test/jalview/datamodel/PDBEntryTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertFalse;
  25 import static org.testng.Assert.assertNotEquals;
  26 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
  27 import static org.testng.Assert.assertNull;
  28 import static org.testng.Assert.assertSame;
  29 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  30
  31 //import org.testng.Assert;
  32 import org.testng.annotations.AfterMethod;
  33 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  34 import org.testng.annotations.Test;
  35
  36 public class PDBEntryTest
  37 {
  38
  39   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  40   public void setUp() throws Exception
  41   {
  42   }
  43
  44   @AfterMethod(alwaysRun = true)
  45   public void tearDown() throws Exception
  46   {
  47   }
  48
  49   @Test(groups = { "Functional" })
  50   public void testEquals()
  51   {
  52     PDBEntry pdbEntry = new PDBEntry("1xyz", "A", PDBEntry.Type.PDB,
  53             "x/y/z/File");
  54
  55     PDBEntry case1 = new PDBEntry("1XYZ", "A", PDBEntry.Type.PDB,
  56             "x/y/z/File");
  57     PDBEntry case2 = new PDBEntry("1xyz", "a", PDBEntry.Type.PDB,
  58             "x/y/z/File");
  59     PDBEntry case3 = new PDBEntry("1xyz", "A", PDBEntry.Type.FILE,
  60             "x/y/z/File");
  61     PDBEntry case4 = new PDBEntry(null, null, null, null);
  62     PDBEntry case5 = new PDBEntry(null, "A", PDBEntry.Type.PDB,
  63             "x/y/z/File");
  64     PDBEntry case6 = new PDBEntry("1xyz", null, PDBEntry.Type.PDB,
  65             "x/y/z/File");
  66     PDBEntry case7 = new PDBEntry("1xyz", "A", null, "x/y/z/File");
  67     PDBEntry case8 = new PDBEntry("1xyz", "A", PDBEntry.Type.PDB, null);
  68     PDBEntry case9 = new PDBEntry("1xyz", "A", null, "x/y/z/File");
  69
  70     /*
  71      * assertions will invoke PDBEntry.equals()
  72      */
  73     assertFalse(pdbEntry.equals(null));
  74     assertFalse(pdbEntry.equals("a"));
  75     assertEquals(case1, pdbEntry);
  76     assertEquals(case2, pdbEntry);
  77     assertNotEquals(case3, pdbEntry);
  78     assertNotEquals(case4, pdbEntry);
  79     assertNotEquals(case5, pdbEntry);
  80     assertNotEquals(case6, pdbEntry);
  81     assertNotEquals(case7, pdbEntry);
  82     assertEquals(case8, pdbEntry);
  83     assertEquals(case7, case9);
  84
  85     /*
  86      * change string wrapper property to string...
  87      */
  88     case1.getProperty().put("chain_code", "a");
  89     assertFalse(pdbEntry.equals(case1));
  90     assertFalse(case1.equals(pdbEntry));
  91   }
  92
  93   @Test(groups = { "Functional" })
  94   public void testSetChainCode()
  95   {
  96     PDBEntry pdbEntry = new PDBEntry("1xyz", null, PDBEntry.Type.PDB,
  97             "x/y/z/File");
  98     assertNull(pdbEntry.getChainCode());
  99
 100     pdbEntry.setChainCode("a");
 101     assertEquals("a", pdbEntry.getChainCode());
 102
 103     pdbEntry.setChainCode(null);
 104     assertNull(pdbEntry.getChainCode());
 105   }
 106
 107   @Test(groups = { "Functional" })
 108   public void testGetType()
 109   {
 110     assertSame(PDBEntry.Type.FILE, PDBEntry.Type.getType("FILE"));
 111     assertSame(PDBEntry.Type.FILE, PDBEntry.Type.getType("File"));
 112     assertSame(PDBEntry.Type.FILE, PDBEntry.Type.getType("file"));
 113     assertNotSame(PDBEntry.Type.FILE, PDBEntry.Type.getType("file "));
 114   }
 115
 116   @Test(groups = { "Functional" })
 117   public void testTypeMatches()
 118   {
 119     // TODO Type.matches() is not used - delete?
 120     assertTrue(PDBEntry.Type.FILE.matches("FILE"));
 121     assertTrue(PDBEntry.Type.FILE.matches("File"));
 122     assertTrue(PDBEntry.Type.FILE.matches("file"));
 123     assertFalse(PDBEntry.Type.FILE.matches("FILE "));
 124   }
 125 }