f, 1.0f } };
  30
  31   /**
  32    * test associations for a PAE matrix
  33    */
  34   @Test(groups = { "Functional" })
  35   public void testSeqAssociatedPAEMatrix()
  36   {
  37     Sequence seq = new Sequence("Seq", "ASDQE");
  38     AlignmentAnnotation aa = seq
  39             .addContactList(new PAEContactMatrix(seq, PAEdata));
  40     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 0));
  41     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 0).getContactAt(0), 1.0);
  42     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 1));
  43     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 1).getContactAt(1), 1.0);
  44     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 2));
  45     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 2).getContactAt(2), 1.0);
  46     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 3));
  47     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 3).getContactAt(3), 1.0);
  48     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, 4));
  49     assertEquals(seq.getContactListFor(aa, 4).getContactAt(4), 1.0);
  50
  51     assertNotNull(seq.getContactListFor(aa, seq.getEnd() - 1));
  52     assertNull(seq.getContactListFor(aa, seq.getEnd()));
  53
  54     ContactListI cm = seq.getContactListFor(aa, seq.getStart());
  55     assertEquals(cm.getContactAt(seq.getStart()), 1d);
  56     verifyPAEmatrix(seq, aa, 0, 0, 4);
  57
  58     // Now associated with sequence not starting at 1
  59     seq = new Sequence("Seq/5-9", "ASDQE");
  60     ContactMatrixI paematrix = new PAEContactMatrix(seq, PAEdata);
  61     aa = seq.addContactList(paematrix);
  62     assertNotNull(aa);
  63     // individual annotation elements need to be distinct for Matrix associated
  64     // rows
  65     Annotation ae5 = aa.getAnnotationForPosition(5);
  66     Annotation ae6 = aa.getAnnotationForPosition(6);
  67     assertNotNull(ae5);
  68     assertNotNull(ae6);
  69     assertTrue(ae5 != ae6);
  70
  71     cm = seq.getContactListFor(aa, 0);
  72     assertEquals(cm.getContactAt(0), 1d);
  73     verifyPAEmatrix(seq, aa, 0, 0, 4);
  74
  75     // test clustering
  76     paematrix.setGroupSet(GroupSet.makeGroups(paematrix, 0.1f, false));
  77
  78     // remap - test the MappableContactMatrix.liftOver method
  79     SequenceI newseq = new Sequence("Seq", "ASDQEASDQEASDQE");
  80     Mapping sqmap = new Mapping(seq,
  81             new MapList(new int[]
  82             { 5, 8, 10, 10 }, new int[] { 5, 9 }, 1, 1));
  83     assertTrue(paematrix instanceof MappableContactMatrixI);
  84
  85     MappableContactMatrixI remapped = ((MappableContactMatrixI) paematrix)
  86             .liftOver(newseq, sqmap);
  87     assertTrue(remapped instanceof PAEContactMatrix);
  88
  89     AlignmentAnnotation newaa = newseq.addContactList(remapped);
  90     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(1)));
  91     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(4)));
  92     assertNotNull(
  93             newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(5)));
  94     assertNotNull(
  95             newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(6)));
  96     assertNotNull(
  97             newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(7)));
  98     assertNotNull(
  99             newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(8)));
 100     // no mapping for position 9
 101     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(9)));
 102     // last column
 103     assertNotNull(
 104             newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(10)));
 105
 106     // verify MappedPositions includes discontinuity
 107     int[] mappedCl = newseq.getContactListFor(newaa, 5)
 108             .getMappedPositionsFor(0, 4);
 109     assertEquals(4, mappedCl.length,
 110             "getMappedPositionsFor doesn't support discontinuous mappings to contactList");
 111
 112     // make it harder.
 113
 114     SequenceI alseq = newseq.getSubSequence(6, 10);
 115     alseq.insertCharAt(2, 2, '-');
 116     AlignmentI alForSeq = new Alignment(new SequenceI[] { alseq });
 117     newaa = AlignmentUtils.addReferenceAnnotationTo(alForSeq, alseq, newaa,
 118             null);
 119     ContactListI alcl = alForSeq.getContactListFor(newaa, 1);
 120     assertNotNull(alcl);
 121     mappedCl = alcl.getMappedPositionsFor(0, 4);
 122     assertNotNull(mappedCl);
 123     assertEquals(4, mappedCl.length,
 124             "getMappedPositionsFor doesn't support discontinuous mappings to contactList");
 125
 126     // remap2 - test with original matrix map from 1-5 remapped to 5-9
 127
 128     seq = new Sequence("Seq/1-5", "ASDQE");
 129     paematrix = new PAEContactMatrix(seq, PAEdata);
 130     assertTrue(paematrix instanceof MappableContactMatrixI);
 131     aa = seq.addContactList(paematrix);
 132
 133     newseq = new Sequence("Seq", "ASDQEASDQEASDQE");
 134     sqmap = new Mapping(seq,
 135             new MapList(new int[]
 136             { 5, 9 }, new int[] { 1, 5 }, 1, 1));
 137
 138     remapped = ((MappableContactMatrixI) paematrix).liftOver(newseq, sqmap);
 139     assertTrue(remapped instanceof PAEContactMatrix);
 140
 141     newaa = newseq.addContactList(remapped);
 142     verify_mapping(newseq, newaa);
 143
 144     // remap3 - remap2 but mapping sense in liftover is reversed
 145
 146     seq = new Sequence("Seq/1-5", "ASDQE");
 147     paematrix = new PAEContactMatrix(seq, PAEdata);
 148     assertTrue(paematrix instanceof MappableContactMatrixI);
 149     aa = seq.addContactList(paematrix);
 150
 151     newseq = new Sequence("Seq", "ASDQEASDQEASDQE");
 152     sqmap = new Mapping(newseq,
 153             new MapList(new int[]
 154             { 1, 5 }, new int[] { 5, 9 }, 1, 1));
 155
 156     remapped = ((MappableContactMatrixI) paematrix).liftOver(newseq, sqmap);
 157     assertTrue(remapped instanceof PAEContactMatrix);
 158
 159     newaa = newseq.addContactList(remapped);
 160     verify_mapping(newseq, newaa);
 161   }
 162
 163   /**
 164    * checks that the PAE matrix is located at positions 1-9 in newseq, and
 165    * columns are not truncated.
 166    *
 167    * @param newseq
 168    * @param newaa
 169    */
 170   private void verify_mapping(SequenceI newseq, AlignmentAnnotation newaa)
 171   {
 172     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(1)));
 173     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(4)));
 174     assertNotNull(
 175             newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(5)));
 176     assertNotNull(
 177             newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(6)));
 178     assertNotNull(
 179             newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(7)));
 180     assertNotNull(
 181             newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(8)));
 182     assertNotNull(
 183             newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(9)));
 184     // last column should be null this time
 185     assertNull(newseq.getContactListFor(newaa, -1 + newseq.findIndex(10)));
 186
 187     verifyPAEmatrix(newseq, newaa, 4, 4, 8);
 188   }
 189
 190   private void verifyPAEmatrix(SequenceI seq, AlignmentAnnotation aa,
 191           int topl, int rowl, int rowr)
 192   {
 193     int[] mappedCl;
 194     for (int f = rowl; f <= rowr; f++)
 195     {
 196       ContactListI clist = seq.getContactListFor(aa, f);
 197       assertNotNull(clist, "No ContactListI for position " + (f));
 198       assertEquals(clist.getContactAt(0), (double) f - topl + 1,
 199               "for column " + f + " relative to " + topl);
 200       mappedCl = clist.getMappedPositionsFor(0, 0);
 201       assertNotNull(mappedCl);
 202       assertEquals(mappedCl[0], mappedCl[1]);
 203       assertEquals(mappedCl[0], seq.findIndex(seq.getStart() + topl));
 204       assertEquals(clist.getContactAt(f - topl), 1d,
 205               "for column and row " + f + " relative to " + topl);
 206     }
 207   }
 208
 209 }