test/jalview/datamodel/SequenceTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  28 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  29 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  30
  31 import jalview.analysis.AlignmentGenerator;
  32 import jalview.commands.EditCommand;
  33 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  34 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  35 import jalview.gui.JvOptionPane;
  36 import jalview.util.MapList;
  37 import jalview.ws.params.InvalidArgumentException;
  38
  39 import java.io.File;
  40 import java.util.ArrayList;
  41 import java.util.Arrays;
  42 import java.util.BitSet;
  43 import java.util.Iterator;
  44 import java.util.List;
  45 import java.util.Vector;
  46
  47 import org.testng.Assert;
  48 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  49 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  50 import org.testng.annotations.Test;
  51
  52 import junit.extensions.PA;
  53
  54 public class SequenceTest
  55 {
  56   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  57   public void setUpJvOptionPane()
  58   {
  59     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  60     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  61   }
  62
  63   Sequence seq;
  64
  65   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  66   public void setUp()
  67   {
  68     seq = new Sequence("FER1", "AKPNGVL");
  69   }
  70
  71   @Test(groups = { "Functional" })
  72   public void testInsertGapsAndGapmaps()
  73   {
  74     SequenceI aseq = seq.deriveSequence();
  75     aseq.insertCharAt(2, 3, '-');
  76     aseq.insertCharAt(6, 3, '-');
  77     assertEquals("Gap insertions not correct", "AK---P---NGVL",
  78             aseq.getSequenceAsString());
  79     List<int[]> gapInt = aseq.getInsertions();
  80     assertEquals("Gap interval 1 start wrong", 2, gapInt.get(0)[0]);
  81     assertEquals("Gap interval 1 end wrong", 4, gapInt.get(0)[1]);
  82     assertEquals("Gap interval 2 start wrong", 6, gapInt.get(1)[0]);
  83     assertEquals("Gap interval 2 end wrong", 8, gapInt.get(1)[1]);
  84
  85     BitSet gapfield = aseq.getInsertionsAsBits();
  86     BitSet expectedgaps = new BitSet();
  87     expectedgaps.set(2, 5);
  88     expectedgaps.set(6, 9);
  89
  90     assertEquals(6, expectedgaps.cardinality());
  91
  92     assertEquals("getInsertionsAsBits didn't mark expected number of gaps",
  93             6, gapfield.cardinality());
  94
  95     assertEquals("getInsertionsAsBits not correct.", expectedgaps, gapfield);
  96   }
  97
  98   @Test(groups = ("Functional"))
  99   public void testIsProtein()
 100   {
 101     // test Protein
 102     assertTrue(new Sequence("prot", "ASDFASDFASDF").isProtein());
 103     // test DNA
 104     assertFalse(new Sequence("prot", "ACGTACGTACGT").isProtein());
 105     // test RNA
 106     SequenceI sq = new Sequence("prot", "ACGUACGUACGU");
 107     assertFalse(sq.isProtein());
 108     // change sequence, should trigger an update of cached result
 109     sq.setSequence("ASDFASDFADSF");
 110     assertTrue(sq.isProtein());
 111   }
 112
 113   @Test(groups = { "Functional" })
 114   public void testGetAnnotation()
 115   {
 116     // initial state returns null not an empty array
 117     assertNull(seq.getAnnotation());
 118     AlignmentAnnotation ann = addAnnotation("label1", "desc1", "calcId1",
 119             1f);
 120     AlignmentAnnotation[] anns = seq.getAnnotation();
 121     assertEquals(1, anns.length);
 122     assertSame(ann, anns[0]);
 123
 124     // removing all annotations reverts array to null
 125     seq.removeAlignmentAnnotation(ann);
 126     assertNull(seq.getAnnotation());
 127   }
 128
 129   @Test(groups = { "Functional" })
 130   public void testGetAnnotation_forLabel()
 131   {
 132     AlignmentAnnotation ann1 = addAnnotation("label1", "desc1", "calcId1",
 133             1f);
 134     addAnnotation("label2", "desc2", "calcId2", 1f);
 135     AlignmentAnnotation ann3 = addAnnotation("label1", "desc3", "calcId3",
 136             1f);
 137     AlignmentAnnotation[] anns = seq.getAnnotation("label1");
 138     assertEquals(2, anns.length);
 139     assertSame(ann1, anns[0]);
 140     assertSame(ann3, anns[1]);
 141   }
 142
 143   private AlignmentAnnotation addAnnotation(String label,
 144           String description, String calcId, float value)
 145   {
 146     final AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(label,
 147             description, value);
 148     annotation.setCalcId(calcId);
 149     seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 150     return annotation;
 151   }
 152
 153   @Test(groups = { "Functional" })
 154   public void testGetAlignmentAnnotations_forCalcIdAndLabel()
 155   {
 156     addAnnotation("label1", "desc1", "calcId1", 1f);
 157     AlignmentAnnotation ann2 = addAnnotation("label2", "desc2", "calcId2",
 158             1f);
 159     addAnnotation("label2", "desc3", "calcId3", 1f);
 160     AlignmentAnnotation ann4 = addAnnotation("label2", "desc3", "calcId2",
 161             1f);
 162     addAnnotation("label5", "desc3", null, 1f);
 163     addAnnotation(null, "desc3", "calcId3", 1f);
 164
 165     List<AlignmentAnnotation> anns = seq.getAlignmentAnnotations("calcId2",
 166             "label2");
 167     assertEquals(2, anns.size());
 168     assertSame(ann2, anns.get(0));
 169     assertSame(ann4, anns.get(1));
 170
 171     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations("calcId2", "label3").isEmpty());
 172     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations("calcId3", "label5").isEmpty());
 173     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations("calcId2", null).isEmpty());
 174     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations(null, "label3").isEmpty());
 175     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations(null, null).isEmpty());
 176   }
 177
 178   /**
 179    * Tests for addAlignmentAnnotation. Note this method has the side-effect of
 180    * setting the sequenceRef on the annotation. Adding the same annotation twice
 181    * should be ignored.
 182    */
 183   @Test(groups = { "Functional" })
 184   public void testAddAlignmentAnnotation()
 185   {
 186     assertNull(seq.getAnnotation());
 187     final AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation("a",
 188             "b", 2d);
 189     assertNull(annotation.sequenceRef);
 190     seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 191     assertSame(seq, annotation.sequenceRef);
 192     AlignmentAnnotation[] anns = seq.getAnnotation();
 193     assertEquals(1, anns.length);
 194     assertSame(annotation, anns[0]);
 195
 196     // re-adding does nothing
 197     seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 198     anns = seq.getAnnotation();
 199     assertEquals(1, anns.length);
 200     assertSame(annotation, anns[0]);
 201
 202     // an identical but different annotation can be added
 203     final AlignmentAnnotation annotation2 = new AlignmentAnnotation("a",
 204             "b", 2d);
 205     seq.addAlignmentAnnotation(annotation2);
 206     anns = seq.getAnnotation();
 207     assertEquals(2, anns.length);
 208     assertSame(annotation, anns[0]);
 209     assertSame(annotation2, anns[1]);
 210   }
 211
 212   @Test(groups = { "Functional" })
 213   public void testGetStartGetEnd()
 214   {
 215     SequenceI sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 216     assertEquals(1, sq.getStart());
 217     assertEquals(6, sq.getEnd());
 218
 219     sq = new Sequence("test", "--AB-C-DEF--");
 220     assertEquals(1, sq.getStart());
 221     assertEquals(6, sq.getEnd());
 222
 223     sq = new Sequence("test", "----");
 224     assertEquals(1, sq.getStart());
 225     assertEquals(0, sq.getEnd()); // ??
 226   }
 227
 228   /**
 229    * Tests for the method that returns an alignment column position (base 1) for
 230    * a given sequence position (base 1).
 231    */
 232   @Test(groups = { "Functional" })
 233   public void testFindIndex()
 234   {
 235     /*
 236      * call sequenceChanged() after each test to invalidate any cursor,
 237      * forcing the 1-arg findIndex to be executed
 238      */
 239     SequenceI sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 240     assertEquals(0, sq.findIndex(0));
 241     sq.sequenceChanged();
 242     assertEquals(1, sq.findIndex(1));
 243     sq.sequenceChanged();
 244     assertEquals(5, sq.findIndex(5));
 245     sq.sequenceChanged();
 246     assertEquals(6, sq.findIndex(6));
 247     sq.sequenceChanged();
 248     assertEquals(6, sq.findIndex(9));
 249
 250     final String aligned = "-A--B-C-D-E-F--";
 251     assertEquals(15, aligned.length());
 252     sq = new Sequence("test/8-13", aligned);
 253     assertEquals(2, sq.findIndex(8));
 254     sq.sequenceChanged();
 255     assertEquals(5, sq.findIndex(9));
 256     sq.sequenceChanged();
 257     assertEquals(7, sq.findIndex(10));
 258
 259     // before start returns 0
 260     sq.sequenceChanged();
 261     assertEquals(0, sq.findIndex(0));
 262     sq.sequenceChanged();
 263     assertEquals(0, sq.findIndex(-1));
 264
 265     // beyond end returns last residue column
 266     sq.sequenceChanged();
 267     assertEquals(13, sq.findIndex(99));
 268
 269     /*
 270      * residue before sequence 'end' but beyond end of sequence returns
 271      * length of sequence (last column) (rightly or wrongly!)
 272      */
 273     sq = new Sequence("test/8-15", "A-B-C-"); // trailing gap case
 274     assertEquals(6, sq.getLength());
 275     sq.sequenceChanged();
 276     assertEquals(sq.getLength(), sq.findIndex(14));
 277     sq = new Sequence("test/8-99", "-A--B-C-D"); // trailing residue case
 278     sq.sequenceChanged();
 279     assertEquals(sq.getLength(), sq.findIndex(65));
 280
 281     /*
 282      * residue after sequence 'start' but before first residue returns
 283      * zero (before first column) (rightly or wrongly!)
 284      */
 285     sq = new Sequence("test/8-15", "-A-B-C-"); // leading gap case
 286     sq.sequenceChanged();
 287     assertEquals(0, sq.findIndex(3));
 288     sq = new Sequence("test/8-15", "A-B-C-"); // leading residue case
 289     sq.sequenceChanged();
 290     assertEquals(0, sq.findIndex(2));
 291   }
 292
 293   @Test(groups = { "Functional" })
 294   public void testFindPositions()
 295   {
 296     SequenceI sq = new Sequence("test/8-13", "-ABC---DE-F--");
 297
 298     /*
 299      * invalid inputs
 300      */
 301     assertNull(sq.findPositions(6, 5));
 302     assertNull(sq.findPositions(0, 5));
 303     assertNull(sq.findPositions(-1, 5));
 304
 305     /*
 306      * all gapped ranges
 307      */
 308     assertNull(sq.findPositions(1, 1)); // 1-based columns
 309     assertNull(sq.findPositions(5, 5));
 310     assertNull(sq.findPositions(5, 6));
 311     assertNull(sq.findPositions(5, 7));
 312
 313     /*
 314      * all ungapped ranges
 315      */
 316     assertEquals(new Range(8, 8), sq.findPositions(2, 2)); // A
 317     assertEquals(new Range(8, 9), sq.findPositions(2, 3)); // AB
 318     assertEquals(new Range(8, 10), sq.findPositions(2, 4)); // ABC
 319     assertEquals(new Range(9, 10), sq.findPositions(3, 4)); // BC
 320
 321     /*
 322      * gap to ungapped range
 323      */
 324     assertEquals(new Range(8, 10), sq.findPositions(1, 4)); // ABC
 325     assertEquals(new Range(11, 12), sq.findPositions(6, 9)); // DE
 326
 327     /*
 328      * ungapped to gapped range
 329      */
 330     assertEquals(new Range(10, 10), sq.findPositions(4, 5)); // C
 331     assertEquals(new Range(9, 13), sq.findPositions(3, 11)); // BCDEF
 332
 333     /*
 334      * ungapped to ungapped enclosing gaps
 335      */
 336     assertEquals(new Range(10, 11), sq.findPositions(4, 8)); // CD
 337     assertEquals(new Range(8, 13), sq.findPositions(2, 11)); // ABCDEF
 338
 339     /*
 340      * gapped to gapped enclosing ungapped
 341      */
 342     assertEquals(new Range(8, 10), sq.findPositions(1, 5)); // ABC
 343     assertEquals(new Range(11, 12), sq.findPositions(5, 10)); // DE
 344     assertEquals(new Range(8, 13), sq.findPositions(1, 13)); // the lot
 345     assertEquals(new Range(8, 13), sq.findPositions(1, 99));
 346   }
 347
 348   /**
 349    * Tests for the method that returns a dataset sequence position (start..) for
 350    * an aligned column position (base 0).
 351    */
 352   @Test(groups = { "Functional" })
 353   public void testFindPosition()
 354   {
 355     /*
 356      * call sequenceChanged() after each test to invalidate any cursor,
 357      * forcing the 1-arg findPosition to be executed
 358      */
 359     SequenceI sq = new Sequence("test/8-13", "ABCDEF");
 360     assertEquals(8, sq.findPosition(0));
 361     // Sequence should now hold a cursor at [8, 0]
 362     assertEquals("test:Pos8:Col1:startCol1:endCol0:tok1",
 363             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 364     SequenceCursor cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
 365     int token = (int) PA.getValue(sq, "changeCount");
 366     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 8, 1, token), cursor);
 367
 368     sq.sequenceChanged();
 369
 370     /*
 371      * find F13 at column offset 5, cursor should update to [13, 6]
 372      * endColumn is found and saved in cursor
 373      */
 374     assertEquals(13, sq.findPosition(5));
 375     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
 376     assertEquals(++token, (int) PA.getValue(sq, "changeCount"));
 377     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 13, 6, token), cursor);
 378     assertEquals("test:Pos13:Col6:startCol1:endCol6:tok2",
 379             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 380
 381     // assertEquals(-1, seq.findPosition(6)); // fails
 382
 383     sq = new Sequence("test/8-11", "AB-C-D--");
 384     token = (int) PA.getValue(sq, "changeCount"); // 1 for setStart
 385     assertEquals(8, sq.findPosition(0));
 386     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
 387     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 8, 1, token), cursor);
 388     assertEquals("test:Pos8:Col1:startCol1:endCol0:tok1",
 389             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 390
 391     sq.sequenceChanged();
 392     assertEquals(9, sq.findPosition(1));
 393     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
 394     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 9, 2, ++token), cursor);
 395     assertEquals("test:Pos9:Col2:startCol1:endCol0:tok2",
 396             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 397
 398     sq.sequenceChanged();
 399     // gap position 'finds' residue to the right (not the left as per javadoc)
 400     // cursor is set to the last residue position found [B 2]
 401     assertEquals(10, sq.findPosition(2));
 402     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
 403     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 9, 2, ++token), cursor);
 404     assertEquals("test:Pos9:Col2:startCol1:endCol0:tok3",
 405             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 406
 407     sq.sequenceChanged();
 408     assertEquals(10, sq.findPosition(3));
 409     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
 410     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 10, 4, ++token), cursor);
 411     assertEquals("test:Pos10:Col4:startCol1:endCol0:tok4",
 412             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 413
 414     sq.sequenceChanged();
 415     // column[4] is the gap after C - returns D11
 416     // cursor is set to [C 4]
 417     assertEquals(11, sq.findPosition(4));
 418     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
 419     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 10, 4, ++token), cursor);
 420     assertEquals("test:Pos10:Col4:startCol1:endCol0:tok5",
 421             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 422
 423     sq.sequenceChanged();
 424     assertEquals(11, sq.findPosition(5)); // D
 425     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
 426     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 11, 6, ++token), cursor);
 427     // lastCol has been found and saved in the cursor
 428     assertEquals("test:Pos11:Col6:startCol1:endCol6:tok6",
 429             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 430
 431     sq.sequenceChanged();
 432     // returns 1 more than sequence length if off the end ?!?
 433     assertEquals(12, sq.findPosition(6));
 434
 435     sq.sequenceChanged();
 436     assertEquals(12, sq.findPosition(7));
 437
 438     /*
 439      * first findPosition should also set firstResCol in cursor
 440      */
 441     sq = new Sequence("test/8-13", "--AB-C-DEF--");
 442     assertEquals(8, sq.findPosition(0));
 443     assertNull(PA.getValue(sq, "cursor"));
 444     assertEquals(1, PA.getValue(sq, "changeCount"));
 445
 446     sq.sequenceChanged();
 447     assertEquals(8, sq.findPosition(1));
 448     assertNull(PA.getValue(sq, "cursor"));
 449
 450     sq.sequenceChanged();
 451     assertEquals(8, sq.findPosition(2));
 452     assertEquals("test:Pos8:Col3:startCol3:endCol0:tok3",
 453             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 454
 455     sq.sequenceChanged();
 456     assertEquals(9, sq.findPosition(3));
 457     assertEquals("test:Pos9:Col4:startCol3:endCol0:tok4",
 458             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 459
 460     sq.sequenceChanged();
 461     // column[4] is a gap, returns next residue pos (C10)
 462     // cursor is set to last residue found [B]
 463     assertEquals(10, sq.findPosition(4));
 464     assertEquals("test:Pos9:Col4:startCol3:endCol0:tok5",
 465             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 466
 467     sq.sequenceChanged();
 468     assertEquals(10, sq.findPosition(5));
 469     assertEquals("test:Pos10:Col6:startCol3:endCol0:tok6",
 470             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 471
 472     sq.sequenceChanged();
 473     // column[6] is a gap, returns next residue pos (D11)
 474     // cursor is set to last residue found [C]
 475     assertEquals(11, sq.findPosition(6));
 476     assertEquals("test:Pos10:Col6:startCol3:endCol0:tok7",
 477             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 478
 479     sq.sequenceChanged();
 480     assertEquals(11, sq.findPosition(7));
 481     assertEquals("test:Pos11:Col8:startCol3:endCol0:tok8",
 482             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 483
 484     sq.sequenceChanged();
 485     assertEquals(12, sq.findPosition(8));
 486     assertEquals("test:Pos12:Col9:startCol3:endCol0:tok9",
 487             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 488
 489     /*
 490      * when the last residue column is found, it is set in the cursor
 491      */
 492     sq.sequenceChanged();
 493     assertEquals(13, sq.findPosition(9));
 494     assertEquals("test:Pos13:Col10:startCol3:endCol10:tok10",
 495             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 496
 497     sq.sequenceChanged();
 498     assertEquals(14, sq.findPosition(10));
 499     assertEquals("test:Pos13:Col10:startCol3:endCol10:tok11",
 500             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 501
 502     /*
 503      * findPosition for column beyond sequence length
 504      * returns 1 more than last residue position
 505      */
 506     sq.sequenceChanged();
 507     assertEquals(14, sq.findPosition(11));
 508     assertEquals("test:Pos13:Col10:startCol3:endCol10:tok12",
 509             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 510
 511     sq.sequenceChanged();
 512     assertEquals(14, sq.findPosition(99));
 513     assertEquals("test:Pos13:Col10:startCol3:endCol10:tok13",
 514             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 515
 516     /*
 517      * gapped sequence ending in non-gap
 518      */
 519     sq = new Sequence("test/8-13", "--AB-C-DEF");
 520     assertEquals(13, sq.findPosition(9));
 521     assertEquals("test:Pos13:Col10:startCol3:endCol10:tok1",
 522             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 523     sq.sequenceChanged();
 524     assertEquals(12, sq.findPosition(8)); // E12
 525     // sequenceChanged() invalidates cursor.lastResidueColumn
 526     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
 527     assertEquals("test:Pos12:Col9:startCol3:endCol0:tok2",
 528             cursor.toString());
 529     // findPosition with cursor accepts base 1 column values
 530     assertEquals(13, ((Sequence) sq).findPosition(10, cursor));
 531     assertEquals(13, sq.findPosition(9)); // F13
 532     // lastResidueColumn has now been found and saved in cursor
 533     assertEquals("test:Pos13:Col10:startCol3:endCol10:tok2",
 534             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
 535   }
 536
 537   @Test(groups = { "Functional" })
 538   public void testDeleteChars()
 539   {
 540     /*
 541      * internal delete
 542      */
 543     SequenceI sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 544     assertNull(PA.getValue(sq, "datasetSequence"));
 545     assertEquals(1, sq.getStart());
 546     assertEquals(6, sq.getEnd());
 547     sq.deleteChars(2, 3);
 548     assertEquals("ABDEF", sq.getSequenceAsString());
 549     assertEquals(1, sq.getStart());
 550     assertEquals(5, sq.getEnd());
 551     assertNull(PA.getValue(sq, "datasetSequence"));
 552
 553     /*
 554      * delete at start
 555      */
 556     sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 557     sq.deleteChars(0, 2);
 558     assertEquals("CDEF", sq.getSequenceAsString());
 559     assertEquals(3, sq.getStart());
 560     assertEquals(6, sq.getEnd());
 561     assertNull(PA.getValue(sq, "datasetSequence"));
 562
 563     sq = new Sequence("test", "ABCDE");
 564     sq.deleteChars(0, 3);
 565     assertEquals("DE", sq.getSequenceAsString());
 566     assertEquals(4, sq.getStart());
 567     assertEquals(5, sq.getEnd());
 568     assertNull(PA.getValue(sq, "datasetSequence"));
 569
 570     /*
 571      * delete at end
 572      */
 573     sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 574     sq.deleteChars(4, 6);
 575     assertEquals("ABCD", sq.getSequenceAsString());
 576     assertEquals(1, sq.getStart());
 577     assertEquals(4, sq.getEnd());
 578     assertNull(PA.getValue(sq, "datasetSequence"));
 579
 580     /*
 581      * delete more positions than there are
 582      */
 583     sq = new Sequence("test/8-11", "ABCD");
 584     sq.deleteChars(0, 99);
 585     assertEquals("", sq.getSequenceAsString());
 586     assertEquals(12, sq.getStart()); // = findPosition(99) ?!?
 587     assertEquals(11, sq.getEnd());
 588
 589     sq = new Sequence("test/8-11", "----");
 590     sq.deleteChars(0, 99); // ArrayIndexOutOfBoundsException <= 2.10.2
 591     assertEquals("", sq.getSequenceAsString());
 592     assertEquals(8, sq.getStart());
 593     assertEquals(11, sq.getEnd());
 594   }
 595
 596   @Test(groups = { "Functional" })
 597   public void testDeleteChars_withDbRefsAndFeatures()
 598   {
 599     /*
 600      * internal delete - new dataset sequence created
 601      * gets a copy of any dbrefs
 602      */
 603     SequenceI sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 604     sq.createDatasetSequence();
 605     DBRefEntry dbr1 = new DBRefEntry("Uniprot", "0", "a123");
 606     sq.addDBRef(dbr1);
 607     Object ds = PA.getValue(sq, "datasetSequence");
 608     assertNotNull(ds);
 609     assertEquals(1, sq.getStart());
 610     assertEquals(6, sq.getEnd());
 611     sq.deleteChars(2, 3);
 612     assertEquals("ABDEF", sq.getSequenceAsString());
 613     assertEquals(1, sq.getStart());
 614     assertEquals(5, sq.getEnd());
 615     Object newDs = PA.getValue(sq, "datasetSequence");
 616     assertNotNull(newDs);
 617     assertNotSame(ds, newDs);
 618     assertNotNull(sq.getDBRefs());
 619     assertEquals(1, sq.getDBRefs().size());
 620     assertNotSame(dbr1, sq.getDBRefs().get(0));
 621     assertEquals(dbr1, sq.getDBRefs().get(0));
 622
 623     /*
 624      * internal delete with sequence features
 625      * (failure case for JAL-2541)
 626      */
 627     sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 628     sq.createDatasetSequence();
 629     SequenceFeature sf1 = new SequenceFeature("Cath", "desc", 2, 4, 2f,
 630             "CathGroup");
 631     sq.addSequenceFeature(sf1);
 632     ds = PA.getValue(sq, "datasetSequence");
 633     assertNotNull(ds);
 634     assertEquals(1, sq.getStart());
 635     assertEquals(6, sq.getEnd());
 636     sq.deleteChars(2, 4);
 637     assertEquals("ABEF", sq.getSequenceAsString());
 638     assertEquals(1, sq.getStart());
 639     assertEquals(4, sq.getEnd());
 640     newDs = PA.getValue(sq, "datasetSequence");
 641     assertNotNull(newDs);
 642     assertNotSame(ds, newDs);
 643     List<SequenceFeature> sfs = sq.getSequenceFeatures();
 644     assertEquals(1, sfs.size());
 645     assertNotSame(sf1, sfs.get(0));
 646     assertEquals(sf1, sfs.get(0));
 647
 648     /*
 649      * delete at start - no new dataset sequence created
 650      * any sequence features remain as before
 651      */
 652     sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 653     sq.createDatasetSequence();
 654     ds = PA.getValue(sq, "datasetSequence");
 655     sf1 = new SequenceFeature("Cath", "desc", 2, 4, 2f, "CathGroup");
 656     sq.addSequenceFeature(sf1);
 657     sq.deleteChars(0, 2);
 658     assertEquals("CDEF", sq.getSequenceAsString());
 659     assertEquals(3, sq.getStart());
 660     assertEquals(6, sq.getEnd());
 661     assertSame(ds, PA.getValue(sq, "datasetSequence"));
 662     sfs = sq.getSequenceFeatures();
 663     assertNotNull(sfs);
 664     assertEquals(1, sfs.size());
 665     assertSame(sf1, sfs.get(0));
 666
 667     /*
 668      * delete at end - no new dataset sequence created
 669      * any dbrefs remain as before
 670      */
 671     sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 672     sq.createDatasetSequence();
 673     ds = PA.getValue(sq, "datasetSequence");
 674     dbr1 = new DBRefEntry("Uniprot", "0", "a123");
 675     sq.addDBRef(dbr1);
 676     sq.deleteChars(4, 6);
 677     assertEquals("ABCD", sq.getSequenceAsString());
 678     assertEquals(1, sq.getStart());
 679     assertEquals(4, sq.getEnd());
 680     assertSame(ds, PA.getValue(sq, "datasetSequence"));
 681     assertNotNull(sq.getDBRefs());
 682     assertEquals(1, sq.getDBRefs().size());
 683     assertSame(dbr1, sq.getDBRefs().get(0));
 684   }
 685
 686   @Test(groups = { "Functional" })
 687   public void testInsertCharAt()
 688   {
 689     // non-static methods:
 690     SequenceI sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 691     sq.insertCharAt(0, 'z');
 692     assertEquals("zABCDEF", sq.getSequenceAsString());
 693     sq.insertCharAt(2, 2, 'x');
 694     assertEquals("zAxxBCDEF", sq.getSequenceAsString());
 695
 696     // for static method see StringUtilsTest
 697   }
 698
 699   /**
 700    * Test the method that returns an array of aligned sequence positions where
 701    * the array index is the data sequence position (both base 0).
 702    */
 703   @Test(groups = { "Functional" })
 704   public void testGapMap()
 705   {
 706     SequenceI sq = new Sequence("test", "-A--B-CD-E--F-");
 707     sq.createDatasetSequence();
 708     assertEquals("[1, 4, 6, 7, 9, 12]", Arrays.toString(sq.gapMap()));
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Test the method that gets sequence features, either from the sequence or
 713    * its dataset.
 714    */
 715   @Test(groups = { "Functional" })
 716   public void testGetSequenceFeatures()
 717   {
 718     SequenceI sq = new Sequence("test", "GATCAT");
 719     sq.createDatasetSequence();
 720
 721     assertTrue(sq.getSequenceFeatures().isEmpty());
 722
 723     /*
 724      * SequenceFeature on sequence
 725      */
 726     SequenceFeature sf = new SequenceFeature("Cath", "desc", 2, 4, 2f, null);
 727     sq.addSequenceFeature(sf);
 728     List<SequenceFeature> sfs = sq.getSequenceFeatures();
 729     assertEquals(1, sfs.size());
 730     assertSame(sf, sfs.get(0));
 731
 732     /*
 733      * SequenceFeature on sequence and dataset sequence; returns that on
 734      * sequence
 735      *
 736      * Note JAL-2046: spurious: we have no use case for this at the moment.
 737      * This test also buggy - as sf2.equals(sf), no new feature is added
 738      */
 739     SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature("Cath", "desc", 2, 4, 2f,
 740             null);
 741     sq.getDatasetSequence().addSequenceFeature(sf2);
 742     sfs = sq.getSequenceFeatures();
 743     assertEquals(1, sfs.size());
 744     assertSame(sf, sfs.get(0));
 745
 746     /*
 747      * SequenceFeature on dataset sequence only
 748      * Note JAL-2046: spurious: we have no use case for setting a non-dataset sequence's feature array to null at the moment.
 749      */
 750     sq.setSequenceFeatures(null);
 751     assertTrue(sq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures().isEmpty());
 752
 753     /*
 754      * Corrupt case - no SequenceFeature, dataset's dataset is the original
 755      * sequence. Test shows no infinite loop results.
 756      */
 757     sq.getDatasetSequence().setSequenceFeatures(null);
 758     /**
 759      * is there a usecase for this ? setDatasetSequence should throw an error if
 760      * this actually occurs.
 761      */
 762     try
 763     {
 764       sq.getDatasetSequence().setDatasetSequence(sq); // loop!
 765       Assert.fail("Expected Error to be raised when calling setDatasetSequence with self reference");
 766     } catch (IllegalArgumentException e)
 767     {
 768       // TODO Jalview error/exception class for raising implementation errors
 769       assertTrue(e.getMessage().toLowerCase()
 770               .contains("implementation error"));
 771     }
 772     assertTrue(sq.getSequenceFeatures().isEmpty());
 773   }
 774
 775   /**
 776    * Test the method that returns an array, indexed by sequence position, whose
 777    * entries are the residue positions at the sequence position (or to the right
 778    * if a gap)
 779    */
 780   @Test(groups = { "Functional" })
 781   public void testFindPositionMap()
 782   {
 783     /*
 784      * Note: Javadoc for findPosition says it returns the residue position to
 785      * the left of a gapped position; in fact it returns the position to the
 786      * right. Also it returns a non-existent residue position for a gap beyond
 787      * the sequence.
 788      */
 789     Sequence sq = new Sequence("TestSeq", "AB.C-D E.");
 790     int[] map = sq.findPositionMap();
 791     assertEquals(Arrays.toString(new int[] { 1, 2, 3, 3, 4, 4, 5, 5, 6 }),
 792             Arrays.toString(map));
 793   }
 794
 795   /**
 796    * Test for getSubsequence
 797    */
 798   @Test(groups = { "Functional" })
 799   public void testGetSubsequence()
 800   {
 801     SequenceI sq = new Sequence("TestSeq", "ABCDEFG");
 802     sq.createDatasetSequence();
 803
 804     // positions are base 0, end position is exclusive
 805     SequenceI subseq = sq.getSubSequence(2, 4);
 806
 807     assertEquals("CD", subseq.getSequenceAsString());
 808     // start/end are base 1 positions
 809     assertEquals(3, subseq.getStart());
 810     assertEquals(4, subseq.getEnd());
 811     // subsequence shares the full dataset sequence
 812     assertSame(sq.getDatasetSequence(), subseq.getDatasetSequence());
 813   }
 814
 815   /**
 816    * test createDatasetSequence behaves to doc
 817    */
 818   @Test(groups = { "Functional" })
 819   public void testCreateDatasetSequence()
 820   {
 821     SequenceI sq = new Sequence("my", "ASDASD");
 822     sq.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type", "desc", 1, 10, 1f,
 823             "group"));
 824     sq.addDBRef(new DBRefEntry("source", "version", "accession"));
 825     assertNull(sq.getDatasetSequence());
 826     assertNotNull(PA.getValue(sq, "sequenceFeatureStore"));
 827     assertNotNull(PA.getValue(sq, "dbrefs"));
 828
 829     SequenceI rds = sq.createDatasetSequence();
 830     assertNotNull(rds);
 831     assertNull(rds.getDatasetSequence());
 832     assertSame(sq.getDatasetSequence(), rds);
 833
 834     // sequence features and dbrefs transferred to dataset sequence
 835     assertNull(PA.getValue(sq, "sequenceFeatureStore"));
 836     assertNull(PA.getValue(sq, "dbrefs"));
 837     assertNotNull(PA.getValue(rds, "sequenceFeatureStore"));
 838     assertNotNull(PA.getValue(rds, "dbrefs"));
 839   }
 840
 841   /**
 842    * Test for deriveSequence applied to a sequence with a dataset
 843    */
 844   @Test(groups = { "Functional" })
 845   public void testDeriveSequence_existingDataset()
 846   {
 847     Sequence sq = new Sequence("Seq1", "CD");
 848     sq.setDatasetSequence(new Sequence("Seq1", "ABCDEF"));
 849     sq.getDatasetSequence().addSequenceFeature(
 850             new SequenceFeature("", "", 1, 2, 0f, null));
 851     sq.setStart(3);
 852     sq.setEnd(4);
 853
 854     sq.setDescription("Test sequence description..");
 855     sq.setVamsasId("TestVamsasId");
 856     sq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "version0", "1TST"));
 857
 858     sq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "version1", "1PDB"));
 859     sq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "version2", "2PDB"));
 860     sq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "version3", "3PDB"));
 861     sq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "version4", "4PDB"));
 862
 863     sq.addPDBId(new PDBEntry("1PDB", "A", Type.PDB, "filePath/test1"));
 864     sq.addPDBId(new PDBEntry("1PDB", "B", Type.PDB, "filePath/test1"));
 865     sq.addPDBId(new PDBEntry("2PDB", "A", Type.MMCIF, "filePath/test2"));
 866     sq.addPDBId(new PDBEntry("2PDB", "B", Type.MMCIF, "filePath/test2"));
 867
 868     // these are the same as ones already added
 869     DBRefEntry pdb1pdb = new DBRefEntry("PDB", "version1", "1PDB");
 870     DBRefEntry pdb2pdb = new DBRefEntry("PDB", "version2", "2PDB");
 871
 872     List<DBRefEntry> primRefs = Arrays.asList(new DBRefEntry[] { pdb1pdb,
 873         pdb2pdb });
 874
 875     sq.getDatasetSequence().addDBRef(pdb1pdb); // should do nothing
 876     sq.getDatasetSequence().addDBRef(pdb2pdb); // should do nothing
 877     sq.getDatasetSequence().addDBRef(
 878             new DBRefEntry("PDB", "version3", "3PDB")); // should do nothing
 879     sq.getDatasetSequence().addDBRef(
 880             new DBRefEntry("PDB", "version4", "4PDB")); // should do nothing
 881
 882     PDBEntry pdbe1a = new PDBEntry("1PDB", "A", Type.PDB, "filePath/test1");
 883     PDBEntry pdbe1b = new PDBEntry("1PDB", "B", Type.PDB, "filePath/test1");
 884     PDBEntry pdbe2a = new PDBEntry("2PDB", "A", Type.MMCIF,
 885             "filePath/test2");
 886     PDBEntry pdbe2b = new PDBEntry("2PDB", "B", Type.MMCIF,
 887             "filePath/test2");
 888     sq.getDatasetSequence().addPDBId(pdbe1a);
 889     sq.getDatasetSequence().addPDBId(pdbe1b);
 890     sq.getDatasetSequence().addPDBId(pdbe2a);
 891     sq.getDatasetSequence().addPDBId(pdbe2b);
 892
 893     /*
 894      * test we added pdb entries to the dataset sequence
 895      */
 896     Assert.assertEquals(sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries(), Arrays
 897             .asList(new PDBEntry[] { pdbe1a, pdbe1b, pdbe2a, pdbe2b }),
 898             "PDB Entries were not found on dataset sequence.");
 899
 900     /*
 901      * we should recover a pdb entry that is on the dataset sequence via PDBEntry
 902      */
 903     Assert.assertEquals(pdbe1a,
 904             sq.getDatasetSequence().getPDBEntry("1PDB"),
 905             "PDB Entry '1PDB' not found on dataset sequence via getPDBEntry.");
 906     ArrayList<Annotation> annotsList = new ArrayList<>();
 907     System.out.println(">>>>>> " + sq.getSequenceAsString().length());
 908     annotsList.add(new Annotation("A", "A", 'X', 0.1f));
 909     annotsList.add(new Annotation("A", "A", 'X', 0.1f));
 910     Annotation[] annots = annotsList.toArray(new Annotation[0]);
 911     sq.addAlignmentAnnotation(new AlignmentAnnotation("Test annot",
 912             "Test annot description", annots));
 913     sq.getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(
 914             new AlignmentAnnotation("Test annot", "Test annot description",
 915                     annots));
 916     Assert.assertEquals(sq.getDescription(), "Test sequence description..");
 917     Assert.assertEquals(sq.getDBRefs().size(), 5); // DBRefs are on dataset
 918                                                    // sequence
 919     Assert.assertEquals(sq.getAllPDBEntries().size(), 4);
 920     Assert.assertNotNull(sq.getAnnotation());
 921     Assert.assertEquals(sq.getAnnotation()[0].annotations.length, 2);
 922     Assert.assertEquals(sq.getDatasetSequence().getDBRefs().size(), 5); // same
 923                                                                         // as
 924                                                                         // sq.getDBRefs()
 925     Assert.assertEquals(sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries().size(),
 926             4);
 927     Assert.assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation());
 928
 929     Sequence derived = (Sequence) sq.deriveSequence();
 930
 931     Assert.assertEquals(derived.getDescription(),
 932             "Test sequence description..");
 933     Assert.assertEquals(derived.getDBRefs().size(), 5); // come from dataset
 934     Assert.assertEquals(derived.getAllPDBEntries().size(), 4);
 935     Assert.assertNotNull(derived.getAnnotation());
 936     Assert.assertEquals(derived.getAnnotation()[0].annotations.length, 2);
 937     Assert.assertEquals(derived.getDatasetSequence().getDBRefs().size(), 5);
 938     Assert.assertEquals(derived.getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 939             .size(), 4);
 940     Assert.assertNotNull(derived.getDatasetSequence().getAnnotation());
 941
 942     assertEquals("CD", derived.getSequenceAsString());
 943     assertSame(sq.getDatasetSequence(), derived.getDatasetSequence());
 944
 945     // derived sequence should access dataset sequence features
 946     assertNotNull(sq.getSequenceFeatures());
 947     assertEquals(sq.getSequenceFeatures(), derived.getSequenceFeatures());
 948
 949     /*
 950      *  verify we have primary db refs *just* for PDB IDs with associated
 951      *  PDBEntry objects
 952      */
 953
 954     assertEquals(primRefs, sq.getPrimaryDBRefs());
 955     assertEquals(primRefs, sq.getDatasetSequence().getPrimaryDBRefs());
 956
 957     assertEquals(sq.getPrimaryDBRefs(), derived.getPrimaryDBRefs());
 958
 959   }
 960
 961   /**
 962    * Test for deriveSequence applied to an ungapped sequence with no dataset
 963    */
 964   @Test(groups = { "Functional" })
 965   public void testDeriveSequence_noDatasetUngapped()
 966   {
 967     SequenceI sq = new Sequence("Seq1", "ABCDEF");
 968     assertEquals(1, sq.getStart());
 969     assertEquals(6, sq.getEnd());
 970     SequenceI derived = sq.deriveSequence();
 971     assertEquals("ABCDEF", derived.getSequenceAsString());
 972     assertEquals("ABCDEF", derived.getDatasetSequence()
 973             .getSequenceAsString());
 974   }
 975
 976   /**
 977    * Test for deriveSequence applied to a gapped sequence with no dataset
 978    */
 979   @Test(groups = { "Functional" })
 980   public void testDeriveSequence_noDatasetGapped()
 981   {
 982     SequenceI sq = new Sequence("Seq1", "AB-C.D EF");
 983     assertEquals(1, sq.getStart());
 984     assertEquals(6, sq.getEnd());
 985     assertNull(sq.getDatasetSequence());
 986     SequenceI derived = sq.deriveSequence();
 987     assertEquals("AB-C.D EF", derived.getSequenceAsString());
 988     assertEquals("ABCDEF", derived.getDatasetSequence()
 989             .getSequenceAsString());
 990   }
 991
 992   @Test(groups = { "Functional" })
 993   public void testCopyConstructor_noDataset()
 994   {
 995     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "AB-C.D EF");
 996     seq1.setDescription("description");
 997     seq1.addAlignmentAnnotation(new AlignmentAnnotation("label", "desc",
 998             1.3d));
 999     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type", "desc", 22, 33,
1000             12.4f, "group"));
1001     seq1.addPDBId(new PDBEntry("1A70", "B", Type.PDB, "File"));
1002     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("EMBL", "1.2", "AZ12345"));
1003
1004     SequenceI copy = new Sequence(seq1);
1005
1006     assertNull(copy.getDatasetSequence());
1007
1008     verifyCopiedSequence(seq1, copy);
1009
1010     // copy has a copy of the DBRefEntry
1011     // this is murky - DBrefs are only copied for dataset sequences
1012     // where the test for 'dataset sequence' is 'dataset is null'
1013     // but that doesn't distinguish it from an aligned sequence
1014     // which has not yet generated a dataset sequence
1015     // NB getDBRef looks inside dataset sequence if not null
1016     List<DBRefEntry> dbrefs = copy.getDBRefs();
1017     assertEquals(1, dbrefs.size());
1018     assertFalse(dbrefs.get(0) == seq1.getDBRefs().get(0));
1019     assertTrue(dbrefs.get(0).equals(seq1.getDBRefs().get(0)));
1020   }
1021
1022   @Test(groups = { "Functional" })
1023   public void testCopyConstructor_withDataset()
1024   {
1025     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "AB-C.D EF");
1026     seq1.createDatasetSequence();
1027     seq1.setDescription("description");
1028     seq1.addAlignmentAnnotation(new AlignmentAnnotation("label", "desc",
1029             1.3d));
1030     // JAL-2046 - what is the contract for using a derived sequence's
1031     // addSequenceFeature ?
1032     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type", "desc", 22, 33,
1033             12.4f, "group"));
1034     seq1.addPDBId(new PDBEntry("1A70", "B", Type.PDB, "File"));
1035     // here we add DBRef to the dataset sequence:
1036     seq1.getDatasetSequence().addDBRef(
1037             new DBRefEntry("EMBL", "1.2", "AZ12345"));
1038
1039     SequenceI copy = new Sequence(seq1);
1040
1041     assertNotNull(copy.getDatasetSequence());
1042     assertSame(copy.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence());
1043
1044     verifyCopiedSequence(seq1, copy);
1045
1046     // getDBRef looks inside dataset sequence and this is shared,
1047     // so holds the same dbref objects
1048     List<DBRefEntry> dbrefs = copy.getDBRefs();
1049     assertEquals(1, dbrefs.size());
1050     assertSame(dbrefs.get(0), seq1.getDBRefs().get(0));
1051   }
1052
1053   /**
1054    * Helper to make assertions about a copied sequence
1055    *
1056    * @param seq1
1057    * @param copy
1058    */
1059   protected void verifyCopiedSequence(SequenceI seq1, SequenceI copy)
1060   {
1061     // verify basic properties:
1062     assertEquals(copy.getName(), seq1.getName());
1063     assertEquals(copy.getDescription(), seq1.getDescription());
1064     assertEquals(copy.getStart(), seq1.getStart());
1065     assertEquals(copy.getEnd(), seq1.getEnd());
1066     assertEquals(copy.getSequenceAsString(), seq1.getSequenceAsString());
1067
1068     // copy has a copy of the annotation:
1069     AlignmentAnnotation[] anns = copy.getAnnotation();
1070     assertEquals(1, anns.length);
1071     assertFalse(anns[0] == seq1.getAnnotation()[0]);
1072     assertEquals(anns[0].label, seq1.getAnnotation()[0].label);
1073     assertEquals(anns[0].description, seq1.getAnnotation()[0].description);
1074     assertEquals(anns[0].score, seq1.getAnnotation()[0].score);
1075
1076     // copy has a copy of the sequence feature:
1077     List<SequenceFeature> sfs = copy.getSequenceFeatures();
1078     assertEquals(1, sfs.size());
1079     if (seq1.getDatasetSequence() != null
1080             && copy.getDatasetSequence() == seq1.getDatasetSequence())
1081     {
1082       assertSame(sfs.get(0), seq1.getSequenceFeatures().get(0));
1083     }
1084     else
1085     {
1086       assertNotSame(sfs.get(0), seq1.getSequenceFeatures().get(0));
1087     }
1088     assertEquals(sfs.get(0), seq1.getSequenceFeatures().get(0));
1089
1090     // copy has a copy of the PDB entry
1091     Vector<PDBEntry> pdbs = copy.getAllPDBEntries();
1092     assertEquals(1, pdbs.size());
1093     assertFalse(pdbs.get(0) == seq1.getAllPDBEntries().get(0));
1094     assertTrue(pdbs.get(0).equals(seq1.getAllPDBEntries().get(0)));
1095   }
1096
1097   @Test(groups = "Functional")
1098   public void testGetCharAt()
1099   {
1100     SequenceI sq = new Sequence("", "abcde");
1101     assertEquals('a', sq.getCharAt(0));
1102     assertEquals('e', sq.getCharAt(4));
1103     assertEquals(' ', sq.getCharAt(5));
1104     assertEquals(' ', sq.getCharAt(-1));
1105   }
1106
1107   @Test(groups = { "Functional" })
1108   public void testAddSequenceFeatures()
1109   {
1110     SequenceI sq = new Sequence("", "abcde");
1111     // type may not be null
1112     assertFalse(sq.addSequenceFeature(new SequenceFeature(null, "desc", 4,
1113             8, 0f, null)));
1114     assertTrue(sq.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Cath", "desc", 4,
1115             8, 0f, null)));
1116     // can't add a duplicate feature
1117     assertFalse(sq.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Cath", "desc",
1118             4, 8, 0f, null)));
1119     // can add a different feature
1120     assertTrue(sq.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Scop", "desc", 4,
1121             8, 0f, null))); // different type
1122     assertTrue(sq.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Cath",
1123             "description", 4, 8, 0f, null)));// different description
1124     assertTrue(sq.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Cath", "desc", 3,
1125             8, 0f, null))); // different start position
1126     assertTrue(sq.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Cath", "desc", 4,
1127             9, 0f, null))); // different end position
1128     assertTrue(sq.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Cath", "desc", 4,
1129             8, 1f, null))); // different score
1130     assertTrue(sq.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Cath", "desc", 4,
1131             8, Float.NaN, null))); // score NaN
1132     assertTrue(sq.addSequenceFeature(new SequenceFeature("Cath", "desc", 4,
1133             8, 0f, "Metal"))); // different group
1134     assertEquals(8, sq.getFeatures().getAllFeatures().size());
1135   }
1136
1137   /**
1138    * Tests for adding (or updating) dbrefs
1139    *
1140    * @see DBRefEntry#updateFrom(DBRefEntry)
1141    */
1142   @Test(groups = { "Functional" })
1143   public void testAddDBRef()
1144   {
1145     SequenceI sq = new Sequence("", "abcde");
1146     assertNull(sq.getDBRefs());
1147     DBRefEntry dbref = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "P00340");
1148     sq.addDBRef(dbref);
1149     assertEquals(1, sq.getDBRefs().size());
1150     assertSame(dbref, sq.getDBRefs().get(0));
1151
1152     /*
1153      * change of version - new entry
1154      */
1155     DBRefEntry dbref2 = new DBRefEntry("Uniprot", "2", "P00340");
1156     sq.addDBRef(dbref2);
1157     assertEquals(2, sq.getDBRefs().size());
1158     assertSame(dbref, sq.getDBRefs().get(0));
1159     assertSame(dbref2, sq.getDBRefs().get(1));
1160
1161     /*
1162      * matches existing entry - not added
1163      */
1164     sq.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "p00340"));
1165     assertEquals(2, sq.getDBRefs().size());
1166
1167     /*
1168      * different source = new entry
1169      */
1170     DBRefEntry dbref3 = new DBRefEntry("UniRef", "1", "p00340");
1171     sq.addDBRef(dbref3);
1172     assertEquals(3, sq.getDBRefs().size());
1173     assertSame(dbref3, sq.getDBRefs().get(2));
1174
1175     /*
1176      * different ref = new entry
1177      */
1178     DBRefEntry dbref4 = new DBRefEntry("UniRef", "1", "p00341");
1179     sq.addDBRef(dbref4);
1180     assertEquals(4, sq.getDBRefs().size());
1181     assertSame(dbref4, sq.getDBRefs().get(3));
1182
1183     /*
1184      * matching ref with a mapping - map updated
1185      */
1186     DBRefEntry dbref5 = new DBRefEntry("UniRef", "1", "p00341");
1187     Mapping map = new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] {
1188         1, 1 }, 3, 1));
1189     dbref5.setMap(map);
1190     sq.addDBRef(dbref5);
1191     assertEquals(4, sq.getDBRefs().size());
1192     assertSame(dbref4, sq.getDBRefs().get(3));
1193     assertSame(map, dbref4.getMap());
1194
1195     /*
1196      * 'real' version replaces "0" version
1197      */
1198     dbref2.setVersion("0");
1199     DBRefEntry dbref6 = new DBRefEntry(dbref2.getSource(), "3",
1200             dbref2.getAccessionId());
1201     sq.addDBRef(dbref6);
1202     assertEquals(4, sq.getDBRefs().size());
1203     assertSame(dbref2, sq.getDBRefs().get(1));
1204     assertEquals("3", dbref2.getVersion());
1205
1206     /*
1207      * 'real' version replaces "source:0" version
1208      */
1209     dbref3.setVersion("Uniprot:0");
1210     DBRefEntry dbref7 = new DBRefEntry(dbref3.getSource(), "3",
1211             dbref3.getAccessionId());
1212     sq.addDBRef(dbref7);
1213     assertEquals(4, sq.getDBRefs().size());
1214     assertSame(dbref3, sq.getDBRefs().get(2));
1215     assertEquals("3", dbref2.getVersion());
1216   }
1217
1218   @Test(groups = { "Functional" })
1219   public void testGetPrimaryDBRefs_peptide()
1220   {
1221     SequenceI sq = new Sequence("aseq", "ASDFKYLMQPRST", 10, 22);
1222
1223     // no dbrefs
1224     List<DBRefEntry> primaryDBRefs = sq.getPrimaryDBRefs();
1225     assertTrue(primaryDBRefs.isEmpty());
1226
1227     // empty dbrefs
1228         sq.setDBRefs(null);
1229     primaryDBRefs = sq.getPrimaryDBRefs();
1230     assertTrue(primaryDBRefs.isEmpty());
1231
1232     // primary - uniprot
1233     DBRefEntry upentry1 = new DBRefEntry("UNIPROT", "0", "Q04760");
1234     sq.addDBRef(upentry1);
1235
1236     // primary - uniprot with congruent map
1237     DBRefEntry upentry2 = new DBRefEntry("UNIPROT", "0", "Q04762");
1238     upentry2.setMap(new Mapping(null, new MapList(new int[] { 10, 22 },
1239             new int[] { 10, 22 }, 1, 1)));
1240     sq.addDBRef(upentry2);
1241
1242     // primary - uniprot with map of enclosing sequence
1243     DBRefEntry upentry3 = new DBRefEntry("UNIPROT", "0", "Q04763");
1244     upentry3.setMap(new Mapping(null, new MapList(new int[] { 8, 24 },
1245             new int[] { 8, 24 }, 1, 1)));
1246     sq.addDBRef(upentry3);
1247
1248     // not primary - uniprot with map of sub-sequence (5')
1249     DBRefEntry upentry4 = new DBRefEntry("UNIPROT", "0", "Q04764");
1250     upentry4.setMap(new Mapping(null, new MapList(new int[] { 10, 18 },
1251             new int[] { 10, 18 }, 1, 1)));
1252     sq.addDBRef(upentry4);
1253
1254     // not primary - uniprot with map that overlaps 3'
1255     DBRefEntry upentry5 = new DBRefEntry("UNIPROT", "0", "Q04765");
1256     upentry5.setMap(new Mapping(null, new MapList(new int[] { 12, 22 },
1257             new int[] { 12, 22 }, 1, 1)));
1258     sq.addDBRef(upentry5);
1259
1260     // not primary - uniprot with map to different coordinates frame
1261     DBRefEntry upentry6 = new DBRefEntry("UNIPROT", "0", "Q04766");
1262     upentry6.setMap(new Mapping(null, new MapList(new int[] { 12, 18 },
1263             new int[] { 112, 118 }, 1, 1)));
1264     sq.addDBRef(upentry6);
1265
1266     // not primary - dbref to 'non-core' database
1267     DBRefEntry upentry7 = new DBRefEntry("Pfam", "0", "PF00903");
1268     sq.addDBRef(upentry7);
1269
1270     // primary - type is PDB
1271     DBRefEntry pdbentry = new DBRefEntry("PDB", "0", "1qip");
1272     sq.addDBRef(pdbentry);
1273
1274     // not primary - PDBEntry has no file
1275     sq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "0", "1AAA"));
1276
1277     // not primary - no PDBEntry
1278     sq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "0", "1DDD"));
1279
1280     // add corroborating PDB entry for primary DBref -
1281     // needs to have a file as well as matching ID
1282     // note PDB ID is not treated as case sensitive
1283     sq.addPDBId(new PDBEntry("1QIP", null, Type.PDB, new File("/blah")
1284             .toString()));
1285
1286     // not valid DBRef - no file..
1287     sq.addPDBId(new PDBEntry("1AAA", null, null, null));
1288
1289     primaryDBRefs = sq.getPrimaryDBRefs();
1290     assertEquals(4, primaryDBRefs.size());
1291     assertTrue("Couldn't find simple primary reference (UNIPROT)",
1292             primaryDBRefs.contains(upentry1));
1293     assertTrue("Couldn't find mapped primary reference (UNIPROT)",
1294             primaryDBRefs.contains(upentry2));
1295     assertTrue("Couldn't find mapped context reference (UNIPROT)",
1296             primaryDBRefs.contains(upentry3));
1297     assertTrue("Couldn't find expected PDB primary reference",
1298             primaryDBRefs.contains(pdbentry));
1299   }
1300
1301   @Test(groups = { "Functional" })
1302   public void testGetPrimaryDBRefs_nucleotide()
1303   {
1304     SequenceI sq = new Sequence("aseq", "TGATCACTCGACTAGCATCAGCATA", 10, 34);
1305
1306     // primary - Ensembl
1307     DBRefEntry dbr1 = new DBRefEntry("ENSEMBL", "0", "ENSG1234");
1308     sq.addDBRef(dbr1);
1309
1310     // not primary - Ensembl 'transcript' mapping of sub-sequence
1311     DBRefEntry dbr2 = new DBRefEntry("ENSEMBL", "0", "ENST1234");
1312     dbr2.setMap(new Mapping(null, new MapList(new int[] { 15, 25 },
1313             new int[] { 1, 11 }, 1, 1)));
1314     sq.addDBRef(dbr2);
1315
1316     // primary - EMBL with congruent map
1317     DBRefEntry dbr3 = new DBRefEntry("EMBL", "0", "J1234");
1318     dbr3.setMap(new Mapping(null, new MapList(new int[] { 10, 34 },
1319             new int[] { 10, 34 }, 1, 1)));
1320     sq.addDBRef(dbr3);
1321
1322     // not primary - to non-core database
1323     DBRefEntry dbr4 = new DBRefEntry("CCDS", "0", "J1234");
1324     sq.addDBRef(dbr4);
1325
1326     // not primary - to protein
1327     DBRefEntry dbr5 = new DBRefEntry("UNIPROT", "0", "Q87654");
1328     sq.addDBRef(dbr5);
1329
1330     List<DBRefEntry> primaryDBRefs = sq.getPrimaryDBRefs();
1331     assertEquals(2, primaryDBRefs.size());
1332     assertTrue(primaryDBRefs.contains(dbr1));
1333     assertTrue(primaryDBRefs.contains(dbr3));
1334   }
1335
1336   /**
1337    * Test the method that updates the list of PDBEntry from any new DBRefEntry
1338    * for PDB
1339    */
1340   @Test(groups = { "Functional" })
1341   public void testUpdatePDBIds()
1342   {
1343     PDBEntry pdbe1 = new PDBEntry("3A6S", null, null, null);
1344     seq.addPDBId(pdbe1);
1345     seq.addDBRef(new DBRefEntry("Ensembl", "8", "ENST1234"));
1346     seq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "0", "1A70"));
1347     seq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "0", "4BQGa"));
1348     seq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "0", "3a6sB"));
1349     // 7 is not a valid chain code:
1350     seq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "0", "2GIS7"));
1351
1352     seq.updatePDBIds();
1353     List<PDBEntry> pdbIds = seq.getAllPDBEntries();
1354     assertEquals(4, pdbIds.size());
1355     assertSame(pdbe1, pdbIds.get(0));
1356     // chain code got added to 3A6S:
1357     assertEquals("B", pdbe1.getChainCode());
1358     assertEquals("1A70", pdbIds.get(1).getId());
1359     // 4BQGA is parsed into id + chain
1360     assertEquals("4BQG", pdbIds.get(2).getId());
1361     assertEquals("a", pdbIds.get(2).getChainCode());
1362     assertEquals("2GIS7", pdbIds.get(3).getId());
1363     assertNull(pdbIds.get(3).getChainCode());
1364   }
1365
1366   /**
1367    * Test the method that either adds a pdbid or updates an existing one
1368    */
1369   @Test(groups = { "Functional" })
1370   public void testAddPDBId()
1371   {
1372     PDBEntry pdbe = new PDBEntry("3A6S", null, null, null);
1373     seq.addPDBId(pdbe);
1374     assertEquals(1, seq.getAllPDBEntries().size());
1375     assertSame(pdbe, seq.getPDBEntry("3A6S"));
1376     assertSame(pdbe, seq.getPDBEntry("3a6s")); // case-insensitive
1377
1378     // add the same entry
1379     seq.addPDBId(pdbe);
1380     assertEquals(1, seq.getAllPDBEntries().size());
1381     assertSame(pdbe, seq.getPDBEntry("3A6S"));
1382
1383     // add an identical entry
1384     seq.addPDBId(new PDBEntry("3A6S", null, null, null));
1385     assertEquals(1, seq.getAllPDBEntries().size());
1386     assertSame(pdbe, seq.getPDBEntry("3A6S"));
1387
1388     // add a different entry
1389     PDBEntry pdbe2 = new PDBEntry("1A70", null, null, null);
1390     seq.addPDBId(pdbe2);
1391     assertEquals(2, seq.getAllPDBEntries().size());
1392     assertSame(pdbe, seq.getAllPDBEntries().get(0));
1393     assertSame(pdbe2, seq.getAllPDBEntries().get(1));
1394
1395     // update pdbe with chain code, file, type
1396     PDBEntry pdbe3 = new PDBEntry("3a6s", "A", Type.PDB, "filepath");
1397     seq.addPDBId(pdbe3);
1398     assertEquals(2, seq.getAllPDBEntries().size());
1399     assertSame(pdbe, seq.getAllPDBEntries().get(0)); // updated in situ
1400     assertEquals("3A6S", pdbe.getId()); // unchanged
1401     assertEquals("A", pdbe.getChainCode()); // updated
1402     assertEquals(Type.PDB.toString(), pdbe.getType()); // updated
1403     assertEquals("filepath", pdbe.getFile()); // updated
1404     assertSame(pdbe2, seq.getAllPDBEntries().get(1));
1405
1406     // add with a different file path
1407     PDBEntry pdbe4 = new PDBEntry("3a6s", "A", Type.PDB, "filepath2");
1408     seq.addPDBId(pdbe4);
1409     assertEquals(3, seq.getAllPDBEntries().size());
1410     assertSame(pdbe4, seq.getAllPDBEntries().get(2));
1411
1412     // add with a different chain code
1413     PDBEntry pdbe5 = new PDBEntry("3a6s", "B", Type.PDB, "filepath");
1414     seq.addPDBId(pdbe5);
1415     assertEquals(4, seq.getAllPDBEntries().size());
1416     assertSame(pdbe5, seq.getAllPDBEntries().get(3));
1417   }
1418
1419   @Test(
1420     groups = { "Functional" },
1421     expectedExceptions = { IllegalArgumentException.class })
1422   public void testSetDatasetSequence_toSelf()
1423   {
1424     seq.setDatasetSequence(seq);
1425   }
1426
1427   @Test(
1428     groups = { "Functional" },
1429     expectedExceptions = { IllegalArgumentException.class })
1430   public void testSetDatasetSequence_cascading()
1431   {
1432     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "xyz");
1433     seq2.createDatasetSequence();
1434     seq.setDatasetSequence(seq2);
1435   }
1436
1437   @Test(groups = { "Functional" })
1438   public void testFindFeatures()
1439   {
1440     SequenceI sq = new Sequence("test/8-16", "-ABC--DEF--GHI--");
1441     sq.createDatasetSequence();
1442
1443     assertTrue(sq.findFeatures(1, 99).isEmpty());
1444
1445     // add non-positional feature
1446     SequenceFeature sf0 = new SequenceFeature("Cath", "desc", 0, 0, 2f,
1447             null);
1448     sq.addSequenceFeature(sf0);
1449     // add feature on BCD
1450     SequenceFeature sfBCD = new SequenceFeature("Cath", "desc", 9, 11, 2f,
1451             null);
1452     sq.addSequenceFeature(sfBCD);
1453     // add feature on DE
1454     SequenceFeature sfDE = new SequenceFeature("Cath", "desc", 11, 12, 2f,
1455             null);
1456     sq.addSequenceFeature(sfDE);
1457     // add contact feature at [B, H]
1458     SequenceFeature sfContactBH = new SequenceFeature("Disulphide bond",
1459             "desc", 9, 15, 2f, null);
1460     sq.addSequenceFeature(sfContactBH);
1461     // add contact feature at [F, G]
1462     SequenceFeature sfContactFG = new SequenceFeature("Disulfide Bond",
1463             "desc", 13, 14, 2f, null);
1464     sq.addSequenceFeature(sfContactFG);
1465     // add single position feature at [I]
1466     SequenceFeature sfI = new SequenceFeature("Disulfide Bond",
1467             "desc", 16, 16, null);
1468     sq.addSequenceFeature(sfI);
1469
1470     // no features in columns 1-2 (-A)
1471     List<SequenceFeature> found = sq.findFeatures(1, 2);
1472     assertTrue(found.isEmpty());
1473
1474     // columns 1-6 (-ABC--) includes BCD and B/H feature but not DE
1475     found = sq.findFeatures(1, 6);
1476     assertEquals(2, found.size());
1477     assertTrue(found.contains(sfBCD));
1478     assertTrue(found.contains(sfContactBH));
1479
1480     // columns 5-6 (--) includes (enclosing) BCD but not (contact) B/H feature
1481     found = sq.findFeatures(5, 6);
1482     assertEquals(1, found.size());
1483     assertTrue(found.contains(sfBCD));
1484
1485     // columns 7-10 (DEF-) includes BCD, DE, F/G but not B/H feature
1486     found = sq.findFeatures(7, 10);
1487     assertEquals(3, found.size());
1488     assertTrue(found.contains(sfBCD));
1489     assertTrue(found.contains(sfDE));
1490     assertTrue(found.contains(sfContactFG));
1491
1492     // columns 10-11 (--) should find nothing
1493     found = sq.findFeatures(10, 11);
1494     assertEquals(0, found.size());
1495
1496     // columns 14-14 (I) should find variant feature
1497     found = sq.findFeatures(14, 14);
1498     assertEquals(1, found.size());
1499     assertTrue(found.contains(sfI));
1500   }
1501
1502   @Test(groups = { "Functional" })
1503   public void testFindIndex_withCursor()
1504   {
1505     Sequence sq = new Sequence("test/8-13", "-A--BCD-EF--");
1506     final int tok = (int) PA.getValue(sq, "changeCount");
1507     assertEquals(1, tok);
1508
1509     // find F given A, check cursor is now at the found position
1510     assertEquals(10, sq.findIndex(13, new SequenceCursor(sq, 8, 2, tok)));
1511     SequenceCursor cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1512     assertEquals(13, cursor.residuePosition);
1513     assertEquals(10, cursor.columnPosition);
1514
1515     // find A given F
1516     assertEquals(2, sq.findIndex(8, new SequenceCursor(sq, 13, 10, tok)));
1517     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1518     assertEquals(8, cursor.residuePosition);
1519     assertEquals(2, cursor.columnPosition);
1520
1521     // find C given C (no cursor update is done for this case)
1522     assertEquals(6, sq.findIndex(10, new SequenceCursor(sq, 10, 6, tok)));
1523     SequenceCursor cursor2 = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1524     assertSame(cursor2, cursor);
1525
1526     /*
1527      * sequence 'end' beyond end of sequence returns length of sequence
1528      *  (for compatibility with pre-cursor code)
1529      *  - also verify the cursor is left in a valid state
1530      */
1531     sq = new Sequence("test/8-99", "-A--B-C-D-E-F--"); // trailing gap case
1532     assertEquals(7, sq.findIndex(10)); // establishes a cursor
1533     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1534     assertEquals(10, cursor.residuePosition);
1535     assertEquals(7, cursor.columnPosition);
1536     assertEquals(sq.getLength(), sq.findIndex(65));
1537     cursor2 = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1538     assertSame(cursor, cursor2); // not updated for this case!
1539
1540     sq = new Sequence("test/8-99", "-A--B-C-D-E-F"); // trailing residue case
1541     sq.findIndex(10); // establishes a cursor
1542     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1543     assertEquals(sq.getLength(), sq.findIndex(65));
1544     cursor2 = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1545     assertSame(cursor, cursor2); // not updated for this case!
1546
1547     /*
1548      * residue after sequence 'start' but before first residue should return
1549      * zero (for compatibility with pre-cursor code)
1550      */
1551     sq = new Sequence("test/8-15", "-A-B-C-"); // leading gap case
1552     sq.findIndex(10); // establishes a cursor
1553     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1554     assertEquals(0, sq.findIndex(3));
1555     cursor2 = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1556     assertSame(cursor, cursor2); // not updated for this case!
1557
1558     sq = new Sequence("test/8-15", "A-B-C-"); // leading residue case
1559     sq.findIndex(10); // establishes a cursor
1560     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1561     assertEquals(0, sq.findIndex(2));
1562     cursor2 = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1563     assertSame(cursor, cursor2); // not updated for this case!
1564   }
1565
1566   @Test(groups = { "Functional" })
1567   public void testFindPosition_withCursor()
1568   {
1569     Sequence sq = new Sequence("test/8-13", "-A--BCD-EF--");
1570     final int tok = (int) PA.getValue(sq, "changeCount");
1571     assertEquals(1, tok);
1572
1573     // find F pos given A - lastCol gets set in cursor
1574     assertEquals(13,
1575             sq.findPosition(10, new SequenceCursor(sq, 8, 2, tok)));
1576     assertEquals("test:Pos13:Col10:startCol0:endCol10:tok1",
1577             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
1578
1579     // find A pos given F - first residue column is saved in cursor
1580     assertEquals(8,
1581             sq.findPosition(2, new SequenceCursor(sq, 13, 10, tok)));
1582     assertEquals("test:Pos8:Col2:startCol2:endCol10:tok1",
1583             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
1584
1585     // find C pos given C (neither startCol nor endCol is set)
1586     assertEquals(10,
1587             sq.findPosition(6, new SequenceCursor(sq, 10, 6, tok)));
1588     assertEquals("test:Pos10:Col6:startCol0:endCol0:tok1",
1589             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
1590
1591     // now the grey area - what residue position for a gapped column? JAL-2562
1592
1593     // find 'residue' for column 3 given cursor for D (so working left)
1594     // returns B9; cursor is updated to [B 5]
1595     assertEquals(9, sq.findPosition(3, new SequenceCursor(sq, 11, 7, tok)));
1596     assertEquals("test:Pos9:Col5:startCol0:endCol0:tok1",
1597             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
1598
1599     // find 'residue' for column 8 given cursor for D (so working right)
1600     // returns E12; cursor is updated to [D 7]
1601     assertEquals(12,
1602             sq.findPosition(8, new SequenceCursor(sq, 11, 7, tok)));
1603     assertEquals("test:Pos11:Col7:startCol0:endCol0:tok1",
1604             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
1605
1606     // find 'residue' for column 12 given cursor for B
1607     // returns 1 more than last residue position; cursor is updated to [F 10]
1608     // lastCol position is saved in cursor
1609     assertEquals(14,
1610             sq.findPosition(12, new SequenceCursor(sq, 9, 5, tok)));
1611     assertEquals("test:Pos13:Col10:startCol0:endCol10:tok1",
1612             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
1613
1614     /*
1615      * findPosition for column beyond length of sequence
1616      * returns 1 more than the last residue position
1617      * cursor is set to last real residue position [F 10]
1618      */
1619     assertEquals(14,
1620             sq.findPosition(99, new SequenceCursor(sq, 8, 2, tok)));
1621     assertEquals("test:Pos13:Col10:startCol0:endCol10:tok1",
1622             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
1623
1624     /*
1625      * and the case without a trailing gap
1626      */
1627     sq = new Sequence("test/8-13", "-A--BCD-EF");
1628     // first find C from A
1629     assertEquals(10, sq.findPosition(6, new SequenceCursor(sq, 8, 2, tok)));
1630     SequenceCursor cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1631     assertEquals("test:Pos10:Col6:startCol0:endCol0:tok1",
1632             cursor.toString());
1633     // now 'find' 99 from C
1634     // cursor is set to [F 10] and saved lastCol
1635     assertEquals(14, sq.findPosition(99, cursor));
1636     assertEquals("test:Pos13:Col10:startCol0:endCol10:tok1",
1637             PA.getValue(sq, "cursor").toString());
1638   }
1639
1640   @Test
1641   public void testIsValidCursor()
1642   {
1643     Sequence sq = new Sequence("Seq", "ABC--DE-F", 8, 13);
1644     assertFalse(sq.isValidCursor(null));
1645
1646     /*
1647      * cursor is valid if it has valid sequence ref and changeCount token
1648      * and positions within the range of the sequence
1649      */
1650     int changeCount = (int) PA.getValue(sq, "changeCount");
1651     SequenceCursor cursor = new SequenceCursor(sq, 13, 1, changeCount);
1652     assertTrue(sq.isValidCursor(cursor));
1653
1654     /*
1655      * column position outside [0 - length] is rejected
1656      */
1657     cursor = new SequenceCursor(sq, 13, -1, changeCount);
1658     assertFalse(sq.isValidCursor(cursor));
1659     cursor = new SequenceCursor(sq, 13, 10, changeCount);
1660     assertFalse(sq.isValidCursor(cursor));
1661     cursor = new SequenceCursor(sq, 7, 8, changeCount);
1662     assertFalse(sq.isValidCursor(cursor));
1663     cursor = new SequenceCursor(sq, 14, 2, changeCount);
1664     assertFalse(sq.isValidCursor(cursor));
1665
1666     /*
1667      * wrong sequence is rejected
1668      */
1669     cursor = new SequenceCursor(null, 13, 1, changeCount);
1670     assertFalse(sq.isValidCursor(cursor));
1671     cursor = new SequenceCursor(new Sequence("Seq", "abc"), 13, 1,
1672             changeCount);
1673     assertFalse(sq.isValidCursor(cursor));
1674
1675     /*
1676      * wrong token value is rejected
1677      */
1678     cursor = new SequenceCursor(sq, 13, 1, changeCount + 1);
1679     assertFalse(sq.isValidCursor(cursor));
1680     cursor = new SequenceCursor(sq, 13, 1, changeCount - 1);
1681     assertFalse(sq.isValidCursor(cursor));
1682   }
1683
1684   @Test(groups = { "Functional" })
1685   public void testFindPosition_withCursorAndEdits()
1686   {
1687     Sequence sq = new Sequence("test/8-13", "-A--BCD-EF--");
1688
1689     // find F pos given A
1690     assertEquals(13, sq.findPosition(10, new SequenceCursor(sq, 8, 2, 0)));
1691     int token = (int) PA.getValue(sq, "changeCount"); // 0
1692     SequenceCursor cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1693     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 13, 10, token), cursor);
1694
1695     /*
1696      * setSequence should invalidate the cursor cached by the sequence
1697      */
1698     sq.setSequence("-A-BCD-EF---"); // one gap removed
1699     assertEquals(8, sq.getStart()); // sanity check
1700     assertEquals(11, sq.findPosition(5)); // D11
1701     // cursor should now be at [D 6]
1702     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1703     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 11, 6, ++token), cursor);
1704     assertEquals(0, cursor.lastColumnPosition); // not yet found
1705     assertEquals(13, sq.findPosition(8)); // E13
1706     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1707     assertEquals(9, cursor.lastColumnPosition); // found
1708
1709     /*
1710      * deleteChars should invalidate the cached cursor
1711      */
1712     sq.deleteChars(2, 5); // delete -BC
1713     assertEquals("-AD-EF---", sq.getSequenceAsString());
1714     assertEquals(8, sq.getStart()); // sanity check
1715     assertEquals(10, sq.findPosition(4)); // E10
1716     // cursor should now be at [E 5]
1717     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1718     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 10, 5, ++token), cursor);
1719
1720     /*
1721      * Edit to insert gaps should invalidate the cached cursor
1722      * insert 2 gaps at column[3] to make -AD---EF---
1723      */
1724     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { sq };
1725     AlignmentI al = new Alignment(seqs);
1726     new EditCommand().appendEdit(Action.INSERT_GAP, seqs, 3, 2, al, true);
1727     assertEquals("-AD---EF---", sq.getSequenceAsString());
1728     assertEquals(10, sq.findPosition(4)); // E10
1729     // cursor should now be at [D 3]
1730     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1731     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 9, 3, ++token), cursor);
1732
1733     /*
1734      * insertCharAt should invalidate the cached cursor
1735      * insert CC at column[4] to make -AD-CC--EF---
1736      */
1737     sq.insertCharAt(4, 2, 'C');
1738     assertEquals("-AD-CC--EF---", sq.getSequenceAsString());
1739     assertEquals(13, sq.findPosition(9)); // F13
1740     // cursor should now be at [F 10]
1741     cursor = (SequenceCursor) PA.getValue(sq, "cursor");
1742     assertEquals(new SequenceCursor(sq, 13, 10, ++token), cursor);
1743
1744     /*
1745      * changing sequence start should invalidate cursor
1746      */
1747     sq = new Sequence("test/8-13", "-A--BCD-EF--");
1748     assertEquals(8, sq.getStart());
1749     assertEquals(9, sq.findPosition(4)); // B(9)
1750     sq.setStart(7);
1751     assertEquals(8, sq.findPosition(4)); // is now B(8)
1752     sq.setStart(10);
1753     assertEquals(11, sq.findPosition(4)); // is now B(11)
1754   }
1755
1756   @Test(groups = { "Functional" })
1757   public void testGetSequence()
1758   {
1759     String seqstring = "-A--BCD-EF--";
1760     Sequence sq = new Sequence("test/8-13", seqstring);
1761     sq.createDatasetSequence();
1762     assertTrue(Arrays.equals(sq.getSequence(), seqstring.toCharArray()));
1763     assertTrue(Arrays.equals(sq.getDatasetSequence().getSequence(),
1764             "ABCDEF".toCharArray()));
1765
1766     // verify a copy of the sequence array is returned
1767     char[] theSeq = (char[]) PA.getValue(sq, "sequence");
1768     assertNotSame(theSeq, sq.getSequence());
1769     theSeq = (char[]) PA.getValue(sq.getDatasetSequence(), "sequence");
1770     assertNotSame(theSeq, sq.getDatasetSequence().getSequence());
1771   }
1772
1773   @Test(groups = { "Functional" })
1774   public void testReplace()
1775   {
1776     String seqstring = "-A--BCD-EF--";
1777     SequenceI sq = new Sequence("test/8-13", seqstring);
1778     // changeCount is incremented for setStart
1779     assertEquals(1, PA.getValue(sq, "changeCount"));
1780
1781     assertEquals(0, sq.replace('A', 'A')); // same char
1782     assertEquals(seqstring, sq.getSequenceAsString());
1783     assertEquals(1, PA.getValue(sq, "changeCount"));
1784
1785     assertEquals(0, sq.replace('X', 'Y')); // not there
1786     assertEquals(seqstring, sq.getSequenceAsString());
1787     assertEquals(1, PA.getValue(sq, "changeCount"));
1788
1789     assertEquals(1, sq.replace('A', 'K'));
1790     assertEquals("-K--BCD-EF--", sq.getSequenceAsString());
1791     assertEquals(2, PA.getValue(sq, "changeCount"));
1792
1793     assertEquals(6, sq.replace('-', '.'));
1794     assertEquals(".K..BCD.EF..", sq.getSequenceAsString());
1795     assertEquals(3, PA.getValue(sq, "changeCount"));
1796   }
1797
1798   @Test(groups = { "Functional" })
1799   public void testGapBitset()
1800   {
1801     SequenceI sq = new Sequence("test/8-13", "-ABC---DE-F--");
1802     BitSet bs = sq.gapBitset();
1803     BitSet expected = new BitSet();
1804     expected.set(0);
1805     expected.set(4, 7);
1806     expected.set(9);
1807     expected.set(11, 13);
1808
1809     assertTrue(bs.equals(expected));
1810
1811   }
1812
1813   public void testFindFeatures_largeEndPos()
1814   {
1815     /*
1816      * imitate a PDB sequence where end is larger than end position
1817      */
1818     SequenceI sq = new Sequence("test", "-ABC--DEF--", 1, 20);
1819     sq.createDatasetSequence();
1820
1821     assertTrue(sq.findFeatures(1, 9).isEmpty());
1822     // should be no array bounds exception - JAL-2772
1823     assertTrue(sq.findFeatures(1, 15).isEmpty());
1824
1825     // add feature on BCD
1826     SequenceFeature sfBCD = new SequenceFeature("Cath", "desc", 2, 4, 2f,
1827             null);
1828     sq.addSequenceFeature(sfBCD);
1829
1830     // no features in columns 1-2 (-A)
1831     List<SequenceFeature> found = sq.findFeatures(1, 2);
1832     assertTrue(found.isEmpty());
1833
1834     // columns 1-6 (-ABC--) includes BCD
1835     found = sq.findFeatures(1, 6);
1836     assertEquals(1, found.size());
1837     assertTrue(found.contains(sfBCD));
1838
1839     // columns 10-11 (--) should find nothing
1840     found = sq.findFeatures(10, 11);
1841     assertEquals(0, found.size());
1842   }
1843
1844   @Test(groups = { "Functional" })
1845   public void testSetName()
1846   {
1847     SequenceI sq = new Sequence("test", "-ABC---DE-F--");
1848     assertEquals("test", sq.getName());
1849     assertEquals(1, sq.getStart());
1850     assertEquals(6, sq.getEnd());
1851
1852     sq.setName("testing");
1853     assertEquals("testing", sq.getName());
1854
1855     sq.setName("test/8-10");
1856     assertEquals("test", sq.getName());
1857     assertEquals(8, sq.getStart());
1858     assertEquals(13, sq.getEnd()); // note end is recomputed
1859
1860     sq.setName("testing/7-99");
1861     assertEquals("testing", sq.getName());
1862     assertEquals(7, sq.getStart());
1863     assertEquals(99, sq.getEnd()); // end may be beyond physical end
1864
1865     sq.setName("/2-3");
1866     assertEquals("", sq.getName());
1867     assertEquals(2, sq.getStart());
1868     assertEquals(7, sq.getEnd());
1869
1870     sq.setName("test/"); // invalid
1871     assertEquals("test/", sq.getName());
1872     assertEquals(2, sq.getStart());
1873     assertEquals(7, sq.getEnd());
1874
1875     sq.setName("test/6-13/7-99");
1876     assertEquals("test/6-13", sq.getName());
1877     assertEquals(7, sq.getStart());
1878     assertEquals(99, sq.getEnd());
1879
1880     sq.setName("test/0-5"); // 0 is invalid - ignored
1881     assertEquals("test/0-5", sq.getName());
1882     assertEquals(7, sq.getStart());
1883     assertEquals(99, sq.getEnd());
1884
1885     sq.setName("test/a-5"); // a is invalid - ignored
1886     assertEquals("test/a-5", sq.getName());
1887     assertEquals(7, sq.getStart());
1888     assertEquals(99, sq.getEnd());
1889
1890     sq.setName("test/6-5"); // start > end is invalid - ignored
1891     assertEquals("test/6-5", sq.getName());
1892     assertEquals(7, sq.getStart());
1893     assertEquals(99, sq.getEnd());
1894
1895     sq.setName("test/5"); // invalid - ignored
1896     assertEquals("test/5", sq.getName());
1897     assertEquals(7, sq.getStart());
1898     assertEquals(99, sq.getEnd());
1899
1900     sq.setName("test/-5"); // invalid - ignored
1901     assertEquals("test/-5", sq.getName());
1902     assertEquals(7, sq.getStart());
1903     assertEquals(99, sq.getEnd());
1904
1905     sq.setName("test/5-"); // invalid - ignored
1906     assertEquals("test/5-", sq.getName());
1907     assertEquals(7, sq.getStart());
1908     assertEquals(99, sq.getEnd());
1909
1910     sq.setName("test/5-6-7"); // invalid - ignored
1911     assertEquals("test/5-6-7", sq.getName());
1912     assertEquals(7, sq.getStart());
1913     assertEquals(99, sq.getEnd());
1914
1915     sq.setName(null); // invalid, gets converted to space
1916     assertEquals("", sq.getName());
1917     assertEquals(7, sq.getStart());
1918     assertEquals(99, sq.getEnd());
1919   }
1920
1921   @Test(groups = { "Functional" })
1922   public void testCheckValidRange()
1923   {
1924     Sequence sq = new Sequence("test/7-12", "-ABC---DE-F--");
1925     assertEquals(7, sq.getStart());
1926     assertEquals(12, sq.getEnd());
1927
1928     /*
1929      * checkValidRange ensures end is at least the last residue position
1930      */
1931     PA.setValue(sq, "end", 2);
1932     sq.checkValidRange();
1933     assertEquals(12, sq.getEnd());
1934
1935     /*
1936      * end may be beyond the last residue position
1937      */
1938     PA.setValue(sq, "end", 22);
1939     sq.checkValidRange();
1940     assertEquals(22, sq.getEnd());
1941   }
1942
1943   @Test(groups = { "Functional" })
1944   public void testDeleteChars_withGaps()
1945   {
1946     /*
1947      * delete gaps only
1948      */
1949     SequenceI sq = new Sequence("test/8-10", "A-B-C");
1950     sq.createDatasetSequence();
1951     assertEquals("ABC", sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString());
1952     sq.deleteChars(1, 2); // delete first gap
1953     assertEquals("AB-C", sq.getSequenceAsString());
1954     assertEquals(8, sq.getStart());
1955     assertEquals(10, sq.getEnd());
1956     assertEquals("ABC", sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString());
1957
1958     /*
1959      * delete gaps and residues at start (no new dataset sequence)
1960      */
1961     sq = new Sequence("test/8-10", "A-B-C");
1962     sq.createDatasetSequence();
1963     sq.deleteChars(0, 3); // delete A-B
1964     assertEquals("-C", sq.getSequenceAsString());
1965     assertEquals(10, sq.getStart());
1966     assertEquals(10, sq.getEnd());
1967     assertEquals("ABC", sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString());
1968
1969     /*
1970      * delete gaps and residues at end (no new dataset sequence)
1971      */
1972     sq = new Sequence("test/8-10", "A-B-C");
1973     sq.createDatasetSequence();
1974     sq.deleteChars(2, 5); // delete B-C
1975     assertEquals("A-", sq.getSequenceAsString());
1976     assertEquals(8, sq.getStart());
1977     assertEquals(8, sq.getEnd());
1978     assertEquals("ABC", sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString());
1979
1980     /*
1981      * delete gaps and residues internally (new dataset sequence)
1982      * first delete from gap to residue
1983      */
1984     sq = new Sequence("test/8-10", "A-B-C");
1985     sq.createDatasetSequence();
1986     sq.deleteChars(1, 3); // delete -B
1987     assertEquals("A-C", sq.getSequenceAsString());
1988     assertEquals(8, sq.getStart());
1989     assertEquals(9, sq.getEnd());
1990     assertEquals("AC", sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString());
1991     assertEquals(8, sq.getDatasetSequence().getStart());
1992     assertEquals(9, sq.getDatasetSequence().getEnd());
1993
1994     /*
1995      * internal delete from gap to gap
1996      */
1997     sq = new Sequence("test/8-10", "A-B-C");
1998     sq.createDatasetSequence();
1999     sq.deleteChars(1, 4); // delete -B-
2000     assertEquals("AC", sq.getSequenceAsString());
2001     assertEquals(8, sq.getStart());
2002     assertEquals(9, sq.getEnd());
2003     assertEquals("AC", sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString());
2004     assertEquals(8, sq.getDatasetSequence().getStart());
2005     assertEquals(9, sq.getDatasetSequence().getEnd());
2006
2007     /*
2008      * internal delete from residue to residue
2009      */
2010     sq = new Sequence("test/8-10", "A-B-C");
2011     sq.createDatasetSequence();
2012     sq.deleteChars(2, 3); // delete B
2013     assertEquals("A--C", sq.getSequenceAsString());
2014     assertEquals(8, sq.getStart());
2015     assertEquals(9, sq.getEnd());
2016     assertEquals("AC", sq.getDatasetSequence().getSequenceAsString());
2017     assertEquals(8, sq.getDatasetSequence().getStart());
2018     assertEquals(9, sq.getDatasetSequence().getEnd());
2019   }
2020
2021   /**
2022    * Test the code used to locate the reference sequence ruler origin
2023    */
2024   @Test(groups = { "Functional" })
2025   public void testLocateVisibleStartofSequence()
2026   {
2027     // create random alignment
2028     AlignmentGenerator gen = new AlignmentGenerator(false);
2029     AlignmentI al = gen.generate(50, 20, 123, 5, 5);
2030
2031     HiddenColumns cs = al.getHiddenColumns();
2032     ColumnSelection colsel = new ColumnSelection();
2033
2034     SequenceI seq = new Sequence("RefSeq", "-A-SD-ASD--E---");
2035     assertEquals(2, seq.findIndex(seq.getStart()));
2036
2037     // no hidden columns
2038     assertEquals(seq.findIndex(seq.getStart()) - 1,
2039             seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2040
2041     // hidden column on gap after end of sequence - should not affect bounds
2042     colsel.hideSelectedColumns(13, al.getHiddenColumns());
2043     assertEquals(seq.findIndex(seq.getStart()) - 1,
2044             seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2045
2046     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2047     // hidden column on gap before beginning of sequence - should vis bounds by
2048     // one
2049     colsel.hideSelectedColumns(0, al.getHiddenColumns());
2050     assertEquals(seq.findIndex(seq.getStart()) - 2,
2051             cs.absoluteToVisibleColumn(
2052                     seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator())));
2053
2054     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2055     // hide columns around most of sequence - leave one residue remaining
2056     cs.hideColumns(1, 3);
2057     cs.hideColumns(6, 11);
2058
2059     Iterator<int[]> it = cs.getVisContigsIterator(0, 6, false);
2060
2061     assertEquals("-D", seq.getSequenceStringFromIterator(it));
2062     // cs.getVisibleSequenceStrings(0, 5, new SequenceI[]
2063     // { seq })[0]);
2064
2065     assertEquals(4, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2066     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2067
2068     // hide whole sequence - should just get location of hidden region
2069     // containing sequence
2070     cs.hideColumns(1, 11);
2071     assertEquals(0, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2072
2073     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2074     cs.hideColumns(0, 15);
2075     assertEquals(0, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2076
2077     SequenceI seq2 = new Sequence("RefSeq2", "-------A-SD-ASD--E---");
2078
2079     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2080     cs.hideColumns(7, 17);
2081     assertEquals(0, seq2.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2082
2083     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2084     cs.hideColumns(3, 17);
2085     assertEquals(0, seq2.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2086
2087     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2088     cs.hideColumns(3, 19);
2089     assertEquals(0, seq2.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2090
2091     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2092     cs.hideColumns(0, 0);
2093     assertEquals(1, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2094
2095     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2096     cs.hideColumns(0, 1);
2097     assertEquals(3, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2098
2099     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2100     cs.hideColumns(0, 2);
2101     assertEquals(3, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2102
2103     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2104     cs.hideColumns(1, 1);
2105     assertEquals(3, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2106
2107     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2108     cs.hideColumns(1, 2);
2109     assertEquals(3, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2110
2111     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2112     cs.hideColumns(1, 3);
2113     assertEquals(4, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2114
2115     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2116     cs.hideColumns(0, 2);
2117     cs.hideColumns(5, 6);
2118     assertEquals(3, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2119
2120     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2121     cs.hideColumns(0, 2);
2122     cs.hideColumns(5, 6);
2123     cs.hideColumns(9, 10);
2124     assertEquals(3, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2125
2126     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2127     cs.hideColumns(0, 2);
2128     cs.hideColumns(7, 11);
2129     assertEquals(3, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2130
2131     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2132     cs.hideColumns(2, 4);
2133     cs.hideColumns(7, 11);
2134     assertEquals(1, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2135
2136     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2137     cs.hideColumns(2, 4);
2138     cs.hideColumns(7, 12);
2139     assertEquals(1, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2140
2141     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2142     cs.hideColumns(1, 11);
2143     assertEquals(0, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2144
2145     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2146     cs.hideColumns(0, 12);
2147     assertEquals(0, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2148
2149     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2150     cs.hideColumns(0, 4);
2151     cs.hideColumns(6, 12);
2152     assertEquals(0, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2153
2154     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2155     cs.hideColumns(0, 1);
2156     cs.hideColumns(3, 12);
2157     assertEquals(0, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2158
2159     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2160     cs.hideColumns(3, 14);
2161     cs.hideColumns(17, 19);
2162     assertEquals(0, seq2.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2163
2164     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2165     cs.hideColumns(3, 7);
2166     cs.hideColumns(9, 14);
2167     cs.hideColumns(17, 19);
2168     assertEquals(0, seq2.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2169
2170     cs.revealAllHiddenColumns(colsel);
2171     cs.hideColumns(0, 1);
2172     cs.hideColumns(3, 4);
2173     cs.hideColumns(6, 8);
2174     cs.hideColumns(10, 12);
2175     assertEquals(0, seq.firstResidueOutsideIterator(cs.iterator()));
2176
2177   }
2178   @Test(groups= {"Functional"})
2179   public void testTransferAnnotation() {
2180     Sequence origSeq = new Sequence("MYSEQ","THISISASEQ");
2181     Sequence toSeq = new Sequence("MYSEQ","THISISASEQ");
2182     origSeq.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "0", "Q12345", null, true));
2183     toSeq.transferAnnotation(origSeq, null);
2184     assertTrue(toSeq.getDBRefs().size()>0);
2185
2186     assertTrue(toSeq.getDBRefs().get(0).isCanonical());
2187
2188   }
2189 }