test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblEntryTest.java

   1 package jalview.datamodel.xdb.embl;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
   5
   6 import jalview.util.MappingUtils;
   7
   8 import java.util.Arrays;
   9 import java.util.Vector;
  10
  11 import org.testng.annotations.Test;
  12
  13 public class EmblEntryTest
  14 {
  15   @Test(groups = "Functional")
  16   public void testGetCdsRanges()
  17   {
  18     EmblEntry testee = new EmblEntry();
  19
  20     /*
  21      * Make a (CDS) Feature with 4 locations
  22      */
  23     EmblFeature cds = new EmblFeature();
  24     Vector<EmblFeatureLocations> locs = new Vector<EmblFeatureLocations>();
  25     cds.setLocations(locs);
  26
  27     /*
  28      * single range [10-20]
  29      */
  30     EmblFeatureLocations loc = new EmblFeatureLocations();
  31     loc.setLocationType("single");
  32     loc.setLocationComplement(false);
  33     Vector<EmblFeatureLocElement> elements = new Vector<EmblFeatureLocElement>();
  34     EmblFeatureLocElement locElement = new EmblFeatureLocElement();
  35     BasePosition b1 = new BasePosition();
  36     b1.setPos("10");
  37     BasePosition b2 = new BasePosition();
  38     b2.setPos("20");
  39     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
  40     elements.add(locElement);
  41     loc.setLocElements(elements);
  42     locs.add(loc);
  43
  44     /*
  45      * complement range [30-40]
  46      */
  47     loc = new EmblFeatureLocations();
  48     loc.setLocationType("single");
  49     loc.setLocationComplement(true);
  50     elements = new Vector<EmblFeatureLocElement>();
  51     locElement = new EmblFeatureLocElement();
  52     b1 = new BasePosition();
  53     b1.setPos("30");
  54     b2 = new BasePosition();
  55     b2.setPos("40");
  56     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
  57     elements.add(locElement);
  58     loc.setLocElements(elements);
  59     locs.add(loc);
  60
  61     /*
  62      * join range [50-60], [70-80]
  63      */
  64     loc = new EmblFeatureLocations();
  65     loc.setLocationType("join");
  66     loc.setLocationComplement(false);
  67     elements = new Vector<EmblFeatureLocElement>();
  68     locElement = new EmblFeatureLocElement();
  69     b1 = new BasePosition();
  70     b1.setPos("50");
  71     b2 = new BasePosition();
  72     b2.setPos("60");
  73     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
  74     elements.add(locElement);
  75     locElement = new EmblFeatureLocElement();
  76     b1 = new BasePosition();
  77     b1.setPos("70");
  78     b2 = new BasePosition();
  79     b2.setPos("80");
  80     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
  81     elements.add(locElement);
  82     loc.setLocElements(elements);
  83     locs.add(loc);
  84
  85     /*
  86      * complement range [90-100], [110-120]
  87      * this should be the same as complement(join(90..100,110.120))
  88      * which is "join 90-100 and 110-120, then complement"
  89      */
  90     loc = new EmblFeatureLocations();
  91     loc.setLocationType("join");
  92     loc.setLocationComplement(true);
  93     elements = new Vector<EmblFeatureLocElement>();
  94     locElement = new EmblFeatureLocElement();
  95     b1 = new BasePosition();
  96     b1.setPos("90");
  97     b2 = new BasePosition();
  98     b2.setPos("100");
  99     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
 100     elements.add(locElement);
 101     locElement = new EmblFeatureLocElement();
 102     b1 = new BasePosition();
 103     b1.setPos("110");
 104     b2 = new BasePosition();
 105     b2.setPos("120");
 106     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
 107     elements.add(locElement);
 108     loc.setLocElements(elements);
 109     locs.add(loc);
 110
 111     int[] exons = testee.getCdsRanges(cds);
 112     assertEquals("[10, 20, 40, 30, 50, 60, 70, 80, 120, 110, 100, 90]",
 113             Arrays.toString(exons));
 114   }
 115
 116   @Test(groups = "Functional")
 117   public void testGetCdsRanges_badData()
 118   {
 119     EmblEntry testee = new EmblEntry();
 120
 121     /*
 122      * Make a (CDS) Feature with 4 locations
 123      */
 124     EmblFeature cds = new EmblFeature();
 125     Vector<EmblFeatureLocations> locs = new Vector<EmblFeatureLocations>();
 126     cds.setLocations(locs);
 127
 128     /*
 129      * single range [10-20]
 130      */
 131     EmblFeatureLocations loc = new EmblFeatureLocations();
 132     loc.setLocationType("single");
 133     loc.setLocationComplement(false);
 134     Vector<EmblFeatureLocElement> elements = new Vector<EmblFeatureLocElement>();
 135     EmblFeatureLocElement locElement = new EmblFeatureLocElement();
 136     BasePosition b1 = new BasePosition();
 137     b1.setPos("10");
 138     BasePosition b2 = new BasePosition();
 139     b2.setPos("20");
 140     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
 141     elements.add(locElement);
 142     loc.setLocElements(elements);
 143     locs.add(loc);
 144
 145     /*
 146      * single range with missing end position - should be skipped
 147      */
 148     loc = new EmblFeatureLocations();
 149     loc.setLocationType("single");
 150     loc.setLocationComplement(false);
 151     elements = new Vector<EmblFeatureLocElement>();
 152     locElement = new EmblFeatureLocElement();
 153     b1 = new BasePosition();
 154     b1.setPos("30");
 155     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1 });
 156     elements.add(locElement);
 157     loc.setLocElements(elements);
 158     locs.add(loc);
 159
 160     /*
 161      * single range with extra base position - should be skipped
 162      */
 163     loc = new EmblFeatureLocations();
 164     loc.setLocationType("single");
 165     loc.setLocationComplement(false);
 166     elements = new Vector<EmblFeatureLocElement>();
 167     locElement = new EmblFeatureLocElement();
 168     b1 = new BasePosition();
 169     b1.setPos("30");
 170     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b1, b1 });
 171     elements.add(locElement);
 172     loc.setLocElements(elements);
 173     locs.add(loc);
 174
 175     /*
 176      * single valid range [50-60] to finish
 177      */
 178     loc = new EmblFeatureLocations();
 179     loc.setLocationType("single");
 180     loc.setLocationComplement(false);
 181     elements = new Vector<EmblFeatureLocElement>();
 182     locElement = new EmblFeatureLocElement();
 183     b1 = new BasePosition();
 184     b1.setPos("50");
 185     b2 = new BasePosition();
 186     b2.setPos("60");
 187     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
 188     elements.add(locElement);
 189     loc.setLocElements(elements);
 190     locs.add(loc);
 191
 192     int[] exons = testee.getCdsRanges(cds);
 193     assertEquals("[10, 20, 50, 60]", Arrays.toString(exons));
 194   }
 195
 196   /**
 197    * Test retrieval of exon locations matching an accession id
 198    */
 199   @Test(groups = "Functional")
 200   public void testGetCdsRanges_forAccession()
 201   {
 202     EmblEntry testee = new EmblEntry();
 203     String accession = "A1234";
 204     testee.setAccession(accession);
 205     /*
 206      * Make a (CDS) Feature with 4 locations
 207      */
 208     EmblFeature cds = new EmblFeature();
 209     Vector<EmblFeatureLocations> locs = new Vector<EmblFeatureLocations>();
 210     cds.setLocations(locs);
 211
 212     /*
 213      * single range [10-20] for 'this' accession
 214      */
 215     EmblFeatureLocations loc = new EmblFeatureLocations();
 216     loc.setLocationType("single");
 217     loc.setLocationComplement(false);
 218     Vector<EmblFeatureLocElement> elements = new Vector<EmblFeatureLocElement>();
 219     EmblFeatureLocElement locElement = new EmblFeatureLocElement();
 220     locElement.setAccession(accession);
 221     BasePosition b1 = new BasePosition();
 222     b1.setPos("10");
 223     BasePosition b2 = new BasePosition();
 224     b2.setPos("20");
 225     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
 226     elements.add(locElement);
 227     loc.setLocElements(elements);
 228     locs.add(loc);
 229
 230     /*
 231      * complement range [30-40] - no accession
 232      */
 233     loc = new EmblFeatureLocations();
 234     loc.setLocationType("single");
 235     loc.setLocationComplement(true);
 236     elements = new Vector<EmblFeatureLocElement>();
 237     locElement = new EmblFeatureLocElement();
 238     b1 = new BasePosition();
 239     b1.setPos("30");
 240     b2 = new BasePosition();
 241     b2.setPos("40");
 242     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
 243     elements.add(locElement);
 244     loc.setLocElements(elements);
 245     locs.add(loc);
 246
 247     /*
 248      * join range [50-60] this accession, [70-80] another
 249      */
 250     loc = new EmblFeatureLocations();
 251     loc.setLocationType("join");
 252     loc.setLocationComplement(false);
 253     elements = new Vector<EmblFeatureLocElement>();
 254     locElement = new EmblFeatureLocElement();
 255     locElement.setAccession(accession);
 256     b1 = new BasePosition();
 257     b1.setPos("50");
 258     b2 = new BasePosition();
 259     b2.setPos("60");
 260     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
 261     elements.add(locElement);
 262     locElement = new EmblFeatureLocElement();
 263     locElement.setAccession("notme");
 264     b1 = new BasePosition();
 265     b1.setPos("70");
 266     b2 = new BasePosition();
 267     b2.setPos("80");
 268     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
 269     elements.add(locElement);
 270     loc.setLocElements(elements);
 271     locs.add(loc);
 272
 273     /*
 274      * complement range [90-100] wrong accession, [110-120] good
 275      * this should be the same as complement(join(90..100,110.120))
 276      * which is "join 90-100 and 110-120, then complement"
 277      */
 278     loc = new EmblFeatureLocations();
 279     loc.setLocationType("join");
 280     loc.setLocationComplement(true);
 281     elements = new Vector<EmblFeatureLocElement>();
 282     locElement = new EmblFeatureLocElement();
 283     locElement.setAccession("wrong");
 284     b1 = new BasePosition();
 285     b1.setPos("90");
 286     b2 = new BasePosition();
 287     b2.setPos("100");
 288     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
 289     elements.add(locElement);
 290     locElement = new EmblFeatureLocElement();
 291     locElement.setAccession(accession);
 292     b1 = new BasePosition();
 293     b1.setPos("110");
 294     b2 = new BasePosition();
 295     b2.setPos("120");
 296     locElement.setBasePositions(new BasePosition[] { b1, b2 });
 297     elements.add(locElement);
 298     loc.setLocElements(elements);
 299     locs.add(loc);
 300
 301     /*
 302      * verify we pick out only ranges for A1234
 303      */
 304     int[] exons = testee.getCdsRanges(cds);
 305     assertEquals("[10, 20, 50, 60, 120, 110]",
 306             Arrays.toString(exons));
 307   }
 308 }