test/jalview/datamodel/SequenceTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertNull;
   5 import static org.junit.Assert.assertSame;
   6 import static org.junit.Assert.assertTrue;
   7
   8 import java.util.List;
   9
  10 import org.junit.Before;
  11 import org.junit.Test;
  12
  13 public class SequenceTest
  14 {
  15   SequenceI seq;
  16
  17   @Before
  18   public void setUp()
  19   {
  20     seq = new Sequence("FER1", "AKPNGVL");
  21   }
  22   @Test
  23   public void testInsertGapsAndGapmaps()
  24   {
  25     SequenceI aseq = seq.deriveSequence();
  26     aseq.insertCharAt(2, 3, '-');
  27     aseq.insertCharAt(6, 3, '-');
  28     assertEquals("Gap insertions not correct", "AK---P---NGVL",
  29             aseq.getSequenceAsString());
  30     List<int[]> gapInt = aseq.getInsertions();
  31     assertEquals("Gap interval 1 start wrong", 2, gapInt.get(0)[0]);
  32     assertEquals("Gap interval 1 end wrong", 4, gapInt.get(0)[1]);
  33     assertEquals("Gap interval 2 start wrong", 6, gapInt.get(1)[0]);
  34     assertEquals("Gap interval 2 end wrong", 8, gapInt.get(1)[1]);
  35   }
  36
  37   @Test
  38   public void testGetAnnotation()
  39   {
  40     // initial state returns null not an empty array
  41     assertNull(seq.getAnnotation());
  42     AlignmentAnnotation ann = addAnnotation("label1", "desc1", "calcId1",
  43             1f);
  44     AlignmentAnnotation[] anns = seq.getAnnotation();
  45     assertEquals(1, anns.length);
  46     assertSame(ann, anns[0]);
  47
  48     // removing all annotations reverts array to null
  49     seq.removeAlignmentAnnotation(ann);
  50     assertNull(seq.getAnnotation());
  51   }
  52
  53   @Test
  54   public void testGetAnnotation_forLabel()
  55   {
  56     AlignmentAnnotation ann1 = addAnnotation("label1", "desc1", "calcId1", 1f);
  57     AlignmentAnnotation ann2 = addAnnotation("label2", "desc2", "calcId2", 1f);
  58     AlignmentAnnotation ann3 = addAnnotation("label1", "desc3", "calcId3", 1f);
  59     AlignmentAnnotation[] anns = seq.getAnnotation("label1");
  60     assertEquals(2, anns.length);
  61     assertSame(ann1, anns[0]);
  62     assertSame(ann3, anns[1]);
  63   }
  64
  65   private AlignmentAnnotation addAnnotation(String label,
  66           String description, String calcId,
  67           float value)
  68   {
  69     final AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(label, description,
  70             value);
  71     annotation.setCalcId(calcId);
  72     seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
  73     return annotation;
  74   }
  75
  76   @Test
  77   public void testGetAlignmentAnnotations_forCalcIdAndLabel()
  78   {
  79     AlignmentAnnotation ann1 = addAnnotation("label1", "desc1", "calcId1",
  80             1f);
  81     AlignmentAnnotation ann2 = addAnnotation("label2", "desc2", "calcId2",
  82             1f);
  83     AlignmentAnnotation ann3 = addAnnotation("label2", "desc3", "calcId3",
  84             1f);
  85     AlignmentAnnotation ann4 = addAnnotation("label2", "desc3", "calcId2",
  86             1f);
  87     AlignmentAnnotation ann5 = addAnnotation("label5", "desc3", null,
  88             1f);
  89     AlignmentAnnotation ann6 = addAnnotation(null, "desc3", "calcId3",
  90             1f);
  91     List<AlignmentAnnotation> anns = seq.getAlignmentAnnotations("calcId2",
  92             "label2");
  93     assertEquals(2, anns.size());
  94     assertSame(ann2, anns.get(0));
  95     assertSame(ann4, anns.get(1));
  96
  97     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations("calcId2", "label3").isEmpty());
  98     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations("calcId3", "label5").isEmpty());
  99     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations("calcId2", null).isEmpty());
 100     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations(null, "label3").isEmpty());
 101     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations(null, null).isEmpty());
 102   }
 103
 104   /**
 105    * Tests for addAlignmentAnnotation. Note this method has the side-effect of
 106    * setting the sequenceRef on the annotation. Adding the same annotation twice
 107    * should be ignored.
 108    */
 109   @Test
 110   public void testAddAlignmentAnnotation()
 111   {
 112     assertNull(seq.getAnnotation());
 113     final AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation("a",
 114             "b", 2d);
 115     assertNull(annotation.sequenceRef);
 116     seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 117     assertSame(seq, annotation.sequenceRef);
 118     AlignmentAnnotation[] anns = seq.getAnnotation();
 119     assertEquals(1, anns.length);
 120     assertSame(annotation, anns[0]);
 121
 122     // re-adding does nothing
 123     seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 124     anns = seq.getAnnotation();
 125     assertEquals(1, anns.length);
 126     assertSame(annotation, anns[0]);
 127
 128     // an identical but different annotation can be added
 129     final AlignmentAnnotation annotation2 = new AlignmentAnnotation("a",
 130             "b", 2d);
 131     seq.addAlignmentAnnotation(annotation2);
 132     anns = seq.getAnnotation();
 133     assertEquals(2, anns.length);
 134     assertSame(annotation, anns[0]);
 135     assertSame(annotation2, anns[1]);
 136
 137   }
 138 }