test/jalview/datamodel/StartRegionIteratorTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  26
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Iterator;
  29 import java.util.List;
  30
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class StartRegionIteratorTest
  34 {
  35   /**
  36    * Test the start region iterator
  37    */
  38   @Test(groups = { "Functional" })
  39   public void testBasicBoundsIterator()
  40   {
  41     List<int[]> hiddenColumns = null;
  42
  43     // null hidden columns
  44     Iterator<Integer> it = new StartRegionIterator(3, 10,
  45             hiddenColumns);
  46     assertFalse(it.hasNext());
  47
  48     hiddenColumns = new ArrayList<>();
  49
  50     // no hidden columns
  51     it = new StartRegionIterator(3, 10, hiddenColumns);
  52     assertFalse(it.hasNext());
  53
  54     // add some hidden columns
  55     hiddenColumns.add(new int[] { 5, 10 });
  56     hiddenColumns.add(new int[] { 25, 40 });
  57
  58     it = new StartRegionIterator(3, 10, hiddenColumns);
  59     assertTrue(it.hasNext());
  60     Integer result = it.next();
  61     assertEquals(5, (int) result);
  62     assertFalse(it.hasNext());
  63
  64     it = new StartRegionIterator(3, 15, hiddenColumns);
  65     assertTrue(it.hasNext());
  66     result = it.next();
  67     assertEquals(5, (int) result);
  68     assertFalse(it.hasNext());
  69
  70     it = new StartRegionIterator(3, 18, hiddenColumns);
  71     assertTrue(it.hasNext());
  72     result = it.next();
  73     assertEquals(5, (int) result);
  74     assertFalse(it.hasNext());
  75
  76     it = new StartRegionIterator(3, 19, hiddenColumns);
  77     assertTrue(it.hasNext());
  78     result = it.next();
  79     assertEquals(5, (int) result);
  80     assertTrue(it.hasNext());
  81     result = it.next();
  82     assertEquals(19, (int) result);
  83     assertFalse(it.hasNext());
  84
  85     hiddenColumns.add(new int[] { 47, 50 });
  86
  87     it = new StartRegionIterator(15, 60, hiddenColumns);
  88     assertTrue(it.hasNext());
  89     result = it.next();
  90     assertEquals(19, (int) result);
  91     assertTrue(it.hasNext());
  92     result = it.next();
  93     assertEquals(25, (int) result);
  94     assertFalse(it.hasNext());
  95   }
  96
  97   /**
  98    * Test the start region iterator with null cursor
  99    */
 100   @Test(groups = { "Functional" })
 101   public void testBoundsIteratorUsingNullCursor()
 102   {
 103     List<int[]> hiddenColumns = null;
 104     HiddenCursorPosition pos = null;
 105
 106     // null hidden columns
 107     Iterator<Integer> it = new StartRegionIterator(pos, 3, 10,
 108             hiddenColumns);
 109     assertFalse(it.hasNext());
 110
 111     hiddenColumns = new ArrayList<>();
 112
 113     // no hidden columns
 114     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 10, hiddenColumns);
 115     assertFalse(it.hasNext());
 116
 117     // add some hidden columns
 118     hiddenColumns.add(new int[] { 5, 10 });
 119     hiddenColumns.add(new int[] { 25, 40 });
 120
 121     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 10, hiddenColumns);
 122     assertTrue(it.hasNext());
 123     Integer result = it.next();
 124     assertEquals(5, (int) result);
 125     assertFalse(it.hasNext());
 126
 127     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 15, hiddenColumns);
 128     assertTrue(it.hasNext());
 129     result = it.next();
 130     assertEquals(5, (int) result);
 131     assertFalse(it.hasNext());
 132
 133     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 18, hiddenColumns);
 134     assertTrue(it.hasNext());
 135     result = it.next();
 136     assertEquals(5, (int) result);
 137     assertFalse(it.hasNext());
 138
 139     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 19, hiddenColumns);
 140     assertTrue(it.hasNext());
 141     result = it.next();
 142     assertEquals(5, (int) result);
 143     assertTrue(it.hasNext());
 144     result = it.next();
 145     assertEquals(19, (int) result);
 146     assertFalse(it.hasNext());
 147
 148     hiddenColumns.add(new int[] { 47, 50 });
 149
 150     it = new StartRegionIterator(pos, 15, 60, hiddenColumns);
 151     assertTrue(it.hasNext());
 152     result = it.next();
 153     assertEquals(19, (int) result);
 154     assertTrue(it.hasNext());
 155     result = it.next();
 156     assertEquals(25, (int) result);
 157     assertFalse(it.hasNext());
 158   }
 159
 160   /**
 161    * Test the start region iterator with nonnull cursor
 162    */
 163   @Test(groups = { "Functional" })
 164   public void testBoundsIteratorUsingCursor()
 165   {
 166     List<int[]> hiddenColumns = new ArrayList<>();
 167
 168     // add some hidden columns
 169     hiddenColumns.add(new int[] { 5, 10 });
 170     hiddenColumns.add(new int[] { 25, 40 });
 171
 172     HiddenCursorPosition pos = new HiddenCursorPosition(0, 0);
 173
 174     Iterator<Integer> it = new StartRegionIterator(pos, 3, 10,
 175             hiddenColumns);
 176     assertTrue(it.hasNext());
 177     Integer result = it.next();
 178     assertEquals(5, (int) result);
 179     assertFalse(it.hasNext());
 180
 181     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 15, hiddenColumns);
 182     assertTrue(it.hasNext());
 183     result = it.next();
 184     assertEquals(5, (int) result);
 185     assertFalse(it.hasNext());
 186
 187     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 18, hiddenColumns);
 188     assertTrue(it.hasNext());
 189     result = it.next();
 190     assertEquals(5, (int) result);
 191     assertFalse(it.hasNext());
 192
 193     it = new StartRegionIterator(pos, 3, 19, hiddenColumns);
 194     assertTrue(it.hasNext());
 195     result = it.next();
 196     assertEquals(5, (int) result);
 197     assertTrue(it.hasNext());
 198     result = it.next();
 199     assertEquals(19, (int) result);
 200     assertFalse(it.hasNext());
 201
 202     pos = new HiddenCursorPosition(1, 6);
 203     hiddenColumns.add(new int[] { 47, 50 });
 204
 205     it = new StartRegionIterator(pos, 15, 60, hiddenColumns);
 206     assertTrue(it.hasNext());
 207     result = it.next();
 208     assertEquals(19, (int) result);
 209     assertTrue(it.hasNext());
 210     result = it.next();
 211     assertEquals(25, (int) result);
 212     assertFalse(it.hasNext());
 213   }
 214 }