test/jalview/datamodel/SequenceGroupTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
   6 import static org.testng.Assert.assertNull;
   7 import static org.testng.Assert.assertSame;
   8 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   9 import static org.testng.Assert.fail;
  10
  11 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  12
  13 import org.testng.annotations.Test;
  14
  15 public class SequenceGroupTest
  16 {
  17   @Test
  18   public void testAddSequence()
  19   {
  20     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  21     assertTrue(sg.getSequences().isEmpty());
  22
  23     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "abc");
  24     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "abc");
  25     SequenceI seq3 = new Sequence(seq1);
  26
  27     sg.addSequence(null, false);
  28     assertTrue(sg.getSequences().isEmpty());
  29     sg.addSequence(seq1, false);
  30     assertEquals(sg.getSequences().size(), 1);
  31     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq1));
  32     // adding the same sequence again does nothing
  33     sg.addSequence(seq1, false);
  34     assertEquals(sg.getSequences().size(), 1);
  35     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq1));
  36     sg.addSequence(seq2, false);
  37     sg.addSequence(seq2, false);
  38     sg.addSequence(seq3, false);
  39     assertEquals(sg.getSequences().size(), 3);
  40     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq1));
  41     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq2));
  42     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq3));
  43   }
  44
  45   @Test
  46   public void testAddOrRemove()
  47   {
  48     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  49     assertTrue(sg.getSequences().isEmpty());
  50
  51     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "abc");
  52     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "abc");
  53     SequenceI seq3 = new Sequence(seq1);
  54
  55     sg.addOrRemove(seq1, false);
  56     assertEquals(sg.getSequences().size(), 1);
  57     sg.addOrRemove(seq2, false);
  58     assertEquals(sg.getSequences().size(), 2);
  59     sg.addOrRemove(seq3, false);
  60     assertEquals(sg.getSequences().size(), 3);
  61     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq1));
  62     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq2));
  63     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq3));
  64     sg.addOrRemove(seq1, false);
  65     assertEquals(sg.getSequences().size(), 2);
  66     assertFalse(sg.getSequences().contains(seq1));
  67   }
  68
  69   @Test
  70   public void testGetColourScheme()
  71   {
  72     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  73     assertNotNull(sg.getGroupColourScheme());
  74     assertNull(sg.getColourScheme());
  75
  76     sg.setGroupColourScheme(null);
  77     assertNull(sg.getColourScheme());
  78
  79     NucleotideColourScheme scheme = new NucleotideColourScheme();
  80     sg.setColourScheme(scheme);
  81     assertSame(scheme, sg.getColourScheme());
  82   }
  83
  84   @Test
  85   public void testSetContext()
  86   {
  87     SequenceGroup sg1 = new SequenceGroup();
  88     SequenceGroup sg2 = new SequenceGroup();
  89     SequenceGroup sg3 = new SequenceGroup();
  90     assertNull(sg1.getContext());
  91     sg1.setContext(null);
  92     assertNull(sg1.getContext());
  93     try
  94     {
  95       sg1.setContext(sg1); // self-reference :-O
  96       fail("Expected exception");
  97     } catch (IllegalArgumentException e)
  98     {
  99       // expected
 100       assertNull(sg1.getContext());
 101     }
 102     sg1.setContext(sg2);
 103     assertSame(sg2, sg1.getContext());
 104     sg2.setContext(sg3);
 105     try
 106     {
 107       sg3.setContext(sg1); // circular reference :-O
 108       fail("Expected exception");
 109     } catch (IllegalArgumentException e)
 110     {
 111       // expected
 112       assertNull(sg3.getContext());
 113     }
 114   }
 115 }