test/jalview/datamodel/SeqCigarTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25
  26 import org.testng.annotations.Test;
  27
  28 /**
  29  * Unit tests for SeqCigar
  30  */
  31 public class SeqCigarTest
  32 {
  33   /*
  34    * refactored 'as is' from main method
  35    *
  36    * TODO: split into separate tests
  37    */
  38   @Test(groups = { "Functional" })
  39   public void testSomething() throws Exception
  40   {
  41     String o_seq = "asdfktryasdtqwrtsaslldddptyipqqwaslchvhttt";
  42     Sequence s = new Sequence("MySeq", o_seq, 39, 80);
  43     String orig_gapped = "----asdf------ktryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slchvhttt";
  44     Sequence s_gapped = new Sequence("MySeq", orig_gapped, 39, 80);
  45     String ex_cs_gapped = "4I4M6I6M3I11M4I12M4I9M";
  46     s_gapped.setDatasetSequence(s);
  47     String sub_gapped_s = "------ktryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slchvh";
  48     Sequence s_subsequence_gapped = new Sequence("MySeq", sub_gapped_s, 43,
  49             77);
  50     s_subsequence_gapped.setDatasetSequence(s);
  51
  52     SeqCigar c_null = new SeqCigar(s);
  53     String cs_null = c_null.getCigarstring();
  54     assertEquals("Failed to recover ungapped sequence cigar operations",
  55             "42M", cs_null);
  56     testCigar_string(s_gapped, ex_cs_gapped);
  57     SeqCigar gen_sgapped = SeqCigar.parseCigar(s, ex_cs_gapped);
  58     assertEquals("Failed parseCigar", ex_cs_gapped,
  59             gen_sgapped.getCigarstring());
  60
  61     testSeqRecovery(gen_sgapped, s_gapped);
  62
  63     /*
  64      * Test dataset resolution
  65      */
  66     SeqCigar sub_gapped = new SeqCigar(s_subsequence_gapped);
  67     testSeqRecovery(sub_gapped, s_subsequence_gapped);
  68
  69     /*
  70      * Test width functions
  71      */
  72     assertEquals("Failed getWidth", sub_gapped_s.length(),
  73             sub_gapped.getWidth());
  74
  75     sub_gapped.getFullWidth();
  76     assertFalse("hasDeletedRegions is incorrect",
  77             sub_gapped.hasDeletedRegions());
  78
  79     // Test start-end region SeqCigar
  80     SeqCigar sub_se_gp = new SeqCigar(s_subsequence_gapped, 8, 48);
  81     assertEquals(
  82             "SeqCigar(seq, start, end) not properly clipped alignsequence",
  83             41, sub_se_gp.getWidth());
  84
  85     /*
  86      * TODO: can we add assertions to the sysouts that follow?
  87      */
  88     System.out.println("Original sequence align:\n" + sub_gapped_s
  89             + "\nReconstructed window from 8 to 48\n" + "XXXXXXXX"
  90             + sub_se_gp.getSequenceString('-') + "..." + "\nCigar String:"
  91             + sub_se_gp.getCigarstring() + "\n");
  92     SequenceI ssgp = sub_se_gp.getSeq('-');
  93     System.out.println("\t " + ssgp.getSequenceAsString());
  94     for (int r = 0; r < 10; r++)
  95     {
  96       sub_se_gp = new SeqCigar(s_subsequence_gapped, 8, 48);
  97       int sl = sub_se_gp.getWidth();
  98       int st = sl - 1 - r;
  99       for (int rs = 0; rs < 10; rs++)
 100       {
 101         int e = st + rs;
 102         sub_se_gp.deleteRange(st, e);
 103         String ssgapedseq = sub_se_gp.getSeq('-').getSequenceAsString();
 104         System.out.println(st + "," + e + "\t:" + ssgapedseq);
 105         st -= 3;
 106       }
 107     }
 108
 109     SeqCigar[] set = new SeqCigar[] { new SeqCigar(s),
 110         new SeqCigar(s_subsequence_gapped, 8, 48), new SeqCigar(s_gapped) };
 111     Alignment al = new Alignment(set);
 112     for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 113     {
 114       System.out.println("" + al.getSequenceAt(i).getName() + "\t"
 115               + al.getSequenceAt(i).getStart() + "\t"
 116               + al.getSequenceAt(i).getEnd() + "\t"
 117               + al.getSequenceAt(i).getSequenceAsString());
 118     }
 119
 120     System.out.println("Gapped.");
 121     set = new SeqCigar[] { new SeqCigar(s),
 122         new SeqCigar(s_subsequence_gapped, 8, 48), new SeqCigar(s_gapped) };
 123     set[0].deleteRange(20, 25);
 124     al = new Alignment(set);
 125     for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 126     {
 127       System.out.println("" + al.getSequenceAt(i).getName() + "\t"
 128               + al.getSequenceAt(i).getStart() + "\t"
 129               + al.getSequenceAt(i).getEnd() + "\t"
 130               + al.getSequenceAt(i).getSequenceAsString());
 131     }
 132
 133     // if (!ssgapedseq.equals("ryas---dtqqwa----slchvh"))
 134     // System.err.println("Subseqgaped\n------ktryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slchvhryas---dtqwrtsasll--qwa----slchvh\n"+ssgapedseq+"\n"+sub_se_gp.getCigarstring());
 135   }
 136
 137   /**
 138    * non rigorous testing
 139    *
 140    * @param seq
 141    *          Sequence
 142    * @param ex_cs_gapped
 143    *          String
 144    * @return String
 145    */
 146
 147   protected void testCigar_string(Sequence seq, String ex_cs_gapped)
 148   {
 149     SeqCigar c_sgapped = new SeqCigar(seq);
 150     String cs_gapped = c_sgapped.getCigarstring();
 151     assertEquals("Failed getCigarstring", ex_cs_gapped, cs_gapped);
 152   }
 153
 154   protected void testSeqRecovery(SeqCigar gen_sgapped, SequenceI s_gapped)
 155   {
 156     // this is non-rigorous - start and end recovery is not tested.
 157     SequenceI gen_sgapped_s = gen_sgapped.getSeq('-');
 158     // assertEquals("Couldn't reconstruct sequence", s_gapped.getSequence(),
 159     // gen_sgapped_s);
 160     if (!gen_sgapped_s.getSequence().equals(s_gapped.getSequence()))
 161     {
 162       // TODO: investigate errors reported here, to allow full conversion to
 163       // passing JUnit assertion form
 164       System.err.println("Couldn't reconstruct sequence.\n"
 165               + gen_sgapped_s.getSequenceAsString() + "\n"
 166               + s_gapped.getSequenceAsString());
 167     }
 168   }
 169
 170 }