test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  27
  28 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  29
  30 import java.io.StringReader;
  31 import java.util.Vector;
  32
  33 import org.testng.annotations.Test;
  34
  35 public class EmblFileTest
  36 {
  37   // adapted from http://www.ebi.ac.uk/Tools/dbfetch/dbfetch/embl/x53828/emblxml
  38   private static final String TESTDATA = "<?xml version=\"1.0\" encoding=\"UTF-8\" ?>"
  39           + "<EMBL_Services>"
  40           + "<entry accession=\"X53828\" version=\"3\" lastUpdated=\"2005-04-18\" releaseCreated=\"25\" releaseLastUpdated=\"83\">"
  41           + "<description>Chicken LDH-A mRNA for lactate dehydrogenase A chain (EC 1.1.1.27)</description>"
  42           + "<keyword>L-lactate dehydrogenase</keyword><keyword>chutney</keyword>"
  43           + "<dbreference db=\"EuropePMC\" primary=\"PMC1460223\" secondary=\"9649548\" />"
  44           + "<dbreference db=\"MD5\" primary=\"d3b68\" />"
  45           + "<feature name=\"CDS\"><dbreference db=\"GOA\" primary=\"P00340\" secondary=\"2.1\" /><dbreference db=\"InterPro\" primary=\"IPR001236\" />"
  46           + "<qualifier name=\"note\"><value>L-lactate dehydrogenase A-chain</value><value>pickle</value></qualifier>"
  47           + "<qualifier name=\"translation\"><value>MSLKDHLIHN</value><evidence>Keith</evidence></qualifier>"
  48           + "<location type=\"single\" complement=\"true\">"
  49           + "<locationElement type=\"range\" accession=\"X53828\" version=\"1\" complement=\"false\">"
  50           + "<basePosition type=\"simple\">60</basePosition><basePosition type=\"join\">1058</basePosition>"
  51           + "</locationElement></location></feature>"
  52           + "<sequence type=\"mRNA\" version=\"2\">GTGACG</sequence></entry></EMBL_Services>";
  53
  54   @Test(groups = { "Functional" })
  55   public void testGetEmblFile()
  56   {
  57     Vector<EmblEntry> entries = EmblFile.getEmblFile(
  58             new StringReader(TESTDATA)).getEntries();
  59     assertEquals(1, entries.size());
  60     EmblEntry entry = entries.get(0);
  61
  62     assertEquals("X53828", entry.getAccession());
  63     assertEquals(
  64             "Chicken LDH-A mRNA for lactate dehydrogenase A chain (EC 1.1.1.27)",
  65             entry.getDesc());
  66     assertEquals("2005-04-18", entry.getLastUpdated());
  67
  68     /*
  69      * FIXME these assertions fail - values are null - why?? Adding or removing
  70      * attributes in the test XML modifies behaviour. eg. inserting an attribute
  71      * _before_ lastUpdated results in a null value in this field.
  72      */
  73     // assertEquals("25", entry.getRCreated());
  74     // assertEquals("83", entry.getRLastUpdated());
  75
  76     assertEquals(2, entry.getKeywords().size());
  77     assertEquals("L-lactate dehydrogenase", entry.getKeywords().get(0));
  78     assertEquals("chutney", entry.getKeywords().get(1));
  79
  80     /*
  81      * dbrefs
  82      */
  83     assertEquals(2, entry.getDbRefs().size());
  84     DBRefEntry dbref = entry.getDbRefs().get(0);
  85     assertEquals("EuropePMC", dbref.getSource());
  86     assertEquals("PMC1460223", dbref.getAccessionId());
  87     assertEquals("9649548", dbref.getVersion());
  88     dbref = entry.getDbRefs().get(1);
  89     assertEquals("MD5", dbref.getSource());
  90     assertEquals("d3b68", dbref.getAccessionId());
  91     // blank version has been converted to "0"
  92     assertEquals("0", dbref.getVersion());
  93
  94     /*
  95      * sequence features
  96      */
  97     assertEquals(1, entry.getFeatures().size());
  98     EmblFeature ef = entry.getFeatures().get(0);
  99     assertEquals("CDS", ef.getName());
 100     assertEquals(2, ef.getDbRefs().size());
 101     dbref = ef.getDbRefs().get(0);
 102     assertEquals("GOA", dbref.getSource());
 103     assertEquals("P00340", dbref.getAccessionId());
 104     assertEquals("2.1", dbref.getVersion());
 105     dbref = ef.getDbRefs().get(1);
 106     assertEquals("InterPro", dbref.getSource());
 107     assertEquals("IPR001236", dbref.getAccessionId());
 108     // blank version converted to "0":
 109     assertEquals("0", dbref.getVersion());
 110     assertEquals(2, ef.getQualifiers().size());
 111
 112     // feature qualifiers
 113     Qualifier q = ef.getQualifiers().get(0);
 114     assertEquals("note", q.getName());
 115     assertEquals(2, q.getValues().length);
 116     assertEquals("L-lactate dehydrogenase A-chain", q.getValues()[0]);
 117     assertEquals("pickle", q.getValues()[1]);
 118     assertNull(q.getEvidence());
 119     q = ef.getQualifiers().get(1);
 120     assertEquals("translation", q.getName());
 121     assertEquals(1, q.getValues().length);
 122     assertEquals("MSLKDHLIHN", q.getValues()[0]);
 123     assertEquals(1, q.getEvidence().length);
 124     assertEquals("Keith", q.getEvidence()[0]);
 125
 126     // feature locations
 127     assertEquals(1, ef.getLocations().size());
 128     EmblFeatureLocations fl = ef.getLocations().get(0);
 129     assertEquals("single", fl.getLocationType());
 130     assertTrue(fl.isLocationComplement());
 131     assertEquals(1, fl.getLocElements().size());
 132     EmblFeatureLocElement le = fl.getLocElements().get(0);
 133     assertEquals("range", le.getType());
 134     assertEquals("X53828", le.getAccession());
 135     assertEquals("1", le.getVersion());
 136     assertFalse(le.isComplement());
 137     assertEquals(2, le.getBasePositions().length);
 138     BasePosition bp = le.getBasePositions()[0];
 139     assertEquals("simple", bp.getType());
 140     assertEquals("60", bp.getPos());
 141     bp = le.getBasePositions()[1];
 142     assertEquals("join", bp.getType());
 143     assertEquals("1058", bp.getPos());
 144
 145     /*
 146      * Sequence
 147      */
 148     EmblSequence seq = entry.getSequence();
 149     assertEquals("mRNA", seq.getType());
 150     assertEquals("2", seq.getVersion());
 151     assertEquals("GTGACG", seq.getSequence());
 152
 153     /*
 154      * getSequence() converts empty DBRefEntry.version to "0"
 155      */
 156     assertEquals("0", entry.getDbRefs().get(1).getVersion());
 157     assertEquals("0", entry.getFeatures().get(0).getDbRefs().get(1)
 158             .getVersion());
 159   }
 160 }