test/jalview/datamodel/SeqCigarTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
   5
   6 import org.testng.annotations.Test;
   7
   8 /**
   9  * Unit tests for SeqCigar
  10  */
  11 public class SeqCigarTest
  12 {
  13   /*
  14    * refactored 'as is' from main method
  15    *
  16    * TODO: split into separate tests
  17    */
  18   @Test
  19   public void testSomething() throws Exception
  20   {
  21     String o_seq = "asdfktryasdtqwrtsaslldddptyipqqwaslchvhttt";
  22     Sequence s = new Sequence("MySeq", o_seq, 39, 80);
  23     String orig_gapped = "----asdf------ktryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slchvhttt";
  24     Sequence s_gapped = new Sequence("MySeq", orig_gapped, 39, 80);
  25     String ex_cs_gapped = "4I4M6I6M3I11M4I12M4I9M";
  26     s_gapped.setDatasetSequence(s);
  27     String sub_gapped_s = "------ktryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slchvh";
  28     Sequence s_subsequence_gapped = new Sequence("MySeq", sub_gapped_s, 43,
  29             77);
  30     s_subsequence_gapped.setDatasetSequence(s);
  31
  32     SeqCigar c_null = new SeqCigar(s);
  33     String cs_null = c_null.getCigarstring();
  34     assertEquals("Failed to recover ungapped sequence cigar operations",
  35             "42M", cs_null);
  36     testCigar_string(s_gapped, ex_cs_gapped);
  37     SeqCigar gen_sgapped = SeqCigar.parseCigar(s, ex_cs_gapped);
  38     assertEquals("Failed parseCigar", ex_cs_gapped,
  39             gen_sgapped.getCigarstring());
  40
  41     testSeqRecovery(gen_sgapped, s_gapped);
  42
  43     /*
  44      * Test dataset resolution
  45      */
  46     SeqCigar sub_gapped = new SeqCigar(s_subsequence_gapped);
  47     testSeqRecovery(sub_gapped, s_subsequence_gapped);
  48
  49     /*
  50      * Test width functions
  51      */
  52     assertEquals("Failed getWidth", sub_gapped_s.length(),
  53             sub_gapped.getWidth());
  54
  55     sub_gapped.getFullWidth();
  56     assertFalse("hasDeletedRegions is incorrect",
  57             sub_gapped.hasDeletedRegions());
  58
  59     // Test start-end region SeqCigar
  60     SeqCigar sub_se_gp = new SeqCigar(s_subsequence_gapped, 8, 48);
  61     assertEquals(
  62             "SeqCigar(seq, start, end) not properly clipped alignsequence",
  63             41, sub_se_gp.getWidth());
  64
  65     /*
  66      * TODO: can we add assertions to the sysouts that follow?
  67      */
  68     System.out.println("Original sequence align:\n" + sub_gapped_s
  69             + "\nReconstructed window from 8 to 48\n" + "XXXXXXXX"
  70             + sub_se_gp.getSequenceString('-') + "..." + "\nCigar String:"
  71             + sub_se_gp.getCigarstring() + "\n");
  72     SequenceI ssgp = sub_se_gp.getSeq('-');
  73     System.out.println("\t " + ssgp.getSequenceAsString());
  74     for (int r = 0; r < 10; r++)
  75     {
  76       sub_se_gp = new SeqCigar(s_subsequence_gapped, 8, 48);
  77       int sl = sub_se_gp.getWidth();
  78       int st = sl - 1 - r;
  79       for (int rs = 0; rs < 10; rs++)
  80       {
  81         int e = st + rs;
  82         sub_se_gp.deleteRange(st, e);
  83         String ssgapedseq = sub_se_gp.getSeq('-').getSequenceAsString();
  84         System.out.println(st + "," + e + "\t:" + ssgapedseq);
  85         st -= 3;
  86       }
  87     }
  88
  89     SeqCigar[] set = new SeqCigar[]
  90     { new SeqCigar(s), new SeqCigar(s_subsequence_gapped, 8, 48),
  91         new SeqCigar(s_gapped) };
  92     Alignment al = new Alignment(set);
  93     for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
  94     {
  95       System.out.println("" + al.getSequenceAt(i).getName() + "\t"
  96               + al.getSequenceAt(i).getStart() + "\t"
  97               + al.getSequenceAt(i).getEnd() + "\t"
  98               + al.getSequenceAt(i).getSequenceAsString());
  99     }
 100
 101     System.out.println("Gapped.");
 102     set = new SeqCigar[]
 103     { new SeqCigar(s), new SeqCigar(s_subsequence_gapped, 8, 48),
 104         new SeqCigar(s_gapped) };
 105     set[0].deleteRange(20, 25);
 106     al = new Alignment(set);
 107     for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 108     {
 109       System.out.println("" + al.getSequenceAt(i).getName() + "\t"
 110               + al.getSequenceAt(i).getStart() + "\t"
 111               + al.getSequenceAt(i).getEnd() + "\t"
 112               + al.getSequenceAt(i).getSequenceAsString());
 113     }
 114
 115     // if (!ssgapedseq.equals("ryas---dtqqwa----slchvh"))
 116     // System.err.println("Subseqgaped\n------ktryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slchvhryas---dtqwrtsasll--qwa----slchvh\n"+ssgapedseq+"\n"+sub_se_gp.getCigarstring());
 117   }
 118
 119   /**
 120    * non rigorous testing
 121    *
 122    * @param seq
 123    *          Sequence
 124    * @param ex_cs_gapped
 125    *          String
 126    * @return String
 127    */
 128
 129
 130   protected void testCigar_string(Sequence seq, String ex_cs_gapped)
 131   {
 132     SeqCigar c_sgapped = new SeqCigar(seq);
 133     String cs_gapped = c_sgapped.getCigarstring();
 134     assertEquals("Failed getCigarstring", ex_cs_gapped,
 135             cs_gapped);
 136   }
 137
 138
 139   protected void testSeqRecovery(SeqCigar gen_sgapped,
 140           SequenceI s_gapped)
 141   {
 142     // this is non-rigorous - start and end recovery is not tested.
 143     SequenceI gen_sgapped_s = gen_sgapped.getSeq('-');
 144     // assertEquals("Couldn't reconstruct sequence", s_gapped.getSequence(),
 145     // gen_sgapped_s);
 146     if (!gen_sgapped_s.getSequence().equals(s_gapped.getSequence()))
 147     {
 148       // TODO: investigate errors reported here, to allow full conversion to
 149       // passing JUnit assertion form
 150       System.err.println("Couldn't reconstruct sequence.\n"
 151               + gen_sgapped_s.getSequenceAsString() + "\n"
 152               + s_gapped.getSequenceAsString());
 153     }
 154   }
 155
 156 }