test/jalview/datamodel/VisibleColsIteratorTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  24
  25 import java.util.Iterator;
  26 import java.util.NoSuchElementException;
  27
  28 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 public class VisibleColsIteratorTest
  32 {
  33   HiddenColumns hiddenCols;
  34
  35   HiddenColumns hiddenColsAtStart;
  36
  37   @BeforeClass(groups = { "Functional" })
  38   public void setup()
  39   {
  40     hiddenCols = new HiddenColumns();
  41     hiddenCols.hideColumns(2, 4);
  42
  43     hiddenColsAtStart = new HiddenColumns();
  44     hiddenColsAtStart.hideColumns(0, 2);
  45   }
  46
  47   /*
  48    * Test iterator iterates correctly through the columns
  49    * when alignment has hidden cols
  50    */
  51   @Test(groups = { "Functional" })
  52   public void testHasNextAndNextWithHidden()
  53   {
  54     Iterator<Integer> it = hiddenCols.getVisibleColsIterator(0, 6);
  55     int count = 0;
  56     while (it.hasNext())
  57     {
  58       it.next();
  59       count++;
  60     }
  61     assertTrue(count == 4, "hasNext() is false after 4 iterations");
  62   }
  63
  64   /*
  65    * Test iterator iterates correctly through the columns
  66    * when alignment has no hidden cols
  67    */
  68   @Test(groups = { "Functional" })
  69   public void testHasNextAndNextNoHidden()
  70   {
  71     HiddenColumns test = new HiddenColumns();
  72     Iterator<Integer> it2 = test.getVisibleColsIterator(0, 3);
  73     int count = 0;
  74     while (it2.hasNext())
  75     {
  76       it2.next();
  77       count++;
  78     }
  79     assertTrue(count == 4, "hasNext() is false after 4 iterations");
  80   }
  81
  82   /*
  83    * Test iterator iterates correctly through the columns
  84    * when alignment has hidden cols at start
  85    */
  86   @Test(groups = { "Functional" })
  87   public void testHasNextAndNextStartHidden()
  88   {
  89     Iterator<Integer> it3 = hiddenColsAtStart.getVisibleColsIterator(0, 6);
  90     int count = 0;
  91     while (it3.hasNext())
  92     {
  93       it3.next();
  94       count++;
  95     }
  96     assertTrue(count == 4, "hasNext() is false after 4 iterations");
  97   }
  98
  99   /*
 100    * Test iterator iterates correctly through the columns
 101    * when alignment has hidden cols at end
 102    */
 103   @Test(groups = { "Functional" })
 104   public void testHasNextAndNextEndHidden()
 105   {
 106     Iterator<Integer> it4 = hiddenCols.getVisibleColsIterator(0, 4);
 107     int count = 0;
 108     while (it4.hasNext())
 109     {
 110       it4.next();
 111       count++;
 112     }
 113     assertTrue(count == 2, "hasNext() is false after 2 iterations");
 114
 115   }
 116
 117   /*
 118    * Test iterator always throws NoSuchElementException at end of iteration
 119    * when alignment has hidden cols
 120    */
 121   @Test(
 122     groups = { "Functional" },
 123     expectedExceptions = { NoSuchElementException.class })
 124   public void testLastNextWithHidden() throws NoSuchElementException
 125   {
 126     Iterator<Integer> it = hiddenCols.getVisibleColsIterator(0, 3);
 127     while (it.hasNext())
 128     {
 129       it.next();
 130     }
 131     it.next();
 132   }
 133
 134   /*
 135    * Test iterator always throws NoSuchElementException at end of iteration
 136    * when alignment has no hidden cols
 137    */
 138   @Test(
 139     groups = { "Functional" },
 140     expectedExceptions = { NoSuchElementException.class })
 141   public void testLastNextNoHidden() throws NoSuchElementException
 142   {
 143     HiddenColumns test = new HiddenColumns();
 144     Iterator<Integer> it2 = test.getVisibleColsIterator(0, 3);
 145     while (it2.hasNext())
 146     {
 147       it2.next();
 148     }
 149     it2.next();
 150   }
 151
 152   /*
 153    * Test iterator always throws NoSuchElementException at end of iteration
 154    * when alignment has hidden cols at start
 155    */
 156   @Test(
 157     groups = { "Functional" },
 158     expectedExceptions = { NoSuchElementException.class })
 159   public void testLastNextStartHidden() throws NoSuchElementException
 160   {
 161     Iterator<Integer> it3 = hiddenColsAtStart.getVisibleColsIterator(0, 6);
 162     while (it3.hasNext())
 163     {
 164       it3.next();
 165     }
 166     it3.next();
 167   }
 168
 169   /*
 170    * Test iterator always throws NoSuchElementException at end of iteration
 171    * when alignment has hidden cols at end
 172    */
 173   @Test(
 174     groups = { "Functional" },
 175     expectedExceptions = { NoSuchElementException.class })
 176   public void testLastNextEndHidden() throws NoSuchElementException
 177   {
 178     Iterator<Integer> it4 = hiddenCols.getVisibleColsIterator(0, 4);
 179     while (it4.hasNext())
 180     {
 181       it4.next();
 182     }
 183     it4.next();
 184   }
 185
 186   /*
 187    * Test calls to remove throw UnsupportedOperationException
 188    */
 189   @Test(
 190     groups = { "Functional" },
 191     expectedExceptions = { UnsupportedOperationException.class })
 192   public void testRemove() throws UnsupportedOperationException
 193   {
 194     Iterator<Integer> it = hiddenCols.getVisibleColsIterator(0, 3);
 195     it.remove();
 196   }
 197 }