test/jalview/ext/cipres/CipresJobTest.java

   1 package jalview.ext.cipres;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   4 import static org.testng.Assert.assertNull;
   5 import static org.testng.Assert.assertTrue;
   6
   7 import jalview.gui.JvOptionPane;
   8
   9 import java.util.Arrays;
  10
  11 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  12 import org.testng.annotations.Test;
  13
  14 public class CipresJobTest
  15 {
  16   @BeforeClass(
  17     alwaysRun = true
  18   )
  19   public void setUpJvOptionPane()
  20   {
  21     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  22     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  23   }
  24
  25   @Test(
  26     groups = "Functional"
  27   )
  28   public void testSettingJobParameters()
  29   {
  30     CipresJob testJob = new CipresJob("examples/plantfdx.fa");
  31     testJob.addToolParameters("runtime_", Arrays.asList("0.3"));
  32     testJob.addInputParameter("test", "hoi");
  33     testJob.addMetadata("hennepin", "crawler");
  34     assertFalse(testJob.areParamsValidated());
  35
  36     testJob.clearAllParameters();
  37     assertNull(testJob.getvParams().get("runtime_"));
  38
  39
  40   }
  41
  42   @Test(
  43     groups =
  44     { "External" }
  45   )
  46   public void testValidatingParameters()
  47   {
  48     CipresJob testJob = new CipresJob("examples/plantfdx.fa", "CLUSTALW");
  49     testJob.addToolParameters("runtime_", Arrays.asList("0.2"));
  50     testJob.addMetadata("clientJobId", "101");
  51     testJob.validateJobParams();
  52     assertTrue(testJob.areParamsValidated());
  53
  54   }
  55
  56   @Test(
  57     groups =
  58     { "External" }
  59   )
  60   public void testJobSubmission()
  61   {
  62     CipresJob testJob = new CipresJob("examples/plantfdx.fa", "CLUSTALW");
  63     testJob.addToolParameters("runtime_", Arrays.asList("0.2"));
  64     testJob.addMetadata("clientJobId", "102");
  65     testJob.addMetadata("statusEmail", "false");
  66     testJob.addMetadata("clientJobName", "test_job");
  67     testJob.submitJob();
  68     assertTrue(testJob.areParamsValidated());
  69
  70   }
  71 }