test/jalview/datamodel/xdb/embl/EmblFileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.embl;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27
  28 import java.io.StringReader;
  29 import java.util.Vector;
  30
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class EmblFileTest
  34 {
  35   // adapted from http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/x53828&display=xml
  36   private static final String TESTDATA = "<?xml version=\"1.0\" encoding=\"UTF-8\" ?>"
  37           + "<ROOT>"
  38           + "<entry accession=\"X53828\" entryVersion=\"3\" lastUpdated=\"2005-04-18\" releaseCreated=\"25\" releaseLastUpdated=\"83\""
  39           + " version=\"1\" moleculeType=\"mRNA\" topology=\"linear\" sequenceLength=\"1575\">"
  40           + "<description>Chicken LDH-A mRNA for lactate dehydrogenase A chain (EC 1.1.1.27)</description>"
  41           + "<keyword>L-lactate dehydrogenase</keyword><keyword>chutney</keyword>"
  42           + "<xref db=\"EuropePMC\" id=\"PMC1460223\" secondaryId=\"9649548\" />"
  43           + "<xref db=\"MD5\" id=\"d3b68\" />"
  44           + "<feature name=\"CDS\" location=\"60..1058\">"
  45           + "<xref db=\"GOA\" id=\"P00340\" secondaryId=\"2.1\" /><xref db=\"InterPro\" id=\"IPR001236\" />"
  46           + "<qualifier name=\"note\"><value>L-lactate dehydrogenase A-chain</value><value>pickle</value></qualifier>"
  47           + "<qualifier name=\"translation\"><value>MSLKDHLIHN</value><evidence>Keith</evidence></qualifier>"
  48           + "</feature>"
  49           + "<sequence>GTGACG</sequence></entry></ROOT>";
  50
  51   @Test(groups = { "Functional" })
  52   public void testGetEmblFile()
  53   {
  54     Vector<EmblEntry> entries = EmblFile.getEmblFile(
  55             new StringReader(TESTDATA)).getEntries();
  56     assertEquals(1, entries.size());
  57     EmblEntry entry = entries.get(0);
  58
  59     assertEquals("X53828", entry.getAccession());
  60     assertEquals(
  61             "Chicken LDH-A mRNA for lactate dehydrogenase A chain (EC 1.1.1.27)",
  62             entry.getDesc());
  63     assertEquals("2005-04-18", entry.getLastUpdated());
  64     assertEquals("mRNA", entry.getMoleculeType());
  65     assertEquals("1", entry.getSequenceVersion());
  66     assertEquals("3", entry.getEntryVersion());
  67     assertEquals("linear", entry.getTopology());
  68     assertEquals("1575", entry.getSequenceLength());
  69
  70     /*
  71      * FIXME these assertions fail - values are null - why?? Adding or removing
  72      * attributes in the test XML modifies behaviour. eg. inserting an attribute
  73      * _before_ lastUpdated results in a null value in this field.
  74      */
  75     // assertEquals("25", entry.getRCreated());
  76     // assertEquals("83", entry.getRLastUpdated());
  77
  78     assertEquals(2, entry.getKeywords().size());
  79     assertEquals("L-lactate dehydrogenase", entry.getKeywords().get(0));
  80     assertEquals("chutney", entry.getKeywords().get(1));
  81
  82     /*
  83      * dbrefs
  84      */
  85     assertEquals(2, entry.getDbRefs().size());
  86     DBRefEntry dbref = entry.getDbRefs().get(0);
  87     assertEquals("EuropePMC", dbref.getSource());
  88     assertEquals("PMC1460223", dbref.getAccessionId());
  89     assertEquals("9649548", dbref.getVersion());
  90     dbref = entry.getDbRefs().get(1);
  91     assertEquals("MD5", dbref.getSource());
  92     assertEquals("d3b68", dbref.getAccessionId());
  93     // blank version has been converted to "0"
  94     assertEquals("0", dbref.getVersion());
  95
  96     /*
  97      * sequence feature for CDS
  98      */
  99     assertEquals(1, entry.getFeatures().size());
 100     EmblFeature ef = entry.getFeatures().get(0);
 101     assertEquals("CDS", ef.getName());
 102     assertEquals("60..1058", ef.getLocation());
 103     assertEquals(2, ef.getDbRefs().size());
 104     dbref = ef.getDbRefs().get(0);
 105     assertEquals("GOA", dbref.getSource());
 106     assertEquals("P00340", dbref.getAccessionId());
 107     assertEquals("2.1", dbref.getVersion());
 108     dbref = ef.getDbRefs().get(1);
 109     assertEquals("InterPro", dbref.getSource());
 110     assertEquals("IPR001236", dbref.getAccessionId());
 111     // blank version converted to "0":
 112     assertEquals("0", dbref.getVersion());
 113     assertEquals(2, ef.getQualifiers().size());
 114
 115     // feature qualifiers
 116     Qualifier q = ef.getQualifiers().get(0);
 117     assertEquals("note", q.getName());
 118     assertEquals(2, q.getValues().length);
 119     assertEquals("L-lactate dehydrogenase A-chain", q.getValues()[0]);
 120     assertEquals("pickle", q.getValues()[1]);
 121     assertNull(q.getEvidence());
 122     q = ef.getQualifiers().get(1);
 123     assertEquals("translation", q.getName());
 124     assertEquals(1, q.getValues().length);
 125     assertEquals("MSLKDHLIHN", q.getValues()[0]);
 126     assertEquals(1, q.getEvidence().length);
 127     assertEquals("Keith", q.getEvidence()[0]);
 128
 129     /*
 130      * Sequence
 131      */
 132     EmblSequence seq = entry.getSequence();
 133     assertEquals("GTGACG", seq.getSequence());
 134
 135     /*
 136      * getSequence() converts empty DBRefEntry.version to "0"
 137      */
 138     assertEquals("0", entry.getDbRefs().get(1).getVersion());
 139     assertEquals("0", entry.getFeatures().get(0).getDbRefs().get(1)
 140             .getVersion());
 141   }
 142 }