test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27
  28 import java.util.Vector;
  29
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 public class EmblFileTest
  33 {
  34
  35   @Test(groups = { "Functional" })
  36   public void testGetEmblFile()
  37   {
  38     Vector<EmblEntry> entries = EmblTestHelper.getEmblFile().getEntries();
  39     assertEquals(1, entries.size());
  40     EmblEntry entry = entries.get(0);
  41
  42     assertEquals("X07547", entry.getAccession());
  43     assertEquals("C. trachomatis plasmid", entry.getDescription());
  44     assertEquals("STD", entry.getDataClass());
  45     assertEquals("PRO", entry.getTaxonomicDivision());
  46     assertEquals("1999-02-10", entry.getLastUpdatedDate());
  47     assertEquals("58", entry.getLastUpdatedRelease());
  48     assertEquals("1988-11-10", entry.getFirstPublicDate());
  49     assertEquals("18", entry.getFirstPublicRelease());
  50     assertEquals("genomic DNA", entry.getMoleculeType());
  51     assertEquals("1", entry.getSequenceVersion());
  52     assertEquals("8", entry.getEntryVersion());
  53     assertEquals("linear", entry.getTopology());
  54     assertEquals("7499", entry.getSequenceLength());
  55
  56     /*
  57      * FIXME these assertions fail - values are null - why?? Adding or removing
  58      * attributes in the test XML modifies behaviour. eg. inserting an attribute
  59      * _before_ lastUpdated results in a null value in this field.
  60      */
  61     assertEquals("1988-11-10", entry.getFirstPublicDate());
  62     assertEquals("18", entry.getFirstPublicRelease());
  63
  64     assertEquals(2, entry.getKeywords().size());
  65     assertEquals("plasmid", entry.getKeywords().get(0));
  66     assertEquals("unidentified reading frame", entry.getKeywords().get(1));
  67
  68     /*
  69      * dbrefs
  70      */
  71     assertEquals(2, entry.getDbRefs().size());
  72     DBRefEntry dbref = entry.getDbRefs().get(0);
  73     assertEquals("EuropePMC", dbref.getSource());
  74     assertEquals("PMC107176", dbref.getAccessionId());
  75     assertEquals("9573186", dbref.getVersion());
  76     dbref = entry.getDbRefs().get(1);
  77     assertEquals("MD5", dbref.getSource());
  78     assertEquals("ac73317", dbref.getAccessionId());
  79     // blank version has been converted to "0"
  80     assertEquals("0", dbref.getVersion());
  81
  82     /*
  83      * three sequence features for CDS
  84      */
  85     assertEquals(3, entry.getFeatures().size());
  86     /*
  87      * first CDS
  88      */
  89     EmblFeature ef = entry.getFeatures().get(0);
  90     assertEquals("CDS", ef.getName());
  91     assertEquals("complement(46..57)", ef.getLocation());
  92     assertEquals(2, ef.getDbRefs().size());
  93     dbref = ef.getDbRefs().get(0);
  94     assertEquals("UniProtKB/Swiss-Prot", dbref.getSource());
  95     assertEquals("B0BCM4", dbref.getAccessionId());
  96     assertEquals("2.1", dbref.getVersion());
  97     dbref = ef.getDbRefs().get(1);
  98     assertEquals("UniProtKB/Swiss-Prot", dbref.getSource());
  99     assertEquals("P0CE20", dbref.getAccessionId());
 100     // blank version gets converted to "0":
 101     assertEquals("0", dbref.getVersion());
 102     // CDS feature qualifiers
 103     assertEquals(3, ef.getQualifiers().size());
 104     Qualifier q = ef.getQualifiers().get(0);
 105     assertEquals("note", q.getName());
 106     assertEquals(2, q.getValues().length);
 107     assertEquals("ORF 8 (AA 1-330)", q.getValues()[0]);
 108     assertEquals("pickle", q.getValues()[1]);
 109     assertNull(q.getEvidence());
 110     q = ef.getQualifiers().get(1);
 111     assertEquals("protein_id", q.getName());
 112     assertEquals(1, q.getValues().length);
 113     assertEquals("CAA30420.1", q.getValues()[0]);
 114     q = ef.getQualifiers().get(2);
 115     assertEquals("translation", q.getName());
 116     assertEquals(1, q.getValues().length);
 117     assertEquals("MLCF", q.getValues()[0]);
 118     assertEquals(1, q.getEvidence().length);
 119     assertEquals("Keith", q.getEvidence()[0]);
 120
 121     /*
 122      * second CDS
 123      */
 124     ef = entry.getFeatures().get(1);
 125     assertEquals("CDS", ef.getName());
 126     assertEquals("4..15", ef.getLocation());
 127     assertEquals(1, ef.getDbRefs().size());
 128     dbref = ef.getDbRefs().get(0);
 129     assertEquals("UniProtKB/Swiss-Prot", dbref.getSource());
 130     assertEquals("B0BCM3", dbref.getAccessionId());
 131     assertEquals("0", dbref.getVersion());
 132     assertEquals(2, ef.getQualifiers().size());
 133     q = ef.getQualifiers().get(0);
 134     assertEquals("protein_id", q.getName());
 135     assertEquals(1, q.getValues().length);
 136     assertEquals("CAA30421.1", q.getValues()[0]);
 137     q = ef.getQualifiers().get(1);
 138     assertEquals("translation", q.getName());
 139     assertEquals(1, q.getValues().length);
 140     assertEquals("MSSS", q.getValues()[0]);
 141
 142     /*
 143      * third CDS
 144      */
 145     ef = entry.getFeatures().get(2);
 146     assertEquals("CDS", ef.getName());
 147     assertEquals("join(4..6,10..15)", ef.getLocation());
 148     assertNull(ef.getDbRefs());
 149     assertEquals(2, ef.getQualifiers().size());
 150     q = ef.getQualifiers().get(0);
 151     assertEquals("protein_id", q.getName());
 152     assertEquals(1, q.getValues().length);
 153     assertEquals("CAA12345.6", q.getValues()[0]);
 154     q = ef.getQualifiers().get(1);
 155     assertEquals("translation", q.getName());
 156     assertEquals(1, q.getValues().length);
 157     assertEquals("MSS", q.getValues()[0]);
 158
 159     /*
 160      * Sequence - verify newline not converted to space (JAL-2029)
 161      */
 162     EmblSequence seq = entry.getSequence();
 163     assertEquals(
 164             "GGTATGTCCTCTAGTACAAACACCCCCAATATTGTGATATAATTAAAAACATAGCAT",
 165             seq.getSequence());
 166
 167     /*
 168      * getSequence() converts empty DBRefEntry.version to "0"
 169      */
 170     assertEquals("0", entry.getDbRefs().get(1).getVersion());
 171     assertEquals("0", entry.getFeatures().get(0).getDbRefs().get(1)
 172             .getVersion());
 173   }
 174 }