test/jalview/datamodel/PDBEntryTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotEquals;
  26 import static org.testng.Assert.assertNull;
  27
  28 //import org.testng.Assert;
  29 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  30 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class PDBEntryTest
  34 {
  35
  36   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  37   public void setUp() throws Exception
  38   {
  39   }
  40
  41   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  42   public void tearDown() throws Exception
  43   {
  44   }
  45
  46   @Test(groups = { "Functional" })
  47   public void testEquals()
  48   {
  49     PDBEntry pdbEntry = new PDBEntry("1xyz", "A", PDBEntry.Type.PDB,
  50             "x/y/z/File");
  51
  52     PDBEntry case1 = new PDBEntry("1XYZ", "A", PDBEntry.Type.PDB,
  53             "x/y/z/File");
  54     PDBEntry case2 = new PDBEntry("1xyz", "a", PDBEntry.Type.PDB,
  55             "x/y/z/File");
  56     PDBEntry case3 = new PDBEntry("1xyz", "A", PDBEntry.Type.FILE,
  57             "x/y/z/File");
  58     PDBEntry case4 = new PDBEntry(null, null, null, null);
  59     PDBEntry case5 = new PDBEntry(null, "A", PDBEntry.Type.PDB,
  60             "x/y/z/File");
  61     PDBEntry case6 = new PDBEntry("1xyz", null, PDBEntry.Type.PDB,
  62             "x/y/z/File");
  63     PDBEntry case7 = new PDBEntry("1xyz", "A", null, "x/y/z/File");
  64     PDBEntry case8 = new PDBEntry("1xyz", "A", PDBEntry.Type.PDB, null);
  65     PDBEntry case9 = new PDBEntry("1xyz", "A", null, "x/y/z/File");
  66
  67     /*
  68      * assertions will invoke PDBEntry.equals()
  69      */
  70     assertFalse(pdbEntry.equals(null));
  71     assertFalse(pdbEntry.equals("a"));
  72     assertEquals(case1, pdbEntry);
  73     assertEquals(case2, pdbEntry);
  74     assertNotEquals(case3, pdbEntry);
  75     assertNotEquals(case4, pdbEntry);
  76     assertNotEquals(case5, pdbEntry);
  77     assertNotEquals(case6, pdbEntry);
  78     assertNotEquals(case7, pdbEntry);
  79     assertEquals(case8, pdbEntry);
  80     assertEquals(case7, case9);
  81
  82     /*
  83      * change string wrapper property to string...
  84      */
  85     case1.getProperty().put("chain_code", "a");
  86     assertFalse(pdbEntry.equals(case1));
  87     assertFalse(case1.equals(pdbEntry));
  88   }
  89
  90   @Test(groups = { "Functional" })
  91   public void testSetChainCode()
  92   {
  93     PDBEntry pdbEntry = new PDBEntry("1xyz", null, PDBEntry.Type.PDB,
  94             "x/y/z/File");
  95     assertNull(pdbEntry.getChainCode());
  96
  97     pdbEntry.setChainCode("a");
  98     assertEquals("a", pdbEntry.getChainCode());
  99
 100     pdbEntry.setChainCode(null);
 101     assertNull(pdbEntry.getChainCode());
 102   }
 103 }