test/jalview/datamodel/SequenceTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  28 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  29 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
  30
  31 import jalview.datamodel.PDBEntry.Type;
  32 import jalview.util.MapList;
  33
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.Arrays;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import org.testng.Assert;
  40 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  41 import org.testng.annotations.Test;
  42
  43 public class SequenceTest
  44 {
  45   Sequence seq;
  46
  47   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  48   public void setUp()
  49   {
  50     seq = new Sequence("FER1", "AKPNGVL");
  51   }
  52
  53   @Test(groups = { "Functional" })
  54   public void testInsertGapsAndGapmaps()
  55   {
  56     SequenceI aseq = seq.deriveSequence();
  57     aseq.insertCharAt(2, 3, '-');
  58     aseq.insertCharAt(6, 3, '-');
  59     assertEquals("Gap insertions not correct", "AK---P---NGVL",
  60             aseq.getSequenceAsString());
  61     List<int[]> gapInt = aseq.getInsertions();
  62     assertEquals("Gap interval 1 start wrong", 2, gapInt.get(0)[0]);
  63     assertEquals("Gap interval 1 end wrong", 4, gapInt.get(0)[1]);
  64     assertEquals("Gap interval 2 start wrong", 6, gapInt.get(1)[0]);
  65     assertEquals("Gap interval 2 end wrong", 8, gapInt.get(1)[1]);
  66   }
  67
  68   @Test(groups = ("Functional"))
  69   public void testIsProtein()
  70   {
  71     // test Protein
  72     assertTrue(new Sequence("prot","ASDFASDFASDF").isProtein());
  73     // test DNA
  74     assertFalse(new Sequence("prot","ACGTACGTACGT").isProtein());
  75     // test RNA
  76     SequenceI sq = new Sequence("prot","ACGUACGUACGU");
  77     assertFalse(sq.isProtein());
  78     // change sequence, should trigger an update of cached result
  79     sq.setSequence("ASDFASDFADSF");
  80     assertTrue(sq.isProtein());
  81     /*
  82      * in situ change of sequence doesn't change hashcode :-O
  83      * (sequence should not expose internal implementation)
  84      */
  85     for (int i = 0; i < sq.getSequence().length; i++)
  86     {
  87       sq.getSequence()[i] = "acgtu".charAt(i % 5);
  88     }
  89     assertTrue(sq.isProtein()); // but it isn't
  90   }
  91
  92   @Test(groups = { "Functional" })
  93   public void testGetAnnotation()
  94   {
  95     // initial state returns null not an empty array
  96     assertNull(seq.getAnnotation());
  97     AlignmentAnnotation ann = addAnnotation("label1", "desc1", "calcId1",
  98             1f);
  99     AlignmentAnnotation[] anns = seq.getAnnotation();
 100     assertEquals(1, anns.length);
 101     assertSame(ann, anns[0]);
 102
 103     // removing all annotations reverts array to null
 104     seq.removeAlignmentAnnotation(ann);
 105     assertNull(seq.getAnnotation());
 106   }
 107
 108   @Test(groups = { "Functional" })
 109   public void testGetAnnotation_forLabel()
 110   {
 111     AlignmentAnnotation ann1 = addAnnotation("label1", "desc1", "calcId1",
 112             1f);
 113     AlignmentAnnotation ann2 = addAnnotation("label2", "desc2", "calcId2",
 114             1f);
 115     AlignmentAnnotation ann3 = addAnnotation("label1", "desc3", "calcId3",
 116             1f);
 117     AlignmentAnnotation[] anns = seq.getAnnotation("label1");
 118     assertEquals(2, anns.length);
 119     assertSame(ann1, anns[0]);
 120     assertSame(ann3, anns[1]);
 121   }
 122
 123   private AlignmentAnnotation addAnnotation(String label,
 124           String description, String calcId, float value)
 125   {
 126     final AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation(label,
 127             description, value);
 128     annotation.setCalcId(calcId);
 129     seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 130     return annotation;
 131   }
 132
 133   @Test(groups = { "Functional" })
 134   public void testGetAlignmentAnnotations_forCalcIdAndLabel()
 135   {
 136     AlignmentAnnotation ann1 = addAnnotation("label1", "desc1", "calcId1",
 137             1f);
 138     AlignmentAnnotation ann2 = addAnnotation("label2", "desc2", "calcId2",
 139             1f);
 140     AlignmentAnnotation ann3 = addAnnotation("label2", "desc3", "calcId3",
 141             1f);
 142     AlignmentAnnotation ann4 = addAnnotation("label2", "desc3", "calcId2",
 143             1f);
 144     AlignmentAnnotation ann5 = addAnnotation("label5", "desc3", null, 1f);
 145     AlignmentAnnotation ann6 = addAnnotation(null, "desc3", "calcId3", 1f);
 146     List<AlignmentAnnotation> anns = seq.getAlignmentAnnotations("calcId2",
 147             "label2");
 148     assertEquals(2, anns.size());
 149     assertSame(ann2, anns.get(0));
 150     assertSame(ann4, anns.get(1));
 151
 152     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations("calcId2", "label3").isEmpty());
 153     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations("calcId3", "label5").isEmpty());
 154     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations("calcId2", null).isEmpty());
 155     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations(null, "label3").isEmpty());
 156     assertTrue(seq.getAlignmentAnnotations(null, null).isEmpty());
 157   }
 158
 159   /**
 160    * Tests for addAlignmentAnnotation. Note this method has the side-effect of
 161    * setting the sequenceRef on the annotation. Adding the same annotation twice
 162    * should be ignored.
 163    */
 164   @Test(groups = { "Functional" })
 165   public void testAddAlignmentAnnotation()
 166   {
 167     assertNull(seq.getAnnotation());
 168     final AlignmentAnnotation annotation = new AlignmentAnnotation("a",
 169             "b", 2d);
 170     assertNull(annotation.sequenceRef);
 171     seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 172     assertSame(seq, annotation.sequenceRef);
 173     AlignmentAnnotation[] anns = seq.getAnnotation();
 174     assertEquals(1, anns.length);
 175     assertSame(annotation, anns[0]);
 176
 177     // re-adding does nothing
 178     seq.addAlignmentAnnotation(annotation);
 179     anns = seq.getAnnotation();
 180     assertEquals(1, anns.length);
 181     assertSame(annotation, anns[0]);
 182
 183     // an identical but different annotation can be added
 184     final AlignmentAnnotation annotation2 = new AlignmentAnnotation("a",
 185             "b", 2d);
 186     seq.addAlignmentAnnotation(annotation2);
 187     anns = seq.getAnnotation();
 188     assertEquals(2, anns.length);
 189     assertSame(annotation, anns[0]);
 190     assertSame(annotation2, anns[1]);
 191   }
 192
 193   @Test(groups = { "Functional" })
 194   public void testGetStartGetEnd()
 195   {
 196     SequenceI sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 197     assertEquals(1, sq.getStart());
 198     assertEquals(6, sq.getEnd());
 199
 200     sq = new Sequence("test", "--AB-C-DEF--");
 201     assertEquals(1, sq.getStart());
 202     assertEquals(6, sq.getEnd());
 203
 204     sq = new Sequence("test", "----");
 205     assertEquals(1, sq.getStart());
 206     assertEquals(0, sq.getEnd()); // ??
 207   }
 208
 209   /**
 210    * Tests for the method that returns an alignment column position (base 1) for
 211    * a given sequence position (base 1).
 212    */
 213   @Test(groups = { "Functional" })
 214   public void testFindIndex()
 215   {
 216     SequenceI sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 217     assertEquals(0, sq.findIndex(0));
 218     assertEquals(1, sq.findIndex(1));
 219     assertEquals(5, sq.findIndex(5));
 220     assertEquals(6, sq.findIndex(6));
 221     assertEquals(6, sq.findIndex(9));
 222
 223     sq = new Sequence("test", "-A--B-C-D-E-F--");
 224     assertEquals(2, sq.findIndex(1));
 225     assertEquals(5, sq.findIndex(2));
 226     assertEquals(7, sq.findIndex(3));
 227
 228     // before start returns 0
 229     assertEquals(0, sq.findIndex(0));
 230     assertEquals(0, sq.findIndex(-1));
 231
 232     // beyond end returns last residue column
 233     assertEquals(13, sq.findIndex(99));
 234
 235   }
 236
 237   /**
 238    * Tests for the method that returns a dataset sequence position (base 1) for
 239    * an aligned column position (base 0).
 240    */
 241   @Test(groups = { "Functional" })
 242   public void testFindPosition()
 243   {
 244     SequenceI sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 245     assertEquals(1, sq.findPosition(0));
 246     assertEquals(6, sq.findPosition(5));
 247     // assertEquals(-1, seq.findPosition(6)); // fails
 248
 249     sq = new Sequence("test", "AB-C-D--");
 250     assertEquals(1, sq.findPosition(0));
 251     assertEquals(2, sq.findPosition(1));
 252     // gap position 'finds' residue to the right (not the left as per javadoc)
 253     assertEquals(3, sq.findPosition(2));
 254     assertEquals(3, sq.findPosition(3));
 255     assertEquals(4, sq.findPosition(4));
 256     assertEquals(4, sq.findPosition(5));
 257     // returns 1 more than sequence length if off the end ?!?
 258     assertEquals(5, sq.findPosition(6));
 259     assertEquals(5, sq.findPosition(7));
 260
 261     sq = new Sequence("test", "--AB-C-DEF--");
 262     assertEquals(1, sq.findPosition(0));
 263     assertEquals(1, sq.findPosition(1));
 264     assertEquals(1, sq.findPosition(2));
 265     assertEquals(2, sq.findPosition(3));
 266     assertEquals(3, sq.findPosition(4));
 267     assertEquals(3, sq.findPosition(5));
 268     assertEquals(4, sq.findPosition(6));
 269     assertEquals(4, sq.findPosition(7));
 270     assertEquals(5, sq.findPosition(8));
 271     assertEquals(6, sq.findPosition(9));
 272     assertEquals(7, sq.findPosition(10));
 273     assertEquals(7, sq.findPosition(11));
 274   }
 275
 276   @Test(groups = { "Functional" })
 277   public void testDeleteChars()
 278   {
 279     SequenceI sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 280     assertEquals(1, sq.getStart());
 281     assertEquals(6, sq.getEnd());
 282     sq.deleteChars(2, 3);
 283     assertEquals("ABDEF", sq.getSequenceAsString());
 284     assertEquals(1, sq.getStart());
 285     assertEquals(5, sq.getEnd());
 286
 287     sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 288     sq.deleteChars(0, 2);
 289     assertEquals("CDEF", sq.getSequenceAsString());
 290     assertEquals(3, sq.getStart());
 291     assertEquals(6, sq.getEnd());
 292   }
 293
 294   @Test(groups = { "Functional" })
 295   public void testInsertCharAt()
 296   {
 297     // non-static methods:
 298     SequenceI sq = new Sequence("test", "ABCDEF");
 299     sq.insertCharAt(0, 'z');
 300     assertEquals("zABCDEF", sq.getSequenceAsString());
 301     sq.insertCharAt(2, 2, 'x');
 302     assertEquals("zAxxBCDEF", sq.getSequenceAsString());
 303
 304     // for static method see StringUtilsTest
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Test the method that returns an array of aligned sequence positions where
 309    * the array index is the data sequence position (both base 0).
 310    */
 311   @Test(groups = { "Functional" })
 312   public void testGapMap()
 313   {
 314     SequenceI sq = new Sequence("test", "-A--B-CD-E--F-");
 315     sq.createDatasetSequence();
 316     assertEquals("[1, 4, 6, 7, 9, 12]", Arrays.toString(sq.gapMap()));
 317   }
 318
 319   /**
 320    * Test the method that gets sequence features, either from the sequence or
 321    * its dataset.
 322    */
 323   @Test(groups = { "Functional" })
 324   public void testGetSequenceFeatures()
 325   {
 326     SequenceI sq = new Sequence("test", "GATCAT");
 327     sq.createDatasetSequence();
 328
 329     assertNull(sq.getSequenceFeatures());
 330
 331     /*
 332      * SequenceFeature on sequence
 333      */
 334     SequenceFeature sf = new SequenceFeature();
 335     sq.addSequenceFeature(sf);
 336     SequenceFeature[] sfs = sq.getSequenceFeatures();
 337     assertEquals(1, sfs.length);
 338     assertSame(sf, sfs[0]);
 339
 340
 341     /*
 342      * SequenceFeature on sequence and dataset sequence; returns that on
 343      * sequence
 344      *
 345      * Note JAL-2046: spurious: we have no use case for this at the moment.
 346      * This test also buggy - as sf2.equals(sf), no new feature is added
 347      */
 348     SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature();
 349     sq.getDatasetSequence().addSequenceFeature(sf2);
 350     sfs = sq.getSequenceFeatures();
 351     assertEquals(1, sfs.length);
 352     assertSame(sf, sfs[0]);
 353
 354     /*
 355      * SequenceFeature on dataset sequence only
 356      * Note JAL-2046: spurious: we have no use case for setting a non-dataset sequence's feature array to null at the moment.
 357      */
 358     sq.setSequenceFeatures(null);
 359     assertNull(sq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures());
 360
 361     /*
 362      * Corrupt case - no SequenceFeature, dataset's dataset is the original
 363      * sequence. Test shows no infinite loop results.
 364      */
 365     sq.getDatasetSequence().setSequenceFeatures(null);
 366     /**
 367      * is there a usecase for this ? setDatasetSequence should throw an error if
 368      * this actually occurs.
 369      */
 370     sq.getDatasetSequence().setDatasetSequence(sq); // loop!
 371     assertNull(sq.getSequenceFeatures());
 372   }
 373
 374   /**
 375    * Test the method that returns an array, indexed by sequence position, whose
 376    * entries are the residue positions at the sequence position (or to the right
 377    * if a gap)
 378    */
 379   @Test(groups = { "Functional" })
 380   public void testFindPositionMap()
 381   {
 382     /*
 383      * Note: Javadoc for findPosition says it returns the residue position to
 384      * the left of a gapped position; in fact it returns the position to the
 385      * right. Also it returns a non-existent residue position for a gap beyond
 386      * the sequence.
 387      */
 388     Sequence sq = new Sequence("TestSeq", "AB.C-D E.");
 389     int[] map = sq.findPositionMap();
 390     assertEquals(Arrays.toString(new int[] { 1, 2, 3, 3, 4, 4, 5, 5, 6 }),
 391             Arrays.toString(map));
 392   }
 393
 394   /**
 395    * Test for getSubsequence
 396    */
 397   @Test(groups = { "Functional" })
 398   public void testGetSubsequence()
 399   {
 400     SequenceI sq = new Sequence("TestSeq", "ABCDEFG");
 401     sq.createDatasetSequence();
 402
 403     // positions are base 0, end position is exclusive
 404     SequenceI subseq = sq.getSubSequence(2, 4);
 405
 406     assertEquals("CD", subseq.getSequenceAsString());
 407     // start/end are base 1 positions
 408     assertEquals(3, subseq.getStart());
 409     assertEquals(4, subseq.getEnd());
 410     // subsequence shares the full dataset sequence
 411     assertSame(sq.getDatasetSequence(), subseq.getDatasetSequence());
 412   }
 413
 414   /**
 415    * test createDatasetSequence behaves to doc
 416    */
 417   @Test(groups = { "Functional" })
 418   public void testCreateDatasetSequence()
 419   {
 420     SequenceI sq = new Sequence("my","ASDASD");
 421     assertNull(sq.getDatasetSequence());
 422     SequenceI rds = sq.createDatasetSequence();
 423     assertNotNull(rds);
 424     assertNull(rds.getDatasetSequence());
 425     assertEquals(sq.getDatasetSequence(), rds);
 426   }
 427
 428   /**
 429    * Test for deriveSequence applied to a sequence with a dataset
 430    */
 431   @Test(groups = { "Functional" })
 432   public void testDeriveSequence_existingDataset()
 433   {
 434     Sequence sq = new Sequence("Seq1", "CD");
 435     sq.setDatasetSequence(new Sequence("Seq1", "ABCDEF"));
 436     sq.getDatasetSequence().addSequenceFeature(
 437             new SequenceFeature("", "", 1, 2, 0f, null));
 438     sq.setStart(3);
 439     sq.setEnd(4);
 440
 441     sq.setDescription("Test sequence description..");
 442     sq.setVamsasId("TestVamsasId");
 443     sq.setSourceDBRef(new DBRefEntry("PDB", "version0", "1TST"));
 444
 445     sq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "version1", "1Tst"));
 446     sq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "version2", "2Tst"));
 447     sq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "version3", "3Tst"));
 448     sq.addDBRef(new DBRefEntry("PDB", "version4", "4Tst"));
 449
 450     sq.addPDBId(new PDBEntry("1PDB", "A", Type.PDB, "filePath/test1"));
 451     sq.addPDBId(new PDBEntry("1PDB", "B", Type.PDB, "filePath/test1"));
 452     sq.addPDBId(new PDBEntry("2PDB", "A", Type.MMCIF, "filePath/test2"));
 453     sq.addPDBId(new PDBEntry("2PDB", "B", Type.MMCIF, "filePath/test2"));
 454
 455     sq.getDatasetSequence().addDBRef(
 456             new DBRefEntry("PDB", "version1", "1Tst"));
 457     sq.getDatasetSequence().addDBRef(
 458             new DBRefEntry("PDB", "version2", "2Tst"));
 459     sq.getDatasetSequence().addDBRef(
 460             new DBRefEntry("PDB", "version3", "3Tst"));
 461     sq.getDatasetSequence().addDBRef(
 462             new DBRefEntry("PDB", "version4", "4Tst"));
 463
 464     sq.getDatasetSequence().addPDBId(
 465             new PDBEntry("1PDB", "A", Type.PDB, "filePath/test1"));
 466     sq.getDatasetSequence().addPDBId(
 467             new PDBEntry("1PDB", "B", Type.PDB, "filePath/test1"));
 468     sq.getDatasetSequence().addPDBId(
 469             new PDBEntry("2PDB", "A", Type.MMCIF, "filePath/test2"));
 470     sq.getDatasetSequence().addPDBId(
 471             new PDBEntry("2PDB", "B", Type.MMCIF, "filePath/test2"));
 472
 473     ArrayList<Annotation> annotsList = new ArrayList<Annotation>();
 474     System.out.println(">>>>>> " + sq.getSequenceAsString().length());
 475     annotsList.add(new Annotation("A", "A", 'X', 0.1f));
 476     annotsList.add(new Annotation("A", "A", 'X', 0.1f));
 477     Annotation[] annots = annotsList.toArray(new Annotation[0]);
 478     sq.addAlignmentAnnotation(new AlignmentAnnotation("Test annot",
 479             "Test annot description", annots));
 480     sq.getDatasetSequence().addAlignmentAnnotation(
 481             new AlignmentAnnotation("Test annot", "Test annot description",
 482                     annots));
 483     Assert.assertEquals(sq.getDescription(), "Test sequence description..");
 484     Assert.assertEquals(sq.getDBRefs().length, 4);
 485     Assert.assertEquals(sq.getAllPDBEntries().size(), 4);
 486     Assert.assertNotNull(sq.getAnnotation());
 487     Assert.assertEquals(sq.getAnnotation()[0].annotations.length, 2);
 488     Assert.assertEquals(sq.getDatasetSequence().getDBRefs().length, 4);
 489     Assert.assertEquals(sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries().size(),
 490             4);
 491     Assert.assertNotNull(sq.getDatasetSequence().getAnnotation());
 492
 493     Sequence derived = (Sequence) sq.deriveSequence();
 494
 495     Assert.assertEquals(derived.getDescription(),
 496             "Test sequence description..");
 497     Assert.assertEquals(derived.getDBRefs().length, 4);
 498     Assert.assertEquals(derived.getAllPDBEntries().size(), 4);
 499     Assert.assertNotNull(derived.getAnnotation());
 500     Assert.assertEquals(derived.getAnnotation()[0].annotations.length, 2);
 501     Assert.assertEquals(derived.getDatasetSequence().getDBRefs().length, 4);
 502     Assert.assertEquals(derived.getDatasetSequence().getAllPDBEntries()
 503             .size(), 4);
 504     Assert.assertNotNull(derived.getDatasetSequence().getAnnotation());
 505
 506     assertEquals("CD", derived.getSequenceAsString());
 507     assertSame(sq.getDatasetSequence(), derived.getDatasetSequence());
 508
 509     assertNull(sq.sequenceFeatures);
 510     assertNull(derived.sequenceFeatures);
 511     // derived sequence should access dataset sequence features
 512     assertNotNull(sq.getSequenceFeatures());
 513     assertArrayEquals(sq.getSequenceFeatures(),
 514             derived.getSequenceFeatures());
 515   }
 516
 517   /**
 518    * Test for deriveSequence applied to an ungapped sequence with no dataset
 519    */
 520   @Test(groups = { "Functional" })
 521   public void testDeriveSequence_noDatasetUngapped()
 522   {
 523     SequenceI sq = new Sequence("Seq1", "ABCDEF");
 524     assertEquals(1, sq.getStart());
 525     assertEquals(6, sq.getEnd());
 526     SequenceI derived = sq.deriveSequence();
 527     assertEquals("ABCDEF", derived.getSequenceAsString());
 528     assertEquals("ABCDEF", derived.getDatasetSequence()
 529             .getSequenceAsString());
 530   }
 531
 532   /**
 533    * Test for deriveSequence applied to a gapped sequence with no dataset
 534    */
 535   @Test(groups = { "Functional" })
 536   public void testDeriveSequence_noDatasetGapped()
 537   {
 538     SequenceI sq = new Sequence("Seq1", "AB-C.D EF");
 539     assertEquals(1, sq.getStart());
 540     assertEquals(6, sq.getEnd());
 541     assertNull(sq.getDatasetSequence());
 542     SequenceI derived = sq.deriveSequence();
 543     assertEquals("AB-C.D EF", derived.getSequenceAsString());
 544     assertEquals("ABCDEF", derived.getDatasetSequence()
 545             .getSequenceAsString());
 546   }
 547
 548   @Test(groups = { "Functional" })
 549   public void testCopyConstructor_noDataset()
 550   {
 551     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "AB-C.D EF");
 552     seq1.setDescription("description");
 553     seq1.addAlignmentAnnotation(new AlignmentAnnotation("label", "desc",
 554             1.3d));
 555     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type", "desc", 22, 33,
 556             12.4f, "group"));
 557     seq1.addPDBId(new PDBEntry("1A70", "B", Type.PDB, "File"));
 558     seq1.addDBRef(new DBRefEntry("EMBL", "1.2", "AZ12345"));
 559
 560     SequenceI copy = new Sequence(seq1);
 561
 562     assertNull(copy.getDatasetSequence());
 563
 564     verifyCopiedSequence(seq1, copy);
 565
 566     // copy has a copy of the DBRefEntry
 567     // this is murky - DBrefs are only copied for dataset sequences
 568     // where the test for 'dataset sequence' is 'dataset is null'
 569     // but that doesn't distinguish it from an aligned sequence
 570     // which has not yet generated a dataset sequence
 571     // NB getDBRef looks inside dataset sequence if not null
 572     DBRefEntry[] dbrefs = copy.getDBRefs();
 573     assertEquals(1, dbrefs.length);
 574     assertFalse(dbrefs[0] == seq1.getDBRefs()[0]);
 575     assertTrue(dbrefs[0].equals(seq1.getDBRefs()[0]));
 576   }
 577
 578   @Test(groups = { "Functional" })
 579   public void testCopyConstructor_withDataset()
 580   {
 581     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "AB-C.D EF");
 582     seq1.createDatasetSequence();
 583     seq1.setDescription("description");
 584     seq1.addAlignmentAnnotation(new AlignmentAnnotation("label", "desc",
 585             1.3d));
 586     // JAL-2046 - what is the contract for using a derived sequence's
 587     // addSequenceFeature ?
 588     seq1.addSequenceFeature(new SequenceFeature("type", "desc", 22, 33,
 589             12.4f, "group"));
 590     seq1.addPDBId(new PDBEntry("1A70", "B", Type.PDB, "File"));
 591     // here we add DBRef to the dataset sequence:
 592     seq1.getDatasetSequence().addDBRef(
 593             new DBRefEntry("EMBL", "1.2", "AZ12345"));
 594
 595     SequenceI copy = new Sequence(seq1);
 596
 597     assertNotNull(copy.getDatasetSequence());
 598     assertSame(copy.getDatasetSequence(), seq1.getDatasetSequence());
 599
 600     verifyCopiedSequence(seq1, copy);
 601
 602     // getDBRef looks inside dataset sequence and this is shared,
 603     // so holds the same dbref objects
 604     DBRefEntry[] dbrefs = copy.getDBRefs();
 605     assertEquals(1, dbrefs.length);
 606     assertSame(dbrefs[0], seq1.getDBRefs()[0]);
 607   }
 608
 609   /**
 610    * Helper to make assertions about a copied sequence
 611    *
 612    * @param seq1
 613    * @param copy
 614    */
 615   protected void verifyCopiedSequence(SequenceI seq1, SequenceI copy)
 616   {
 617     // verify basic properties:
 618     assertEquals(copy.getName(), seq1.getName());
 619     assertEquals(copy.getDescription(), seq1.getDescription());
 620     assertEquals(copy.getStart(), seq1.getStart());
 621     assertEquals(copy.getEnd(), seq1.getEnd());
 622     assertEquals(copy.getSequenceAsString(), seq1.getSequenceAsString());
 623
 624     // copy has a copy of the annotation:
 625     AlignmentAnnotation[] anns = copy.getAnnotation();
 626     assertEquals(1, anns.length);
 627     assertFalse(anns[0] == seq1.getAnnotation()[0]);
 628     assertEquals(anns[0].label, seq1.getAnnotation()[0].label);
 629     assertEquals(anns[0].description, seq1.getAnnotation()[0].description);
 630     assertEquals(anns[0].score, seq1.getAnnotation()[0].score);
 631
 632     // copy has a copy of the sequence feature:
 633     SequenceFeature[] sfs = copy.getSequenceFeatures();
 634     assertEquals(1, sfs.length);
 635     if (seq1.getDatasetSequence()!=null && copy.getDatasetSequence()==seq1.getDatasetSequence()) {
 636       assertTrue(sfs[0] == seq1.getSequenceFeatures()[0]);
 637     } else {
 638       assertFalse(sfs[0] == seq1.getSequenceFeatures()[0]);
 639     }
 640     assertTrue(sfs[0].equals(seq1.getSequenceFeatures()[0]));
 641
 642     // copy has a copy of the PDB entry
 643     Vector<PDBEntry> pdbs = copy.getAllPDBEntries();
 644     assertEquals(1, pdbs.size());
 645     assertFalse(pdbs.get(0) == seq1.getAllPDBEntries().get(0));
 646     assertTrue(pdbs.get(0).equals(seq1.getAllPDBEntries().get(0)));
 647   }
 648
 649   @Test(groups = "Functional")
 650   public void testGetCharAt()
 651   {
 652     SequenceI sq = new Sequence("", "abcde");
 653     assertEquals('a', sq.getCharAt(0));
 654     assertEquals('e', sq.getCharAt(4));
 655     assertEquals(' ', sq.getCharAt(5));
 656     assertEquals(' ', sq.getCharAt(-1));
 657   }
 658
 659   /**
 660    * Tests for adding (or updating) dbrefs
 661    *
 662    * @see DBRefEntry#updateFrom(DBRefEntry)
 663    */
 664   @Test(groups = { "Functional" })
 665   public void testAddDBRef()
 666   {
 667     SequenceI sq = new Sequence("", "abcde");
 668     assertNull(sq.getDBRefs());
 669     DBRefEntry dbref = new DBRefEntry("Uniprot", "1", "P00340");
 670     sq.addDBRef(dbref);
 671     assertEquals(1, sq.getDBRefs().length);
 672     assertSame(dbref, sq.getDBRefs()[0]);
 673
 674     /*
 675      * change of version - new entry
 676      */
 677     DBRefEntry dbref2 = new DBRefEntry("Uniprot", "2", "P00340");
 678     sq.addDBRef(dbref2);
 679     assertEquals(2, sq.getDBRefs().length);
 680     assertSame(dbref, sq.getDBRefs()[0]);
 681     assertSame(dbref2, sq.getDBRefs()[1]);
 682
 683     /*
 684      * matches existing entry - not added
 685      */
 686     sq.addDBRef(new DBRefEntry("UNIPROT", "1", "p00340"));
 687     assertEquals(2, sq.getDBRefs().length);
 688
 689     /*
 690      * different source = new entry
 691      */
 692     DBRefEntry dbref3 = new DBRefEntry("UniRef", "1", "p00340");
 693     sq.addDBRef(dbref3);
 694     assertEquals(3, sq.getDBRefs().length);
 695     assertSame(dbref3, sq.getDBRefs()[2]);
 696
 697     /*
 698      * different ref = new entry
 699      */
 700     DBRefEntry dbref4 = new DBRefEntry("UniRef", "1", "p00341");
 701     sq.addDBRef(dbref4);
 702     assertEquals(4, sq.getDBRefs().length);
 703     assertSame(dbref4, sq.getDBRefs()[3]);
 704
 705     /*
 706      * matching ref with a mapping - map updated
 707      */
 708     DBRefEntry dbref5 = new DBRefEntry("UniRef", "1", "p00341");
 709     Mapping map = new Mapping(new MapList(new int[] { 1, 3 }, new int[] {
 710         1, 1 }, 3, 1));
 711     dbref5.setMap(map);
 712     sq.addDBRef(dbref5);
 713     assertEquals(4, sq.getDBRefs().length);
 714     assertSame(dbref4, sq.getDBRefs()[3]);
 715     assertSame(map, dbref4.getMap());
 716
 717     /*
 718      * 'real' version replaces "0" version
 719      */
 720     dbref2.setVersion("0");
 721     DBRefEntry dbref6 = new DBRefEntry(dbref2.getSource(), "3",
 722             dbref2.getAccessionId());
 723     sq.addDBRef(dbref6);
 724     assertEquals(4, sq.getDBRefs().length);
 725     assertSame(dbref2, sq.getDBRefs()[1]);
 726     assertEquals("3", dbref2.getVersion());
 727
 728     /*
 729      * 'real' version replaces "source:0" version
 730      */
 731     dbref3.setVersion("Uniprot:0");
 732     DBRefEntry dbref7 = new DBRefEntry(dbref3.getSource(), "3",
 733             dbref3.getAccessionId());
 734     sq.addDBRef(dbref7);
 735     assertEquals(4, sq.getDBRefs().length);
 736     assertSame(dbref3, sq.getDBRefs()[2]);
 737     assertEquals("3", dbref2.getVersion());
 738   }
 739 }