test/jalview/datamodel/SequenceGroupTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
   6 import static org.testng.Assert.assertNull;
   7 import static org.testng.Assert.assertSame;
   8 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   9
  10 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  11
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class SequenceGroupTest
  15 {
  16   @Test
  17   public void testAddSequence()
  18   {
  19     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  20     assertTrue(sg.getSequences().isEmpty());
  21
  22     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "abc");
  23     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "abc");
  24     SequenceI seq3 = new Sequence(seq1);
  25
  26     sg.addSequence(null, false);
  27     assertTrue(sg.getSequences().isEmpty());
  28     sg.addSequence(seq1, false);
  29     assertEquals(sg.getSequences().size(), 1);
  30     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq1));
  31     // adding the same sequence again does nothing
  32     sg.addSequence(seq1, false);
  33     assertEquals(sg.getSequences().size(), 1);
  34     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq1));
  35     sg.addSequence(seq2, false);
  36     sg.addSequence(seq2, false);
  37     sg.addSequence(seq3, false);
  38     assertEquals(sg.getSequences().size(), 3);
  39     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq1));
  40     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq2));
  41     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq3));
  42   }
  43
  44   @Test
  45   public void testAddOrRemove()
  46   {
  47     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  48     assertTrue(sg.getSequences().isEmpty());
  49
  50     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "abc");
  51     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "abc");
  52     SequenceI seq3 = new Sequence(seq1);
  53
  54     sg.addOrRemove(seq1, false);
  55     assertEquals(sg.getSequences().size(), 1);
  56     sg.addOrRemove(seq2, false);
  57     assertEquals(sg.getSequences().size(), 2);
  58     sg.addOrRemove(seq3, false);
  59     assertEquals(sg.getSequences().size(), 3);
  60     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq1));
  61     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq2));
  62     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq3));
  63     sg.addOrRemove(seq1, false);
  64     assertEquals(sg.getSequences().size(), 2);
  65     assertFalse(sg.getSequences().contains(seq1));
  66   }
  67
  68   @Test
  69   public void testGetColourScheme()
  70   {
  71     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  72     assertNotNull(sg.getGroupColourScheme());
  73     assertNull(sg.getColourScheme());
  74
  75     sg.setGroupColourScheme(null);
  76     assertNull(sg.getColourScheme());
  77
  78     NucleotideColourScheme scheme = new NucleotideColourScheme();
  79     sg.setColourScheme(scheme);
  80     assertSame(scheme, sg.getColourScheme());
  81   }
  82 }